銀魂ﾟ（3期）

銀時、神楽、新八、以外の時間が止まってしまう。UFO墜落現場から拾ってきた「三千世界時計」を銀さんが破壊してしまったことが関係しているようだ。故障した時計を修復すべく、からくり技師・源外を訪ねるが…。

世界の時間が止まった原因がただの時計の電池切れだと気づいた万事屋の3人は、電池を交換すべくUFOの墜落現場に向かう。そこにいたのは、現場検証を行う真選組と、電池を握ったまま時間が止まった土方だった。

真選組監察方・山崎退は万事屋の張り込み調査を命じられた。暇を持て余す銀さんを見張り続けることに意味を見いだせなくなっていた頃、彼は故障したスーパーのレジに優しく話しかけるたまに一目惚れしてしまう。

苦手な歴史の年号暗記を月詠から教わる晴太。月詠のスパルタな勉強法が嫌になった晴太は、銀さんに家庭教師のバイトをお願いする。中途半端なことはできないと意気込む銀さんだが、その暗記法はおかしなものだった。

ある日、万事屋の洗面台に新品の鏡が備え付けられた。それは、さっちゃんが銀さんのあられもない姿を覗き見るために設置したものだった。そしてさっちゃんは、万事屋3人のありのままの姿を目の当たりにする。

攘夷志士同窓会に呼ばれた銀さんは、出番ほしさに桂と坂本が主催したものと思っていたが、招待を出したのは攘夷戦争時代の盟友・黒子野太助だった。 しかし、一行はなぜか黒子野のことをまともに思い出せない。

元攘夷志士の銀時、桂、坂本の3人は、高杉からの手紙と「歩狩」を見て黒子野のことを思い出す。記憶は攘夷戦争時代にさかのぼり、戦いの合間、廃寺で休んでいた銀時たちは気分を変えようと缶蹴りに興じていた。

行きつけのたばこ屋の婆さんから、落とし物の宝くじをもらった土方。特に宝くじに興味はなかったのだが、3億円に当選していることを知るや、土方は周囲の人が3億円を狙うモヒカン姿の危険人物に見えてしまう。

銀さんは、万事屋に依頼が来ない原因は宣伝不足だとの結論を出した。宣伝ポスターを作るため神楽、新八と一緒に万事屋のキャッチコピーを考えるが、どれもどこかで見たことのあるものばかりなのだった。

九兵衛が道端で占い師に声をかけられた。男として生きるべきか、女として生きるべきか悩みを打ち明ける九兵衛に対し、占い師は「本当に男になりたいのなら、それを叶えることができる」と告げるのだった。

デコボッコ教の裁きで性別が転換したかぶき町の住人たちは、「新しい性をまっとうしない者には天罰を下す」とまで告げられ騒然となる。そんななか、隊士が全員女性になった「まん選組」は反乱の機会を窺っていた。

元女性陣の活躍でかぶき町の住人たちは元の性別を取り戻し、デコボッコ教は地球から去った。しかし、地下にいた銀さんたちは男女逆転したまま取り残されてしまい、逆転した性別のなかでそれぞれの生き方を模索する。

晴太は午前の授業が終わると弁当を食べずにどこかへ出かけていく。日輪が作る弁当が豪華過ぎて恥ずかしいからだった。月詠は「普通の弁当」を作るよう日輪に言うが、明日の弁当は月詠が作ればと言われてしまう。

奇妙な辻斬り事件がかぶき町を騒がせる。皮一枚を残して首を切断するその様子から、死神の仕業ではないかとの噂が広まった。そんな折、銀さんは飲み屋の帰りに遭遇した死神に、切腹の介錯を依頼されてしまう。

処刑執行人一族の現当主・池田夜右衛門よって、銀時の過去が明かされる。銀時は先代・夜右衛門に逃がされた罪人の1人なのだった。銀時は、池田家に助けられた恩に報いるよう、朝右衛門逃亡の協力を依頼される。

夜右衛門は公儀処刑人として池田家を守ろうとし、朝右衛門は先代・夜右衛門の魂を守ろうとした。そして銀時は先代・夜右衛門に命を救われた。3人の過去が、それぞれの想いとなって交わり、その剣が繰り出される。

夏休みになり、公園をねぐらにしていた長谷川は、深夜まで夜遊びする子供たに怖い話をしてくる「怪談おじさん」として知られていた。これが商売になるとにらんだ長谷川は、ネタを仕入れるため万事屋を頼るが…。

