ポケットモンスターアドバンスジェネレーション

ポケモンマスターを目指し、まだ見ぬ地、ホウエン地方へ旅立ったサトシとピカチュウ。だが、ピカチュウの様子がおかしい。高熱にうなされているピカチュウ治療のため、ホウエン地方で有名なポケモン博士、オダマキに連絡を取ったサトシ。どうやら先のロケット団の攻撃の影響で体内に多量の電気が溜まっており、このままでは爆発も有り得るという。すぐさまピカチュウの体内の電気を吸い取る治療が始まるが、ピカチュウの膨大な電気量に機械が爆発！我を失っているピカチュウはそのまま外へ逃げ出してしまう。サトシとオダマキ博士もすぐに後を追うが・・・

ホウエン地方での新たな冒険の旅を始めたサトシとピカチュウ。ひょんなことから新人ポケモントレーナーのハルカとホウエンリーグへの参加登録のため、ポケモンセンターのあるコトキタウンを目指していた。しかしまだポケモンの扱いに慣れないハルカとの道中はドタバタ。何とかポケモンセンターに辿り着いた一行は、このセンター内でコトキ遺跡を調査しているというウメヅ博士から、古代ポケモンの謎について話を聞くことに・・・。博士はその謎を最近解いたというのだが、その夜、突如現れた複数の男たちがウメヅ博士とサトシ達をさらっていってしまった！謎の男たちの目的は一体何なのか！？コトキ遺跡には何が隠されているのか！？

ホウエンリーグへの参加登録を済ませたサトシたちは、ホウエン地区最初のジム戦に望むため、意気揚々とトウカシティへ向かっていた。しかしハルカは、トウカシティに着くなり、ジムを避けるように街中に消えていったため、サトシは一人でトウカジムの門を叩いた。中から出てきたのはポケモントレーナーに憧れる小さな男の子。サトシを見るなり先のジョウトリーグでのサトシ戦にダメ出しをし始めた。ムッとするサトシは、ジムリーダーを出してくれと言い放つが、男の子は自分がジムリーダーだと言い出し・・・。はてさて、サトシのホウエン最初のジム戦は一体どうなるのか・・・？

ハルカに加え、その弟マサトとも一緒に旅をする事になったサトシ。良くも悪くも賑やかになった一行は、一番近いポケモンジムのあるカナズミシティを目指す・・・。森の中で“つばめポケモン”スバメに出会ったサトシ達は、縄張り荒らしとしてスバメの群れに襲われてしまう。持ち前の負けん気でピカチュウの10万ボルトも何のその。サトシ達はスバメ軍団に取り囲まれ絶体絶命のピンチ！！そこに飛び込んできて一行を救ったのは、なんとトキワシティで別れたタケシだった！！危機を脱したサトシ達は再会を喜び合い、ハルカとマサトも新しい仲間とすぐに打ち解ける。しかしその頃、スバメの強いガッツに目を付けたロケット団が、スバメを利用したピカチュウゲット作戦を企てていた・・・。

カナズミシティを目指し旅を続けるサトシ達は、森で異様に大きな“まめだぬきポケモン”のジグザグマに遭遇する。しかしそれは短パンをはき自然とふれあい、ポケモンの着ぐるみを着てポケモンの気持ちを理解するという一風変わった少年、キヨの変装した姿だった。サトシ達のせいで狙っていたジグザグマをゲットし損ねたキヨだったが、トウカジムへジム戦を挑みに行く途中の彼は、丁度いい機会とトウカジムの娘ハルカにポケモンバトルを申し込む。ハルカは受けてたつが、トレーナー初心者ため慣れないバトルにあっさり負けてしまう。トウカジムも楽勝だと言い残し、意気揚々とジグザグマのゲットに向かったキヨ。悔しいがハルカは文句を言うことしかできない。しかし弟マサトは、ハルカのみならずジムリーダーの父親を馬鹿にしたキヨに一矢報いようと、一人別行動を取り始めてしまい・・・。

