デジモンフロンティア

携帯電話に謎のメールが届いた。それが指定する列車に乗らなければならない気がして、拓也は駅へ急行する。駅の地下ターミナルに着いた拓也は、奇妙な形の電車に乗り込む。車内には泉、純平、友樹の3人もいた。

アグニモン=拓也のデジヴァイスからデジコードが開放され、失われた大地の一部が蘇った。拓也たちは喜ぶデジモンたちの案内で街を見物。一方、輝二も謎の声に導かれ、別のトレイルモンに乗ってこの街に来ていた。

デジタルワールドで冒険を続けることを決めた拓也たちに、謎の声からの指示が届く。その言葉に従い「森のターミナル」を目指して線路沿いを進むが、崖によって道が途絶える。そして、崖の下に明かりが見えた。

拓也たちと別行動を取る泉と純平は「そよ風村」という名の駅に到着し、フローラモンたちから手厚い歓迎を受ける。寂れた村だが、かつては有名な観光名所だったらしい。泉はお礼に村の建て直しの協力を決めるが…。

拓也たちは、「風のファクトリー」という工場で働かされているコクワモンを解放するため戦いを決意するが、スピリットのない純平は戦いに参加しないと言う。そして工場長のスナイモンは強敵で、苦戦を強いられる。

拓也たちは「飯食べ放題」の報酬に惹かれ、さらわれたカラツキヌメモンの娘たちの救出に手を貸す。合流した輝二も一緒だ。しかしカラツキヌメモンたちは、拓也たちが伝説の十闘士だと知ると態度を一変させる。

ギガスモンの攻撃で離れ離れになった子供たち。拓也、輝二、友樹の3人は空を飛ぶおもちゃの国に飛ばされる。たくさんのおもちゃと遊び始める友樹を輝二は叱りつけ、意見が合わない拓也と輝二は激しい口論を始める。

緑の草原を歩き続ける純平、泉、ボコモンとネーモンたちは、偶然出会ったデジモン小学校のトゲモン先生から誘われて小学校に向かう。そこで純平と泉は、みんなから仲間外れにされているトゲモンに気づく。

歩き疲れて野宿をしていた拓也たちは、ボコモンの本に隠されていたスピリットの秘密を知った。スピリットには人型と獣型があり、拓也たちはまだ人型を手にしただけだった。対グロットモンの光明が見え、一同は喜ぶ。

輝二が出会ったゴツモンは、この地に眠る伝説の闘士のスピリットを探していた。そこにグロットモンが現れ、ギガスモンのパワーに窮地に陥るがゴツモンに救われる。拓也たちもギガスモンと戦うが歯が立たない。

泉のスピリットを奪われ、ボコモンは占い師のシャーマモンに今後の行動を占ってもらおうと提案。その時、またもグロットモンが襲ってきた。輝二が奇妙な術で体の自由を奪われ、拓也たちは危機を迎える。

ヴリトラモンのスピリットを手に入れた拓也だが、その荒ぶる魂を制御できず、本能のままにガルムモンとブリッツモンに襲いかかる。友樹の呼びかけにより、拓也は本来の心を取り戻すことを成功させた。

ついに「森のターミナル」に到着した拓也たち。行く手に立ちふさがる障害が個々のデジヴァイスによって開かれ、森の奥にある城が姿を現した。拓也たちはデジヴァイスを使い、眠っていたセラフィモンを覚醒させる。

メルキューレモンによってセラフィモンのデジコードを奪われ、拓也たちが逃げ込んだ洞窟にはホエーモンが閉じ込められていた。グロットモンとアルボルモンが現れ、戦う純平を助けようとホエーモンが海水を放つ。

自分のファンクラブを利用し、ラーナモンがビーストスピリットを探させていた。偶然拓也たちを見つけたファンクラブのトーカンモンたちは、デジヴァイスを奪うため、海の家を利用して海水浴を楽しむよう勧める。

ラーナモンはカルマーラモンに進化したが、ビーストスピリットを制御できずに撤退した。それを見て幻滅したトーカンモンたちは、デジヴァイスを売るため秋葉マーケットに向かい、拓也たちが後を追う。

