科学忍者隊ガッチャマン

世界各国で貯蔵庫が謎の巨大メカに襲われ、ウランが奪われるという事件が発生。国際科学技術庁＝通称ISOの南部博士は、この事件が世界征服をたくらむ悪の組織・ギャラクターの仕業だとにらんだ。

地球に眠る資源を探索して記録するアースコンパクト装置を積んだ有人ロケットが、宇宙から地球へ帰還すると同時に姿を消した。世界征服のためのエネルギー源として地球のウラン鉱を狙う、ギャラクターの仕業だった。

不可解な旅客機墜落事故を調査すべく飛行場に来た健は、死んだ機長の息子・誠とその叔父に出会う。誠はいつか父親が戻ってくると信じ、毎日飛行場で待ち続けていると言う。その後、ミイラのような巨人が健を襲う。

ギャラクターは鉄獣メカデゴンを使い、世界各地の地下資源をひそかに奪うという作戦を展開。資源の消失と同時に地震が起こるとの情報を受け、健は地震研究所を訪ねた。そんな時、大地震が発生する。

沈没した船が集まる海の墓場と呼ばれる海域で、ギャラクターが操る幽霊戦艦に海洋開発船が撃沈された。続いて海洋基地が襲われ、逃走する敵の潜水艦を追う科学忍者隊は、海の墓場で幽霊戦艦の大艦隊を発見する。

世界銀行の大金庫に保管されていた金塊が、ギャラクターの小型ロボット・ミクロスによって奪われた。そして敵の基地があると思われる無人島を探索する健、ジュン、甚平がギャラクター兵に捕らえられてしまう。

新型無公害航空機のテストパイロットとして飛び立った健だが、カッツェンベルヒと名乗る覆面の怪人が乗った複葉機により撃墜される。科学忍者隊は、怪人の正体がギャラクターの首領・ベルクカッツェだとにらむ。

ギャラクターに対抗すべく、海底基地の建設を急ぐ南部博士。ギャラクターはこれを妨害すべく、鉄獣で基地建設場所を探そうとする。一方、甚平は手柄を立てて人気者になろうと考え、1人で鉄獣を倒そうとするが…。

鉄獣サソリロケットを月面に送り込んだギャラクターは、無数の岩を地球に向かって打ち出して攻撃。一方、各地を襲った隕石が全て月の石であると判明し、科学忍者隊はゴッドフェニックスで月へと飛び立った。

ある夜、突然アリの大群が原子力研究所を襲い、街は大停電に見舞われた。バードミサイルで堤防を破壊し、アリの群れを水で押し流した科学忍者隊は、その正体がギャラクターのアリロボットだったと知る。

航空ショーに向かうトリタン国の巨大戦闘機・ブルーホーク号。その護衛を命じられた科学忍者隊だったが、ブルーホーク号の搭乗員たちがすでにギャラクターとすり替わっていることに気づいていなかった。

ギャラクターの鉄獣イブクロンが砂糖の原料を次々と強奪したため、全世界が砂糖不足に陥ってしまう。市民の不安をあおって混乱させるのが目的と推測されるなか、甘いものが大好きな竜の怒りは頂点に達する。

砂漠の人工湖が消えて別の場所に移動するという事件が発生し、科学忍者隊が調査を開始。現地の村の長老は、かつて燃える赤い砂の恩恵によって栄えた文明があったが、ある日突然砂が動きだし、滅ぼされたのだと話す。

航海中の原子力客船が、ギャラクターの鉄獣アイス・キャンダーに襲われて消息を絶った。偵察機で撮影された海を移動する巨大氷山が怪しいとにらみ、科学忍者隊は氷山の進行方向である北極へと飛ぶ。

10年前に公害によって滅んでしまったゴーストシティで、調査隊が攻撃を受けて全滅した。毒ガスの充満する街を調査すべく、科学忍者隊はゴッドフェニックスの装甲を対ガスの防御皮膜で覆って発進する。

ギャラクターがISOの無人工場を乗っ取り、鉄獣メカニカを作り出した。鉄獣は科学忍者隊を退け、バードミサイルも効かない。倒すためには敵の基地を探し出し、設計図が写されたマイクロフィルムを奪わねばならない。

街でカブト虫を捕まえ、家に持ち帰った甚平と子供たちだが、カブト虫は巨大化して鉄獣カブトロンとなり、街で暴れ始めた。カブトロンは、人間の子供の暴力的本能に目をつけた総裁Xの指示によって造られたのだった。