カナズミシティに向かう森の中を行くサトシ一行。この辺では最近、非道なポケモン密猟者が暗躍しているらしい。密猟者が使った捕獲ネットの一部を見つけたことから、犯人逮捕の手助けをすることになるサトシたち・・・。その頃、いつものようにピカチュウゲットのため落とし穴を掘ろうとしていたロケット団は、偶然、密猟者の捕まえた大量の“どくタイプポケモン”アーボとドガースを発見する。自らの相棒アーボックとマタドガスももともとはアーボとドガースを育てて進化させたもの。２体に思い入れのあるロケット団は、彼らを助けて自分達が頂いてしまおうと企む。が、あっさりと密猟者リョウに見つかり、逆に彼らのアーボックとマタドガスまで狙われてしまう！！手強いポケモンを駆使するリョウにロケット団は全く歯が立たない！！果たして長く連れ添った相棒アーボックとマタドガスは守れるのか！？彼らに白い明日はあるのか！？

旅の途中、森の中で以前から気になっていた“もりトカゲポケモン”キモリに出会ったサトシは、ゲットしようと大いに張り切るが、気持ちが先走って斜面を転がり落ちてしまう。そのままハルカたちとはぐれてしまったサトシの転がり着いた先には、枯れながらもなお神秘的な巨大樹が。その存在感に引き寄せられるように近寄ったサトシに一匹のキモリが襲いかかる！サトシはピカチュウで応戦するものの、キモリの素早さに押され気味、しかし数匹のキモリ達の介入により訳の分からぬまま戦いは休戦してしまう。どうやらこのキモリ達は、一匹で住み続けるキモリを連れに来たらしい。頑なにここを離れることを拒否するキモリに他のキモリ達は困り果ててしまうが、サトシはひたむきに巨大樹の面倒を見るキモリを応援する。そんな時、ロケット団がキモリの大量ゲットを目論み、森の木ごと奪い去ろうとする！果たしてサトシとキモリは巨大樹を守れるのか！？

森の公園でランチをとるサトシ達一行。旅で最も楽しい時間の一つだ。そんな楽しい時間を茂みの中から黒い影が狙う！“どくへびポケモン”ハブネークが食料を狙っていたのだ。ハルカのポケモン　アチャモはもてあそばれ食料を取られてしまうが、サトシのキモリが鮮やかに取りかえす！しかし、怒ったハブネークの反撃でキモリは右腕に深手を負ってしまう。急遽ポケモンセンターで治療を受け幸い大事には至らなかったが、ハブネークに遅れを取った自分を許せないキモリは、一人、ポケモンセンターを抜け出す・・・。ハブネークと一人で決着をつけようと出ていったのだ！ロケット団がハブネークのゲットを狙う中、キモリの意地をかけた第２ラウンドが今始まる！！

カナズミシティへの道中、長かった森を抜け久しぶりに街へ辿り着いたサトシ達は、それぞれ都会を満喫しようと2組に別れ、別行動を取ることにした。とりあえず腹ごしらえと、マサトを連れたサトシは、路地で怯えている“きのこポケモン”キノココを発見する。最初はサトシ達を警戒するキノココだが、優しくなだめる2人に心を開いてくれる。サトシは元来、森に生息するはずの野生のキノココが街にいるのを不思議に思い、とりあえずポケモンセンターへ連れて行こうとするが、その途中、古びた館の前を通りかかると突然キノココは屋敷内へと駆け出して行った！サトシ達は慌ててそれを追うが・・・。その頃、ショッピングに向かっていたハルカとタケシは、この街にあるという呪われた屋敷の噂を耳にしていた・・・。果たしてキノココは一体どうしたというのか！？その屋敷には何があるというのか！？

旅の途中、サトシ達は「世界最強のポケモンがいる」とうたう非公式のポケモンジムを見つける。一行は「世界最強」という言葉を疑いながらも興味津々、さっそくジムの門を叩く。中から出てきたのは少年アントニーと“みずどりポケモン”ぺリッパー。サトシはさっそくバトルを開始するが“みずタイプポケモン”のぺリッパーの口からは“くさタイプ”の技、さらに“ほのおタイプ”の技までもが飛び出す！！常識では有り得ない技のバリエーションにキモリ、スバメが次々と倒される。ピカチュウが辛くも引き分けに持ち込むが、双方大ダメージを負い、サトシは3匹をポケモンセンターで治療してもらうことになってしまう。その頃、最強のポケモンならばと、ぺリッパーを頂こうとしたロケット団は偶然、変幻自在な技の秘密を暴いてしまう！ここぞとばかりに一儲けを企むロケット団だが・・・。果たして世界最強ポケモンの秘密とは一体何なのか！？

