ニンジャラ

忍者の子孫がかむと、潜在能力を強力に引き出すことができる“ニンジャガム”。その開発を極秘で行っていた研究員のバートン、ベレッカ、ロンの3人は、実験を始めて丸3年、失敗記録を更新し続けていたが…。

ニンジャガムによって子供の姿になってしまったバートンとベレッカ。2人はWNA(世界忍者協会)で“ニンジャガム”の開発をしていたが、その研究所も封鎖される。なす術なく、それぞれの自宅へと帰っていくが…。

運動神経抜群の少年・バーンは、大好きなバスケットボールで大活躍していた。ある日、彼は離れて暮らす父親が何者かに襲われる夢を見る。胸騒ぎを覚えたバーンが父の家へ向かうと、父と忍者が戦う場面に遭遇し…。

明るい性格で友達思いのルーシーは、仲良しのサツキ、サリーと一緒にアイスを食べながら歩いていた。すると、サツキが2人組の不良の1人にアイスをつけてしまい、トラブルに。ルーシーは友達を助けようとし…。

倉庫街では、マフィアたちによる闇取引が行われていた。そこへさっそうと天才ダンス少女・エマが現れ、踊るようなアクションでマフィアを撃退する。その様子をスマホで撮影した目撃者が、ニュースとして拡散し…。

子供の姿になったバートンとベレッカは、入学式が行われるWNAアカデミーへ行き、新入生としてまぎれ込む。すると、校長はニンジャとしての素質があるかどうかを見極めるため、バートンとベレッカの瞳を覗き込み…。

ついに始まったアカデミーでの生活。バートンら6人の担当になったのは、ブルースとエイミー。おのおのがアカデミーでのルールなどについてブルースに質問をするなか、ルーシーはみんなが驚くようなことを言い出す。

WNA本部にあるサーバー室への潜入を企てたバートンとベレッカ。どうにか本部の屋上へとたどりつき、通風ダクトからの侵入を試みる。点検作業の10秒間だけ回転が止まる排気ファンの隙間を通ろうとするが…。

アカデミーが休みの日。ストリートダンスをしていたエマの耳に、犯罪を企てる男たちの声が聞こえてくる。その頃、ビルの屋上から町を見下ろしていたルーシーは、トラックを盗もうとしている2人の男の姿を目撃する。

ある日、アカデミーにロンとジェーンが途中入学してきた。バートンとベレッカは、かつてニンジャガムの開発を共にしていたロンなのか?と驚きを隠せない。そのロンとジェーンには何かたくらみがあるようで…。

初めての屋外訓練。バートン、ベレッカ、ロン、エマはヘリから密林に降下し、バーン、カッペイ、ルーシー、ジェーンは砂漠に降り立つ。それぞれのチームは、ニンジャガムに頼らず、自力でアカデミーを目指すことに。

寂れた建物が並ぶゴーストタウンにやってきたバートンたちは、ニンジャの基本中の基本、隠れることを学ぶため「かくれんぼ」をすることに。すると、ルーシーが「このゴーストタウンでは怪物が出る」と言い出し…。

野外訓練でジャングルにやってきたバートンたちは、ポリスとギャングに分かれて、ニンジャガムを使った追いかけっこバトルをすることに。そうした訓練が行われるなか、藪の中から何者かが生徒たちを見ていて…。

バートンは、有名な物理学者の講演会へ一緒に行こうと、ベレッカと約束をしていた。しかし当日、バートンの姿はどこにもなかった。ロンの姿もなかったことから、ベレッカはよからぬ想像をめぐらせる。

WNA本部のラボでは未確認生命体がカプセルの中にとらわれていた。深夜、未確認生命体が眠りから目を覚ますと、何者かがやって来る。その侵入者が機材のスイッチを触ると、カプセルのふたが開かれ…。

地球外生命体の出現により、WNAでは討伐隊が結成された。そして、生徒たちは初忍務を任される。それは、謎の浮遊する光が目撃された洞窟に討伐隊よりも先に行き、その正体を確かめるというもので…。

スペースニンジャの偵察忍務を行うため、バートンたちはジャングルへ向かうことに。ただ、そこにロンとジェーンの姿はなかった。仮病を使い授業を欠席した2人は、WNAで起きている不審な動きを突き止めようとし…。

倒しても倒しても減らないスペースニンジャに頭を悩ませるWNAの幹部たち。その生態を把握するため、バートンたちにある忍務が下された。それは、スペースニンジャを尾行してすみかを突き止めるというもので…。

とある岬で未確認生物が目撃され、バートンたちが調査を行うことに。現地へ向かうバスには、バカンス中のエイミー先生の代わりにきたデイジーという見知らぬ先生が乗っていた。やがて一行は、海辺の村に到着する。