秋葉マーケットにやってきた拓也たちは、それぞれ手分けをしてトーカンモンたちの足取りを追う。友樹はナノモンの店でデジヴァイスを見つけたが、ナノモンは自分の持ち物だと言う友樹を信用しない。

オファニモンの言葉に従い、「バラの明星」を目指す拓也たち。トレイルモンに乗って進んでいたが、突然途中の街で降ろされてしまう。今日は年に1回のシッポー祭の日で、トレイルモンレースが開催されるらしい。

バーガモンの村が巨大デジモンに襲われて廃墟と化し、店長が連れ去られていた。おいしいハンバーガーを作れば店長は解放されるため、拓也たちがハンバーガー作りに挑み、友樹のハンバーガーが認められた。

拓也たちはトレイルモンに闇の大陸の前で降ろされた。闇の大陸は神秘のベールに包まれ、調査に行って帰ってきたデジモンはいなかった。闇の大陸に入るとアルボルモンが襲ってきたため、拓也たちは戦う。

闇の闘士・ダスクモンは、ビーストスピリットを失ったアルボルモンを簡単に殺した。その冷酷さと強さに危険を感じた輝二はみんなを撤退させる。だが拓也は撤退を拒み、打倒ダスクモンの作戦を立てるが…。

ダスクモンに敗北して完全に打ちのめされた拓也は、闇のトレイルモンに乗って元の世界へ逃げ帰ってきた。しかし拓也の肉体は、人間でもデジモンでもない半獣半人のような姿に変わり果てていた。

拓也がデジタルワールドに帰還。アグニモンとなって仲間を探すなか、これまで感じなかったデジモンとしての潜在能力に目覚めていく。その頃、とらわれた友樹、泉、純平を救おうとする輝二が苦戦を強いられていた。

闇の大陸での冒険を再開した拓也たち。仲間とはぐれてしまった純平は、ボルケーモンに襲われる。ボルケーモンは巧みな話術で純平の心にも攻撃を仕掛けてきたが、ブリッツモンが浄化に成功する。

拓也たちはセフィロトモンの体内に閉じ込められた。十闘士のスピリットに対応したフィールドに拓也たちをバラバラに閉じ込め、優位に立とうとするメルキューレモン。そんななか、友樹の前に親切なデジモンが現れる。

自分がデジタルワールドで一番美しいと思っているラーナモンは、存在を脅かす泉を抹殺すべく、ファンクラブの会員のハニービーモンたちにわなを仕掛けさせる。だが、ハニービーモンたちは泉と仲良くなってしまった。

純平、泉、友樹はセフィロトモンの体内から脱出したが、入れ替わるように、ダスクモンが輝二を追ってセフィロトモンの中に入っていく。以前、輝二に心を乱されたダスクモンは、原因を探るため輝二の記憶をのぞく。

セフィロトモンの中にひとり残る拓也の前に、メルキューレモンが姿を現した。メルキューレモンは圧倒的な攻撃力に加え、スキャンしていたセラフィモンのデータを使い、その力と体をわが物にしてしまう。

拓也たちはメルキューレモンを浄化し、仲間たちと合流した。セラフィモンの卵からパタモンも生まれたため、一同は大喜び。しかし、これまで動かなかったセフィロトモンが突如として行動を開始する。

ベオウフルモンとダスクモンは互いの存在に疑問を抱きながらも、一進一退の戦いを繰り広げながら移動していた。拓也たちはパタモンの不思議な力に導かれて後を追うが、ケルビモンの妨害により行く手を阻まれる。

ベルグモンは自分の記憶に混乱して戦場から飛び去り、拓也たちは1人だけ残された輝二とようやく合流を果たした。しかし、ベルグモンの正体が気になる輝二は、またしてもひとり後を追ってしまう。

ダスクモンは自分が輝二の双子の兄・輝一だということを思い出し、戸惑いを隠せない。輝二は、ダスクモンが自分の兄であること、死んだと思っていた母が生きていたことなど、衝撃の事実に打ちのめされてしまう。

邪悪な闇のスピリットから開放され、自分自身を取り戻した輝一。しかし輝二は兄弟が突然現れたことに困惑し、気持ちを整理できない。拓也たちの経験を聞いて何とか平静を取り戻すが、そこにケルビモンが現れる。