旅の途中、サトシ達一行は迷い込んだポケモン保護区で、カクリという女性と“かみつきポケモン”のグラエナ達に出会う。彼女らはこの保護区を密猟者から守っているポケモン保護官なのだとか。強そうなグラエナと、保護官とドクターの資格を持つカクリを憧れの眼差しで見る一行。しかしグラエナたちに混じって、一匹だけグラエナの進化前であるポチエナの姿が・・・。何でも他のグラエナと同じ時期に生まれたのだが、なぜかこのポチエナだけ進化が遅れていると言う。ポケモンの進化を目の当たりにしたことのないマサトは、どうしてもポチエナの進化を見たいと駄々をこね、進化するのをじっくり待とうというみんなの意見にも耳を貸さない。仕方なく一行はしばらくここに留まることに・・・。はてさて、ここからマサトの無茶なポチエナ進化大作戦が始まるが・・・！

旅の途中、サトシ達はひと休みしていた湖で“うきくさポケモン”のハスボーたちと、フラワーショップの三姉妹ノリコ、レイコ、ナオコと知り合う。彼女達の店にお邪魔することになった一行は、おいしい木の実の料理を頂きながら、ポケモンに様々な効果のあるという木の実の話に花を咲かせる。そんな中、乱暴な口調ながらもタケシだけやたらと特別扱いする末っ子のナオコは、どうやらタケシのことが気に入ってしまったご様子だ。木の実の中でも珍しい“オボンの実”をタケシが見てみたいと言ったことから、ナオコは一人森へ探しに出かけてしまった！森は暗く、夜になれば迷子になる可能性も高い。サトシ達は急いでナオコを探しに出かけるが・・・。

ホウエン地方最初のジム戦に臨むためカナズミシティを目指すサトシ達は、カナズミシティまでほど近い場所にある他目的施設「カナズミホール」で、ポケモンコンテストの開催を聞きつける。強さで勝負するポケモンバトルとは違い、技の鮮やかさや、ポケモンの育ち具合で勝敗を決めるポケモンコンテスト。興味を持った一行は参加を申し込むが、残念ながらエントリーは終了していた。しかし、知り合った出場者メグミとエイジの好意でアシスタントとして出場させてもらえることに。今回は、その昔コンテスト参加経験のある様子のロケット団のムサシも出場する！？コンテストに並々ならぬ関心を寄せるハルカが胸高鳴らす中、バトルとは一味も二味も違う華麗なポケモンコンテストが今、始まる！！

意気揚々と深い森の中を行くサトシ達。この森を抜ければ最初の目的地カナズミシティだ。そこにひょっこり現れた一匹の“いもむしポケモン”ケムッソ。先のポケモンコンテストで目の当たりにした“ちょうちょポケモン”アゲハントの美しさに心奪われているハルカは、すかざずアゲハントの進化前のケムッソゲットへ乗り出す。大切に育ててアゲハントに進化させたいのだ。逃げたケムッソを追い、ハルカはサトシ達を残して一人森の奥へ・・・。一方、コンテストでは散々な結果だったロケット団も、アゲハントへの進化を期待してケムッソを狙っていた。一つの森でケムッソを探す2組、突然ばったり出くわして・・・。華麗なアゲハントを夢見てハルカとロケット団のケムッソ争奪戦が始まる！果たしてハルカは初めてのポケモンゲットとなるのか！？ケムッソをゲットするのは一体どちらなのか！？