巨大鯨が石油コンビナートを破壊した。科学忍者隊が発見したギャラクターの巨鯨潜水艦は、本物の鯨の群れを蹴散らして逃走。生き残った子鯨をシャチの群れから助けようとする甚平に、健たちは仕方なく手を貸す。

カーレースと賭博で有名なルーマン王国は、ギャラクターと手を組んでその資金源となっていた。王子のルーカー殿下はそんな現状を憂い、レースに乗じて科学忍者隊と接触し、ギャラクターの情報を渡そうとするが…。

街で鉄獣モグラタンクが暴れるなか、ジョーは子犬を救おうとする。だが、爆風で飛んできた鉄の破片が頭に直撃して昏睡状態に陥ってしまう。破片は脳の危険な箇所に触れており、手術で取り除くことができない。

名馬グランプリで優勝した馬は、南部博士の先輩・ヘンジンマン博士の造ったサイボーグ馬だった。ギャラクターはヘンジンマン博士を誘拐し、組織のために研究させようとするが、博士はそこで意外な言葉を突きつけた。

世界最大の海底ウラン採掘場が、鉄獣キングドラゴンの襲撃によってギャラクターに奪われた。ISOの強力な飛行空母・マンモスタイガー3機でも太刀打ちできなかったため、南部博士は科学忍者隊への出動要請を拒む。

圧倒的な強さを誇る鉄獣メカ・ボールが次々と街を破壊していく。その弱点を見いだせない南部博士は科学忍者隊の出動を禁じ、健も同意。だが、納得のいかないほかのメンバーは博士の指令を無視して出撃する。

ISO本部に勤める科学者たちが次々に殺害される事件が発生した。科学者を陰ながら護衛していた健は、ギャラクターの特殊部隊・ブラックバード隊に出くわし、取り囲まれるも何とかこれを撃退する。

鉄獣マグマ巨人に破壊されたISOの火山研究所。科学忍者隊は壊滅した研究所の近くで巨人の足跡を発見。足跡は火山の火口まで続いていたが、溶岩の高温にゴッドフェニックスが耐えられず追跡を断念する。

竜が任務中に居眠りしたことによってゴッドフェニックスに合体出来ず、ISOの船舶が鉄獣に破壊されてしまった。竜は責任を取って自ら科学忍者隊を辞め、ブレスレットを返して故郷の漁村へ帰るのだが…。

ギャラクターを裏切ったという女が、金と引き換えにギャラクターの情報を渡すとISOに取引を持ち掛ける。事の真相を確かめるため、ジョーはその女・ルシーと共にアフリカ横断の耐久ラリーに出場することにした。

ギャラクターは不可視化する透明戦車を使って次々に子供たちを誘拐。カッツェは子供たちの脳波から不定形の怪物・アルファギラーを造り出し、ISOビルに侵入させてマントル計画の秘密書類の内容を入手した。

甚平は竜と一緒に、かつてジュンと共に育ったしらゆき孤児院にやってきた。キックボクシングを見たいという子供たちを連れて会場に観戦に行くと、試合は謎の覆面ボクサー・ギャラックXの勝利に終わった。

姿が見えない鉄獣カミソラールが世界各地で暴れ回り、重要施設を火の海に変えていく。出動した科学忍者隊は白いもやのような姿の敵に遭遇するが、ゴッドフェニックスは正体不明の攻撃に歯が立たず退却する。

南部博士を乗せたジョーの車が、ギャラクターの女性部隊・デブルスターに襲撃された。健たちは今後は博士の警護を固めようと決めるが、これを受けてジョーは逆に攻撃に出るべきだと主張して対立する。

ロンパーク市にベルクカッツェからの攻撃予告が入り、鉄獣ゲゾラが警備中の巡洋艦を襲撃。鉄獣の後を追う科学忍者隊だが見失い、敵はそのまま行方をくらました。忍者隊は、市民に紛れて敵の動向を探ろうとする。

鉄獣ゲゾラがロンパーク市を攻撃し始めるが、南部博士はジュンと甚平を欠く科学忍者隊に待機命令を下した。そして、カッツェは街に潜んだ忍者隊をあぶり出そうと市民に銃を向けるが、健たちは3人でこれを撃退する。

突然現れたオーロラからの光線を浴びた人間が錯乱し、各地で大事故が発生してしまう。それは鉄獣サンダーザウルスによる、人間の脳波を動物のものに変えてしまうという攻撃で、竜は猫の脳波にされてしまった。