ベレッカが幼い頃、研究者の父は調査活動中の事故で命を落とした。その父の同僚で親友だったレナードと遭遇したベレッカだが、何者かに命を狙われているというレナードは、再会場所のメモを渡すとすぐに立ち去り…。

父・ショーンがシャドーニンジャに襲われて命を落とした場所を自身の目で確かめるため、ベレッカはジェーン、カッペイと共にオエドへ向かう。オエドに到着するとカッペイの祖父・源雲斎が待っていて…。

忍務を終えたバートン、ロン、バーン、ルーシー、エマはWNAアカデミーへと歩いていた。背後に気配を感じたエマが振り返ると、優しそうな顔で何かを訴えるスペースニンジャの姿があり、ルーシーはいきなり攻撃する。

とあるビルの前に集まったスペースニンジャたちは、何かをたくらむ表情を浮かべていた。一方、WNAでは諜報部長官・アレンが、ニンジャガムを使ってスペースニンジャをおびき出し、せん滅するという作戦を提案する。

スペースニンジャを倒したことを祝って、WNA本部ではアレンが演説をしていた。バートンは、その様子を苦々しく見ていたロンをカーニバルに誘い出す。一方、演説を終えたアレンは、ツキカゲにある命令を下す。

オエドの採掘場に潜入しようと様子をうかがうベレッカたち。この大規模な採掘場では、シャドーニンジャが周囲を監視していた。ベレッカたちは資材を搬入するトラックに隠れて採掘場の中に入ることに成功するが…。

シャドーニンジャの施設である隕石の採掘場に突入したWNAアカデミーの生徒たちは、橋の爆発に遭遇する。難を逃れたジェーンたちがマキフォンでルーシーに連絡をすると、「エマが全然起きない」という返事が…。

WNAアカデミー・ナンバーワンを決めるニンジャラチャンピオンシップの開催が発表され、生徒たちはやる気をみなぎらせる。ベレッカは「どうしても優勝したい」とバートンに強い決意を伝えるが…。

ニンジャラチャンピオンシップで優勝するため、ベレッカは源柳斎に特訓を申し込む。源柳斎の助言で、ベレッカが自身の能力を最も引き出せるガムウェポンをイメージしたその時、ネコのゴローがベレッカにすり寄り…。

ニンジャラチャンピオンシップが開幕し、予選を勝ち進んだバートンをたたえる仲間たち。別の教室ではダンがクラスメイトに、バートンたちの忍者らしからぬ行動を嘆いていた。そんななか、キースが教室を出ると…。

ニンジャラチャンピオンシップの予選を前にしたタイラーに、ダンは熱い言葉をかける。タイラーはダンに微笑を向けると、スマホの写真を見て、過去を懐かしむ。そこには、幼い頃のダンとタイラーたちの姿が…。

予選突破に向けて特訓中のカッペイは、メイのトレーニングを目撃する。一見、鈍い動きに見えたメイだが、重りを外すと、丸太を木っ端みじんにしてしまう。そして、カッペイの成長を見ようと、源雲斎がやってくる。

ニンジャラチャンピオンシップに出場するバーンを応援するため、バーンの母親がWNAアカデミーを訪れる。やる気をみなぎらせるバーンは、けがを負った父が誰に襲われたのか、その真相を仲間と共に調べ始める。

WNAアカデミーの寮へ戻ってきたルーシーは、自身の部屋に手紙が挟まっていることに気づく。差出人はルーシーの両親で、両親が試合を見にくることをルーシーがエマたちに話していると、封筒から1枚の写真が落ち…。

ニンジャラチャンピオンシップ予選が終わり、決勝へ進出する10人が決まった。バートンは、決勝進出者それぞれの予選での戦いを思い返し、決勝戦での作戦を練っていた。すると、バートンはあることを思いつく。

ニンジャラチャンピオンシップ決勝戦は4人に絞られ、競技場ではロンとタイラー、ルーシーとメイがそれぞれ激戦を繰り広げている。ルーシーとメイは、互いに激しい打ちあいをしながら勝負を楽しんでいた。

WNAアカデミー所有のプライベートビーチにビーチキャンプにやってきた生徒たち。早速バーンとカッペイは海へ駆け込み、猛スピードで泳ぎを競っていると、同じく海にきていたキースとタイラーに遭遇し…。

寮内で「今日ハ休日デス」と知らせて回る黒子。その横を食堂のおばちゃんが通ると、持っていたリンゴが一つ、黒子の頭に落下する。すると、黒子は倒れ、手をバタバタさせて回りだす。そこへナオミが現れ…。