銀時はスナックお登勢の看板娘・たまと共に「ロボッ娘懺悔室」を開店し、ひと儲けを狙う。だが、懺悔室にやって来る罪人たちの告白する罪は、銀時に降りかかるものばかり。彼は自分の知らない思わぬ事実に直面する。

銀さんが将軍殺しの大罪で逮捕されることになるが、当の将軍は万事屋メンバーが起こした騒動に巻き込まれて記憶を失ってしまう。そんな将軍を桂が助けるが、桂は将軍が将軍だと気づかず、とんでもない提案をする。

夏祭りの夜、見廻りをする真選組の土方と沖田。そこへカップルに刀を突きつける男が出現。2人が駆け付けると、そこにいた男は近藤だった。近藤は、好意を寄せるお妙を夏祭りに誘うが断られご乱心の様子で…。

ある暑い夏の日、スイカを頬張る神楽とそよ姫。「もっと美味しい食べ方はないものかしら」と悩む2人に対し、銀さんは工夫して食べることを提案する。しかし、スイカを食べるはずがそよ姫が誘拐されてしまい…。

交通事故に遭い、五体は無傷ながらも魂がミンチになってしまった銀時と土方は、中身だけが入れ替わってしまった。元に戻る方法が分からないまま、銀時は土方として、土方は銀時として暮らすことになる。

魂の入れ替わりは、源外の発明した「全自動卵かけ御飯製造機」によるものだと知った銀時たち。銀時と土方は事故によってちぎれた銀時の魂の半身を捜すが、魂は恐るべき戦闘マシーン・どざえもんへと変貌していた。

お妙からどざえもんを引きはがそうとする銀時と土方の前に、魂と肉体が入れ替わった万事屋と真選組、桂や長谷川たちが駆けつける。リーダーの入れ替わりによって生まれた「自由」と「規律」が、皆をひとつにする！

宇宙で商いを続ける快援隊の坂本と陸奥。今度の商品は坂本が選んだ「5千万入るバッグ」であったが、商売は散々な結果になり、愛想をつかした陸奥は坂本を海へ捨てる。銀時が陸奥に、坂本との経緯を尋ねると…。

坂本が過去に捕まったのは、陸奥が副団長を務める千鳥海賊だった。とらえた坂本たちに陸奥が興味を示す中、奴隷たちの処刑が決定し、陸奥は1人で反旗を翻すことを決める。一方、現代の坂本も千鳥海賊に捕まり…。

新しい着物を買ってイメチェンしたいお年頃の新八。だが、その1歩がなかなか踏み出せずにいた。万事屋3人まとめてイメチェンすれば恥ずかしくないだろうとお妙が気を回すが、どんどんおかしな方向に発展し…。

泥棒・猿吉小僧に見込まれて弟子入りすることになった近藤は、盗人の心得を学び、2代目として跡を継ぐことを期待されるようになる。猿吉小僧から頼まれた近藤が神社に供え物に行くと、そこには土方の姿があった。

桂は真選組を内部から瓦解させようと採用試験を受け、見事三番隊の特別副官として採用される。そこは斉藤終のみが所属する「沈黙の部隊」と恐れられる隊。桂は斉藤と何とかコミュニケーションを取ろうとするが…。

桂の罠によって処刑されそうになる斉藤終。斉藤の秘めた思いを知った銀時は、極端に無口な斉藤に代わりマイクを使って申し開きをすることに。あの手この手で何とか罪を晴らそうとするが、桂は断固粛清を主張する。

日差しが照りつける中、ターゲットの尾行を続ける万事屋一行。そんな中、暑さに耐えきれなくなった銀さんは、身勝手にも神楽の日傘を奪取。日傘を失った神楽は日光にさらされ、日射病で倒れてしまう。

神楽は銀さんの愛情を確かめるべく仮病を使っていたが、仮病とは言いだせないまま単なる日射病がとんでもない展開に。神楽にさまざまな偶然が重なり、医師からは手の打ちようがない危篤状態だと宣告されてしまう。

こっそり保健室で漫画を描き続けていた鯱だが、眠っている間に保健室の先生に漫画を読まれてしまう。それを機に先生に恋をした鯱が銀さんに恐る恐る相談してみると、意外にも協力してくれることになるが…。

鉄子に鍛冶屋の店番を頼まれた万事屋メンバー。するとそこへ、銀河の平和を取り戻そうとする勇者が伝説の神剣を、銀河を支配しようとする魔王が伝説の魔剣を鍛え直してほしいと持ち込んで来て…。