砂漠の小さな国・ドリア王国では、石油の利権を独占しようとする国王と、民衆が支持するアリ王子との内乱が続いていた。事態を打開したい王子に救援を依頼された科学忍者隊は、王子が率いる反政府ゲリラと接触する。

男の子2人とその父親が海で夜釣りをしている最中、科学調査船を襲撃する鉄獣を目撃した。遭難して海を漂うその親子を科学忍者隊は救出したが、彼らはなぜか目撃したことを隠して話そうとしない。

太陽エネルギーの権威・三輪博士がギャラクターに拉致されたが、その直前に博士は愛犬・タローを逃がして南部博士に危機を伝えた。博士を救出しに向かう科学忍者隊は、タローを案内役にして敵の基地に侵入する。

砂漠に建設された、多くの最先端技術を取り入れた無公害都市。その落成式が行われ、招待された南部博士に科学忍者隊も同行。そこで考古学者・ムカシスキー博士の恐竜模型などが行進するパレードが行われるが…。

ギャラクターが世界中にばらまいた白い胞子が巨大植物に成長し、雨の日に女性ばかりを襲い始める。店にいたジュンも襲われるが撃退した。南部博士はジュンの証言から、植物が古代の食肉植物・ジゴキラーだとにらむ。

ジゴキラーの増殖を抑えるため、科学忍者隊はジュンが飲み込まれていると知りつつも群れを焼き払った。しかし、彼女を見殺しにしてしまったという事実に、仲間たちの結束はバラバラになってしまう。

総裁Xが作曲した殺人ミュージックを演奏させるため、カッツェは若者に人気があるロックバンド・デーモン5を誘拐。飛行マシン・ソニックメカから録音した曲を流し、その恐るべき音楽で街を破壊し始める。

休暇中の竜がヒッチハイクで乗った車は、殺人犯たちを収容して刑務所に向かう護送車だった。しかも車に乗っていたのは実はギャラクターで、刑務所を乗っ取って囚人たちを仲間に引き入れようと画策していた。

長く続いていたビエン国とアメリア国の紛争が終わり、引き裂かれていた恋人のロミナとジュリアは互いの国の平和の象徴として結婚する。一方、戦争の混乱に乗じて両国の地下資源を狙うギャラクターが動きだす。

総裁Xに今までの失敗の数々を叱責されたベルクカッツェは、汚名返上のためギャラクターの科学力を結集して最強のメカ・アルケオを造り、科学忍者隊をおびき出そうとするが、南部博士は忍者隊の出動を禁じる。

もやに包まれた北の孤島・アシカ島でひそかに操業していたISOの秘密採掘場を発見したギャラクターは、採掘していたのが高エネルギーを含む鉱石・カエナインと知り、略奪のため島を攻撃し始める。

ギャラクターを裏切った男が、組織の重要機密の入ったトランクを手に逃亡。飛行場に着くと、健に銃を向けて飛行機を飛ばさせる。操縦しながら健は男の隙を突いて反撃するが、発砲により機体が損傷してしまう。

普通のコンピュータの何万倍もの集積、解析能力を持つウルトラコンピュータをISOが開発。ギャラクターはその機能を恐れ、実験のために中枢装置を持って研究所へと向かうアンダーソン長官の襲撃を企てる。

ISOのエネルギー工場を、次々に鉄獣シャッター・キラーが破壊。施設の機密を空から撮影すると同時に破壊するという、恐るべき敵に科学忍者隊が対峙するが、情報を奪い返すまでは攻撃できず、敵の猛攻を受ける。

南部博士を護衛するため、科学忍者隊がISO本部へとやってきた。駐車場でギャラクターの自動車を発見した甚平は、トランクに身を隠して敵の基地への侵入に成功するが、発見されて捕まってしまう。

インデリア大陸のダム建設予定地に、恐竜トラコドンの動く化石が出現して工事を妨害しているとの知らせが入る。調査に赴く科学忍者隊は正体を隠して宿に泊まっていると、そこへ拳銃を持った暴漢が侵入する。

休暇をもらい、世界で最も平和といわれるホントワール共和国にやってきた科学忍者隊。そこで健は大勢の男たちに襲われていた男を助けて逃がすが、彼らは秘密警察で、逃げた男はギャラクターだったのだと言う。

幼馴染みのサブから、ホントワール国で父親の姿を見たと聞いた健は、サブと共にホントワールへと向かう。一方、ギャラクターは地球を取り巻くヴァン・アレン帯を、ミサイルの爆発によって降下させようとする。