夜のWNAアカデミーの寮。生徒たちはブルース先生も交えて怪談話に興じていた。そして、ルーシーの番。最近アカデミー内でもちきりになっている、生徒たちの身に起きた身の毛もよだつ“噂”があると言い…。

河原で捨てられていた竹刀を拾ったカッペイが振り返ると、少年・ジミーが立っていた。ジミーは道場に何年も通っているが上達せず、今度の進級試験で1勝もできなければ道場をやめなくてはいけないと打ち明ける。

アカデミーの食堂では、エイミー先生が畑で育てたカボチャを使った特製パイが振る舞われた。すると、バーンは幼い頃に好きだったという絵本について話しだす。それは、「カボチャ大魔王」という絵本で…。

ブルースはいつものようにダジャレを連発して生徒たちを困惑させていた。そのダジャレの一つにロンは既視感を覚えるが、いつ、どこで聞いたのかまでは思い出せなかった。休み時間、ブルースの前にロンが現れ…。

やる気なく、たるんだ態度のアカデミーの生徒たち。そこへあくびをしながら現れたバートンにダンは、生徒がたるんでいる元凶はお前だと、難癖をつける。ダンは生徒たちの態度にニンジャの未来を案じ…。

WNA本部では幹部たちが集まり、会議が開かれていた。その時、突然室内の明かりが消えると警告音が鳴り、緊急用の赤い非常灯がつく。WNAのシステムが外部からハッキングを受けたことがわかり、幹部たちはざわつく。

バートンたち8人は訓練場に集まり、自主練でサバイバルバトルをすることに。それぞれガムウェポンを出すなか、バーンとカッペイが競いあうようにニンジャガムを大きく膨らませると、超巨大ガムウェポンが出現し…。

アジトにこもり、とある発明のために作業をしているバートン。しかし、そのそばではエマがダンスをし、バーンとカッペイはスケボーで競りあっていた。発明の完成を急ぐバートンだが、ゴローやガムッチまで現れ…。

バーン、カッペイ、ルーシーとモノレールに乗るエマの耳に、突然、「怪我人は出さない。我が輩はヒーローであるが故に」という声が聞こえる。程なくしてレールが切れ、モノレールは今にも落ちそうな状態に…。

バートンとエマは、謎の大男・ニンジャマンと激しい戦いを繰り広げていた。その時、ニンジャマンの右手から猛烈な火炎が噴き出され、バートンたちは絶体絶命に。そこへバーンとカッペイ、ルーシーがやってきて…。

オエドの採掘場で隕石の掘り出しが完了し、WNA本部にも完了の報告が入り、アレンは隕石のコアをWNA本部に急ぎ持ち帰るよう指示を出す。そんな動きに不審を抱く源柳斎は、バートンたちに内密で指示を与える。

スペースニンジャとシャドーニンジャから狙われた隕石を守るため、バートン、ベレッカ、エマ、バーンはレナードと共に隕石のある採掘場を目指していた。その頃、シャドーニンジャのヘビマルは単独行動を開始し…。

シャドーニンジャとスペースニンジャを撃退して隕石を守ったバートン、ベレッカ、バーン、エマたちだったが、なぜか御庭番衆たちに取り囲まれてしまう。御庭番衆は「隕石は預かろう」とバートンたちに提案するが…。

オエドからシノビの力が秘められた隕石を持ち帰ったバートンたち。しかし、WNA本部内では、シャドーニンジャが大統領を誘拐して、その身柄と引き替えに隕石を要求してきたため、大騒動となっていた。

アレンはシャドーニンジャに捕らわれたハロルド大統領の身柄と隕石の取引にオペラ座へやってきた。しかし、アレンは隕石の引き渡しを拒み、シャドーニンジャとの大乱戦に突入する。そこへスペースニンジャも現れ…。

解放されたルーシーの力により崩れていくオペラ座で、ロンとアレンは互いの武器をぶつけあう。徐々にアレンの力が弱まっていき、ついにロンの一撃でアレンは倒される。ハロルドは保護され、事件は無事収束するが…。

ある夜、車を走らせていた2人組の女性たちは、道にたたずむ少女に声を掛けた。すると、眼帯を外した少女の瞳が光り、女性たちが乗る車が揺れ始めた。一方、エマはこつぜんと姿を消したルーシーを捜していた。

エマはルーシーがアカデミーに戻る意思がないことをバートンたちに告げると、話題を変えるかのように畑の手入れをしようと提案する。その頃、WNA本部の会議室にいたブルースは、ほったらかしにされたことに怒り…。