ついにバラの明星にたどり着いた拓也たち。そこにはケルビモンの城があり、デジタルワールド全土から大量のデータが集められていた。アグニモンたちは門番のファントモンを倒し、場内に侵入する。

ケルビモンの目的は、デジタルワールド全土から集めたデータと伝説の十闘士のスピリットを自分の力として吸収し、強大なパワーを得ることだった。六闘士はケルビモンと戦いつつ、オファニモンの監獄の破壊を図る。

オファニモンの最後の力により、拓也と輝二のデジヴァイスはさらに進化した。そして全員の心がひとつになり、伝説の十闘士のスピリットの力によって新たな闘士・カイゼルグレイモンとマグナガルルモンが誕生する。

デジタルワールドのデータが急速にケルビモンの城へ流れ始めた。ケルビモンがそこにいることを確信し、純平たちは拓也と輝二にスピリットと自分たちの想いを託し、カイゼルグレイモンとマグナガルルモンを送り出す。

激闘の末にケルビモンを倒したが、デジタルワールドの虫食いだらけの大地は何も変わらない。原因を突き止めるため山に向かった拓也たちはバロモンと出会い、なぜケルビモンが悪に染まったのかを知る。

拓也たちはロイヤルナイツによってゆがんだ時空に引きずり込まれ、デジタルワールドに3つある月のひとつまで飛ばされてしまった。何とかデジタルワールドに戻ろうと試行錯誤するが、良いアイデアが浮かばない。

月からの帰還を果たした拓也たちは、鋼のエリアにやってきた。到着早々、山賊のサジタリモンが現れ、一同は身構える。しかし、そこにエンジェモンを連れた4人の人間の子供たちが来て、サジタリモンを追い払った。

勝春ら4人と友樹がロイヤルナイツにさらわれてしまった。ロイヤルナイツの行く先が豆の木村だと聞いた拓也たちは、トレイルモンに乗って出発。一方、豆の木村で友樹たちは、同じ捕虜であるマメモンたちに出会う。

「始まりの町」は死んでいったデジモンのデータが戻り、デジタマとして新たな命を授かる場所だ。拓也たちは町を守るスワンモンと共にデジモンの赤ちゃんと接し、デジタルワールドを守ろうという気持ちを新たにする。

ボコモンの故郷である「炎の町」が狙われていた。拓也たちが知らせを聞いて駆けつけると、隣にあったはずの緑の森はすでにスキャンされ、ターミナルは避難してきたデジモンたちでごった返していた。

ゴツモンはロイヤルナイツの手下であるナイトモン軍団に1人で立ち向かい、絶体絶命の危機に陥っていた。輝二たちがゴツモンを救出したが、デジタルワールドに残されたエリアは3カ所だけになってしまっていた。

アキバマーケットにある氷のエリアのデータを守るため、拓也たちは迎撃態勢を整える。泉は住民を避難誘導し、純平はデータをスキャンさせないようにシャッフルし、友樹は戦いの役に立てようと投石器を作る。

デジタルワールドに残された最後の場所「光のエリア」のデータは、オファニモンの城にあった。デジタルワールドを救うため、カイゼルグレイモンとマグナガルルモンは気迫を武器にロイヤルナイツを追い詰めていく。

拓也たちはトレイルモンに乗り、崩壊したデジタルワールドから月へと撤退。そこでオファニモンやケルビモンの生まれ変わりである赤ちゃんデジモンたちと出会い、最後まで諦めずロイヤルナイツに立ち向かおうと誓う。

フォールダウンモードへと進化したルーチェモンの攻撃で3つの月が崩壊。拓也たちはパタモン、ブロットモン、ロップモンの助けを得て難を逃れ、ルーチェモンを追ってデジタルワールドのダークエリアへ行く。

輝一の犠牲をきっかけに、拓也と輝二と十闘士のスピリットが融合して最強の闘士・スサノオモンが誕生。始まった最終決戦は一進一退の攻防を繰り広げたが、スサノオモンが必殺技でルーチェモンを倒した。

人間界に到達したルーチェモンを止めようと戦いを挑んだものの、その不死身の体にダメージを与えることができない。悔し涙が止まらない拓也たちだが、その時、アグニモンたち伝説の十闘士が現れた。