V2計画によって、地球を未曾有の天変地異が襲う。カッツェは、ヴァン・アレン帯を元に戻してほしければ降伏しろと世界各国に勧告。健とレッドインパルスの隊長は、一度はカッツェを追い詰めるが逃げられてしまう。

各国のウラン研究所が次々と襲われ、ISOではその対策会議が開かれることになった。健は代表の1人がギャラクターと入れ替わっていることに気づき、会議場に乗り込んで逃走したスパイを捕まえた。

新開発した汚染物質を海に流したギャラクター。カッツェは、24時間以内に南部博士と科学忍者隊が降伏しないとさらに汚染を拡大させると脅迫。そこで、科学忍者隊はカッツェの要求に従ったと見せかけて策を弄する。

人けのない郊外をひとりバイクで飛ばしていたジュン。そんな時、ギャラクターのブラックバードのバイク部隊に絡まれる。ブラックバードの隊長が現れるが、それはジュンの幼馴染みの矢羽コウジだった。

刑務所から35年ぶりに出所した老狙撃手、マイク・ミラーの腕を買ったギャラクターは、科学忍者隊抹殺のために彼を雇う。一方、南極上空を通過する衛星基地が次々に破壊されたのを受け、忍者隊が行動を起こす。

鉄獣メカブッタによるISOの研究所への襲撃で、開発中である高熱で全てを切り裂くジェットカッターが奪われてしまう。逃走した鉄獣が消えた地点を調査した科学忍者隊は、洞窟で無数の仏像メカに襲われる。

良質の漁場であるお化け島近海で、巨大なイカやエイが空へ舞い上がるのを漁師が目撃したと言う。突拍子もない話を馬鹿にするジョーたちを残し、健とジュンは調査に赴き、そこでお化けイカたちに遭遇する。

鉄獣スカイスクイラーの兵器実験中、余波を受けてギャラクターの観測機が墜落。事故現場を調査していた健は、気を失って倒れている青年を発見する。一方、ギャラクターはついにスカイスクイラーで街を破壊し始める。

ホントワール国上空をG-1号機で飛んでいた健は、レッドインパルスの戦闘機と遭遇。乗っていたのは死んだはずの父親でレッドインパルス隊長・鷲尾健太郎だった。健は秘密基地に案内され、ある任を受ける。

南部博士は、科学忍者隊にそっくりの身代わりロボットを作った。そして、忍者隊の功績をたたえた式典を大々的に開催し、ロボットをギャラクターにさらわせて秘密基地の場所を探ろうと計画した。

野球のナイターの試合が行われている最中、停電した一瞬のうちにグラウンドにいた全ての者たちが消えるという事件が発生。球場に張り込んでいた科学忍者隊の目の前でも、同様の事件が起こってしまう。

独裁者・ソムレー将軍を追放し、平和を勝ち取ったフランベル国だが、ギャラクターと手を結んだ将軍が戻り、降伏しなければ市民を全員殺すと脅迫してきた。救援を頼まれた科学忍者隊は、平和記念祭に沸く街へと急ぐ。

世界各国に保管されていた優秀な科学者たちの脳が強奪され、ロボット制作の権威・山科博士の脳を有した研究所も巨大な怪物に襲われた。科学忍者隊は犯人の後を追い、ギャラクターに操られた怪物に出くわす。

モナリンス王国のフレーク王妃は科学忍者隊のファンで、ISOに多額の資金提供をしていた。ギャラクターは王妃の暗殺を企て、警戒した彼女は忍者隊に警護を要請。忍者隊は街へ潜入してひそかに捜査を開始する。

ISOが進めるマントル計画の重要施設を、鉄獣クラゲメカが次々と破壊していく。出撃した科学忍者隊だったが、忍者隊の手の内を分析した敵の前に敗れ去り、ついにゴッドフェニックスが大破してしまう。

突如として謎の核爆発が南の島の小都市を襲った。高濃度の放射能が島を取り囲む壁となり、何者も内部に入ることができない。そこで、科学忍者隊は科学忍法火の鳥を使い、島内への潜入に成功する。

砂漠のショースケン王国にギャラクターが侵入したとの情報を受け、居所を調査していた王国の兵士たちが全滅。科学忍者隊も調査に乗り出すなか、甚平が町のトウモロコシ売りのおばさんに死んだ息子と間違えられる。