WNA本部がシャドーニンジャに占拠され、マスターシャドーはWNAが手中に収まったことに満足し、ダンは彼の考えに心酔していた。一方、アカデミーでは源柳斎が本部から逃れてきた御庭番衆や生徒らを集め…。

WNAアカデミーでは、シャドーニンジャの襲撃を防ぐため生徒たちがバリケードを作っていた。一方、イーグルシティの工場街にある廃ビルの屋上にはロンとジェーンの姿があった。すると、ロンの目に何かが留まり…。

服部ハンゾウの血を引くバートンは、無意識のうちに鬼のハンゾウの力を使いダンに攻撃を仕掛けたことを思い悩む。そんなバートンに源柳斎は、その力を今回起きている騒動を治めるために生かすべきだと声をかける。

マックスが市議会議事堂に忍び込むと、市長と市議たちはマスターシャドーによるイーグルシティ統治を受け入れようとしていた。その報告を受けた源柳斎の前で、カッペイは「マスターシャドーを倒せばいい」と言う。

隕石保管室に隕石を奪いにきた2体のスペースニンジャは扉を開けようとするが、そこへ現れたルーシーに隕石保管室の中へと吹っ飛ばされる。その時、スペースニンジャの1体が誤って、ヘビマルを丸飲みし…。

イーグルシティの市長に新しいリーダーとして紹介されたマスターシャドー。着々と支配を進めるマスターシャドーは、ニンジャによる統治でイーグルシティを理想の都市にしようと、さらなる計画を実行する。

コメリカ大統領・ハロルドがイーグルシティにミサイル攻撃をすると発表し、バートンたちが動揺するなか、源柳斎はあることに気づく。それは、ハロルドがマスターシャドーの傀儡の術で操られているというもので…。

WNA本部でシャドーニンジャやスペースニンジャと戦うバーン、カッペイ、エマ、ナオミだが、次々と現れる敵に悪戦苦闘する。さらに、1体のスペースニンジャがシャドーニンジャを飲み込み、ダークニンジャに…。

ある夜、イーグルシティ上空に現れた一筋の流れ星をWNAアカデミーの生徒たちは目撃する。翌日、バートンとベレッカがブルース先生と街で備品の買い出しをしていると、前を通り過ぎる謎の人影が…。

火事現場でバートンたちを助けたエゼットを見て、ニンジャの子孫に違いないと思ったブルースはWNAアカデミーにスカウトしようとする。ブルースはあれこれと誘い文句を繰り出すが、エゼットは冷めた反応を示す。

WNAアカデミーでは、「ニンジャラバトルフェスティバル」が開催されることに。その前日、バートンとベレッカが自身に関する良からぬことを話していると悟ったエゼットは、アカデミーから逃げだすことを考える。

エゼットのことを怪しむベレッカは、バートンたちに訴える。ブルースと食事をするエゼットを見つけたバートンたちが聞き耳を立てると、エゼットはブルースからニンジャガムの在りかを聞き出そうとしていた。

バトルフェスティバルに向けてガムッチはエゼットを朝練に誘うが、ガムッチがスペースニンジャに違いないと考えるエゼットは逃げだしてしまう。ベレッカはそのエゼットのことをシャドーニンジャの一味だと疑い…。

WNAアカデミーの道場で、いつものように小競りあいをしているバーンとカッペイ。2人が競って放ったクナイは、エゼットの横をかすめていく。エゼットはロンが自身の正体を知り襲ってきたのだと勘違いし…。

エゼットが朝早くどこに出かけるのか探る約束をバートンにすっぽかされ、ベレッカは不機嫌になっていた。そんなベレッカがニンジャラバトルフェスティバルで次に対戦するのは、バートンのチームだった。

ニンジャラバトルフェスティバルの勝利に向けて、チームメイトのダミアン、シーラとコミュニケーションを取る努力をするバーン。一方、対戦相手のロンも同じチームのメイに一緒に練習をやらないかと持ちかけるが…。

エゼットに不信感を抱くベレッカは、カッペイを引き連れ尾行をすることに。一方、ニンジャラバトルフェスティバルはいよいよ準決勝。まとまりを見せるダンチームに対し、バートンたちのチームワークはバラバラで…。

バートンとベレッカに宇宙船が見つかってしまったエゼットは、ニンジャラバトルフェスティバル決勝戦当日になってもアカデミーに戻らず、バートンは最初にエゼットと会った場所、ベレッカはWNA本部へ捜しにいく。

バートンたちはWNA本部でベレッカが何者かに連れ去られたと連絡を受ける。その瞬間を捉えた監視映像を確認すると、ベレッカを連れ去ったのはエゼットと同じくメルウス星からきたマレットとバケットだった。