将軍・茂茂の暗殺未遂事件が発生し、将軍の命を案じた者たちは京の帝に庇護をあおぐことに。護衛を任された松平は、影武者を使って将軍を安全に送り届けようとするが、影武者の中にはなぜか銀時たち万事屋の姿が…。

海路を進む一行は、宇宙海賊・春雨の待ち伏せを受けてしまう。鬼兵隊と夜兎を中心とした部隊に一行は壊滅寸前。その危機的な状況を打ち破ったのは、土方の指示で1人真選組を離れていた沖田だった。

忍の里へと下った銀時たちは、全蔵が密かに将軍・茂茂の身柄を伊賀衆に託していたことを知った。だが、その伊賀の地に春雨の船団が現れる。高杉たちは伊賀衆を将軍暗殺の謀反人に仕立て上げようと画策していて…。

全蔵の思いを知った御庭番衆は、自分たちの頭目を救うため春雨の艦隊に飛び込む。一方、銀時、新八、神楽は阿伏兎率いる敵部隊から茂々を守ろうと必死で抵抗。近藤、土方も合流し逃走を図るが、敵の追撃は止まず…。

抜け道のある摩利支天像の前には、高杉、神威たちが待ち受けていた。神楽は神威を止めるため、盛大な兄妹喧嘩を始める。一方、銀時と高杉は因縁の刃を交える。攘夷戦争の時に交わした約束と、幼い頃の思いが重なる。

力尽きて倒れる銀時と高杉。高杉は松陽の教えに従って侍になることを決意した少年時代を思い出す。気付くと目の前には松陽が立っていて懐かしい思いにとらわれるが、松陽に見えたのは再び立ち上がった銀時だった。

死地を抜けた新八たちを待っていたのは、正気を失った喜々を連れた天導衆だった。天導衆はかつて茂茂が提出した解官詔書を利用し、喜々を新たな将軍に仕立て上げていた。天導衆は茂茂の身柄を要求してきて…。

決意した茂茂は自らが将軍であることを言い、自身が目指す将軍の姿を天導衆らに伝えた。一方、戦いを終えた近藤、土方は真選組隊士らに救護され、激戦と繰り広げた銀時、高杉はそれぞれの仲間の下へと帰るのだった。

前将軍・茂茂の死の悲しみが癒え切らぬうちに、新たに将軍となった喜々が茂茂派への粛清を開始。それにより真選組は解散となり、局長・近藤勲と警察のトップである松平片栗虎には斬首が宣告される。

真選組の解散と近藤の死罪が決まり、土方は心を塞いでいた。小銭形は部下である土方の憂さを晴らすため、銀時を伴ってお妙のいる店へと繰り出すが、そこへ将軍・喜々が現れ、場は滅茶苦茶にされてしまう。

収監された独房で、近藤は桂と会う。桂は、真選組と攘夷志士とで手を組み、この国を変えるつもりだという自らの計画を話す。だが、今の国を守るために斬首される覚悟であった近藤は煮え切らない。

土方率いる真選組と攘夷志士たちは、近藤たちが捕らえられている孤島・黒縄島へ向かう。土方たちは囚人に化けて島への上陸を目指すが、逆に奈落の奇襲を受けてしまう。一瞬の隙に背後を取られた土方を救ったのは…。

土方たちは、断崖絶壁が行軍を阻む島の裏手に上陸し奇襲を計画。だが、烏を使ってその動きを察知した朧は、島の裏手に守りを配していた。真選組・攘夷志士・万事屋VS見廻組・奈落の戦いが、ついに始まる。

ならず者の寄せ集めでしかなかった浪士組が正式な警察組織・真選組になった頃、真選組は一橋公の護衛という大任を仰せつかり、やる気に満ちていた。だが、その任務は幕府のめぐらせた陰謀で…。

神楽を庇った信女の身体を、謎の男が放った凶刃が貫く。男は信女、神楽、沖田を次々と打ち破っていく。男の名は虚（うつろ）。天照院奈落の先代首領にして、天導衆までのぼり詰めた男であった。

森の中で再び相まみえることになった近藤と佐々木。傷ついた真選組と見廻組の隊士を助けながら退却を続ける近藤に、佐々木はかつて信じた、あるべき侍の姿を見る。一方、銀時、土方たちは近藤の救出に向かっていた。

戦いは終わった。信女たち見廻組と、近藤たち真選組は、自らの強い信念に命を捧げた佐々木異三郎の生き様に敬意を表し、その死を悼む。銀時たちは江戸に戻ったが、街の様子はすっかり変わってしまっていた。