身体中の水分を吸い取られミイラ化するという殺人事件が続発。パトロール中のジョーは、マネキン型ロボットの群れに襲われていた少女を助けたが、救助を優先して連絡を入れなかったことを責める健と対立する。

ヒマラヤ山中に雪男が現れるという噂を聞いた甚平は、1人で雪男捜索に出かけてしまった。麓には同じように噂を聞いて押しかけた観光客が大勢いたが、その夜、客たちが泊まるテント群を巨大な雪男が襲う。

昆虫学者の戸田は、世界最大のジャングルでトノサマバッタの異常発生と遭遇するも、誰にも信じてもらえなかった。そこで真相は確かめるため、甚平が戸田と共にジャングルへ赴くと、バッタの群れに襲撃される。

激闘の末に鉄獣を倒した科学忍者隊だったが、メカの爆発の直前にベルクカッツェが逃走。南部博士の命令を受け、忍者隊はカッツェを捕らえるため追尾するが、カッツェが逃げ込んだジャングルで危機に見舞われる。

バードミサイルによって氷河の底に沈んだ鉄獣マンモスーンが復活し、太陽研究所を攻撃すべく上陸し、その手前の遊園地に侵入した。ちょうど遊びにきていたジュンと甚平は、逃げる子供たちを守ろうとするが…。

ギャラクターの戦闘機の編隊がISOの施設を襲った。敵機はエネルギーを補給するため、海上に現れた鉄獣ジャンボシャコラへ帰還するが、その様子を偶然竜の父親が目撃し、漁船が攻撃を受けてしまう。

ギャラクターはジュンの靴を解析し、バードスタイルの変身を解除する兵器・メガザイナーを完成させてしまった。南部博士に呼び出され、変身してG-2号機で向かうジョーはメガザイナーに襲われる。

ギャラクターへの資金援助を断ったドクアール国大統領は、命を狙われる。彼の護衛に向かう科学忍者隊は、熱烈な歓迎をする飛行場を避け、ひそかに国内に潜入。そして、官邸で出迎えた大統領を健は偽者だと見破る。

マリアン海溝の海底1万メートル地点にあるISOの研究所で、研究技師からの連絡が途絶えてしまう。これを受け、健とジョーは調査のため小型潜水艇・マリンサタン号に乗り込み、深い海へと潜っていくが…。

ISO本部の地下コンピュータルームから、科学忍者隊に関する重要データが盗まれた。しかも犯人は、南部博士と並ぶISOの重要人物、ボロンボ博士だった。健はギャラクターを装って博士に接触を図る。

アッシャム国で突然百人以上もの人々が錯乱し、暴動を起こす。街で放し飼いにされている孔雀にギャラクターがメカ孔雀を紛れ込ませ、人々に錯乱光線を浴びせたのが原因だ。科学忍者隊は早速調査に向かう。

ギャラクターによって支配された南海の小島・ビーシー島。子供の頃、この島でギャラクター幹部の子として暮らしていたジョーは、変装して両親の墓参りに訪れるが、島じゅうのギャラクターに襲われる。

科学忍者隊の基地を探し出すため、変身時に放出される電波を捉える小型装置を開発したギャラクター。また、これまでの鉄獣を再生産し、世界中で一斉に暴れさせた。忍者隊はゴッドフェニックスで出撃するが…。

サラサ砂漠のマントルエネルギー蓄積工場が鉄獣に襲われ、その際にできた地中の裂け目にボーリングドリルのエネルギー源が落下してしまった。これがマグマ層に接触すれば、大地震が発生して街が壊滅しかねない。

南部博士と同期だったがISOのポストを争って敗れ、行方不明になっていたデーモン博士。彼はギャラクターに取り入り、鉄獣スモッグファイバーを造り出した。そして博士はスモッグファイバーで輸送機を襲う。

科学忍者隊がユートランドに住んでいると分析したギャラクターは、秘密情報機関GCIAを送り込む。これを察知した南部博士の指令で、敵の潜入を阻止すべく待ち構えていた健たちだが、失敗して逃げられてしまった。

砂糖に代わる人口甘味料・シュガーレがギャラクターによって買い占められた。シュガーレがギャラクター本部に送られると見た南部博士は、ビッグイエロー山の雪が解けると甘い水になるという情報を受けて行動に出る。

G-4号機でパトロール中の甚平は、森の古城の上空に差し掛かり、1人の少女を発見。ニュースで彼女が誘拐された世界的大富豪の娘・マリアであることを知った甚平は、古城に潜入して救出に成功する。

街で無差別発砲事件を起こし、刑務所での終身刑を言い渡された謎の男。口が利けない彼の所持品のひとつである、ギャラクターの女隊長の子供の頃からの写真には、ベルクカッツェという文字が書かれてあった。

甚平は、サンゴ礁を改造して偽の三日月基地を造り出し、ギャラクターをおびき出そうという作戦を立てた。南部博士はこのアイデアを取り入れて実行に移す。そして、カッツェ率いる戦車軍団が偽基地へと進軍してきた。

ギャラクター首領の座を狙うドクター・フィンガーは、自らが造り出した鉄獣マタンガーを起動。ミクロン島に陣取ると、科学忍者隊に「自らの命を差し出さない限り、12時間ごとに島に点在する街を破壊する」と告げる。

ISOの技師を大勢乗せた豪華客船が、ギャラクターの誘導魚雷によって沈没させられてしまう。調査に向かった科学忍者隊は、待ち構えていたギャラクターのカニ型戦車の大群と遭遇し、これを撃退するのだが…。

仕掛けられた誘導装置により、魚雷の群れは確実に三日月基地を破壊していく。南部博士はついに基地を破棄することを決意。健とジュンに全職員を脱出させるよう命じ、自らは重要書類を焼き払おうと部屋に残る。

三日月基地を失い、超バードミサイルも残り1発だけとなった科学忍者隊は南部博士の別荘に身を寄せていた。一方、総裁Xに忍者隊を確実に仕留めたという証拠を見せろと言われたベルクカッツェは、観光都市を攻撃する。

故郷の父親が倒れ、列車で帰省する竜。その見送りに向かう途中、ジョーは少年を車ではねてしまい、病院へ送り届ける。一方、鉄獣アングラーのテスト運転中だったベルクカッツェは、充電するため発電所を襲う。

かつて古代忍者がいたといわれるジュピター山の麓で、奇怪な殺人事件が発生。何者かが人を山に近づけまいとしていると見た南部博士は、以前ジュピター山を訪れたことがあるジュンを調査に向かわせる。

マンモスキャニオンで落雷により何かが爆発。発見されたメカの残骸から、そこにギャラクターの本部があると推測された。狭い渓谷を調査するため、科学忍者隊はカヌーで急流をさかのぼろうとするが、事態は一変する。

銀河星雲の謎を解くべく、2人の若者を乗せて宇宙へと打ち上げられた有人ロケット・レオナ3号。その発射に立ち会っていた南部博士がカッツェにさらわれ、大気圏外のレオナ3号では事故が発生する。

鉄獣の出現に科学忍者隊に出動命令が下った。だが、ある事情でジョーがいないため超バードミサイルも撃てず、ゴッドフェニックスは毒液入りの爆弾をばらまく鉄獣グレープボンバーに苦戦して退却する。

ギャラクターの重要基地を発見した科学忍者隊は超バードミサイルで攻撃するが、ジョーの不調により狙いを外してしまった。そしてゴッドフェニックスを降り、半壊した基地へと侵入するが、わなにはめられてしまう。

危険な方程式が記されたマイクロフィルムを、北極の海底に沈める任を受けた健。方程式を考案したマキシム博士と共に輸送機で北極へと向かうが、ギャラクターの工作によって不時着し、氷原の裂け目に落ちてしまう。

ジョーの異変に気づいた健は本人に問いただそうとするが、秘密を知られたくないジョーと争って殴りあいへと発展。そんななか、ISO本部に送られてくる極秘情報が、何者かに盗聴されるという事件が発生する。

無数の鉄獣が出現し国連軍と戦闘になるが、科学忍者隊に南部博士からの出動命令が入らない。健は独断で出撃するが、ジョーとは連絡が取れず、さらにアンダーソン長官によれば南部博士も行方不明だという。

ギャラクターに正体がばれたことにより、ジョーは変身前に襲撃され、捕らえられて鉄獣内部に連行される。カッツェに他のメンバーの正体も明かせと迫られ、痛めつけられながらも隙を突いて脱出するジョーだが…。

単身ギャラクター本部へと乗り込んだジョーだったが、再びとらわれの身となってしまう。科学忍者隊がジョーを捜索するなか、ギャラクターの最終計画「ブラックホール作戦」は着々と進行していた。

ギャラクター本部の入り口を捜索する科学忍者隊は、自力で脱出した瀕死のジョーと再会。だが、ブラックホール作戦を阻止すべく、苦渋の決断で彼をその場に残して本部に突入。健がついにベルクカッツェを追い詰める。