ホウエン地方最初のジム戦に臨むため、カナズミシティまでとうとうやってきたサトシ達一行。早速カナズミジムのジムリーダー兼ポケモントレーナーズスクールの先生のツツジと知り合えたサトシ達だが、ジム戦の前にポケモンについて様々なことを学ぶトレーナーズスクールを見学させてもらうことに。ジム戦に心はやるサトシであったが、ポケモン入門クラスからコンテストクラス、ドクタークラスと幅広いスクールの内容に一同興味津々。中でもポケモンをまだ持てない子供用の入門クラスにマサトはキラキラと瞳を輝かす。それを見た校長の好意で、何とマサトはこのクラスを一日体験できることに！ポケモンが恐くて触れない子やポケモンに興味のない子、マサトにライバル心を燃やす子達と机を並べ、一騒ぎありそうなマサトのトレーナーズスクール一日体験が始まる！

カナズミシティに着いたサトシ達は、ついにホウエン地方最初のジム戦に挑む日を迎えた！以前からバトルよりも技の鮮やかさ等を競うポケモンコンテストに興味のあったハルカは、コンテストを目指すことを決心しジム戦を辞退。今回はサトシ一人の挑戦だ。防御力の高い岩タイプのポケモンを駆使するジムリーダー、ツツジに対抗するため、岩タイプに効果抜群の技“アイアンテール”を特訓してきたサトシとピカチュウ。だが、完璧に使いこなせないピカチュウは苦戦を強いられる・・・。ツツジと岩ポケモン“ノズパス”の強烈な攻撃が降りそそぐ中、新たな技“アイアンテール”は炸裂するのか？！果たしてサトシはホウエン地方最初のジムバッジをゲットできるのか？！

カナズミジムでジム戦に勝利し、心は早くも次のムロジムに向かっているサトシとその一行。しかし、ムロジムのあるムロ島（じま）への連絡船待ちで、一行はしばしカナズミシティで自由行動を取ることに。街でマサトは、アパレルから食品まで何でも作る夢のような会社、デボンコーポレーション社長のツワブキと知り合う。子供が大好きなツワブキに気に入られ、デボンコーポレーション本社を見学させてもらうことになったマサトは、次々に出てくる発明品に大興奮！そんな中、二人は社員に変装している男を見つけ、不審に思い尾行を始める・・・。その頃、研究室では設計図が盗まれ大騒ぎしていた！果たして設計図はその男が盗んだのか？！その男の正体とは？！

一月に数本しか出ないムロ島（じま）行きの連絡船に乗ろうとしていたサトシ達一行は、ハルカの勘違いでひと便乗り過ごしてしまう。責任を感じムロ行きの船を探していたハルカだったが、元船乗りのハギという老人と知り合い、意気投合。ハギはムロまで船を出してくれるという。しかし、サトシ達を連れて再び訪れたハルカを待っていたのは、さっきとはうって変わり邪険に門前払いしようとするハギだった。キツネにつままれたような一行の元に、ジュンサーさんから気になる情報が。どうやらこの付近で、先のデボンコーポレーションに侵入したアクア団が仲間と合流するらしい。海で仲間と合流するであろうアクア団と、船を持つハギ老人の豹変ぶりに何か関係があると踏んだ一行は、急いでハギ老人のもとへと戻る！果たしてハギ老人とアクア団はどんな関係があるのか？！そしてサトシ達はアクア団を捕まえることができるのか？！

次のジム戦に臨むため、サトシ達はハギ老人の船でムロジムのあるムロ島（じま）へ向けて、意気揚々と船を走らせていた。しかし、気持ちのよい船旅にすっかりくつろいでしまった一行は、しばしのバカンスを楽しもうとハギ老人の秘密の無人島に立ち寄ることに。仲良く水遊びをしていたところ、突如襲いかかってきたのは“きょうぼうポケモン”サメハダー！間一髪海岸まで逃れた一行だが、島は完全にサメハダーの群れに囲まれていた！！どうやらここは彼らのテリトリーのようだ。サトシ達のポケモン数体では全く勝ち目がない。タケシは一際大きい一匹のボスサメハダーを狙うことを提案するが・・・。果たしてタケシの作戦はうまくいくのか？！サトシ達は無事島を脱出することが出来るのか？！

早くもホウエン地方二つ目のジムバッジをゲットすべく、ムロジムにやってきたサトシ達。ところがムロのジムリーダートウキは、サトシのジム戦の申し入れを断ってサーフィンに出かけてしまった。ジム戦に燃えていたサトシは腹を立てしつこく追いすがり、半ば強引にジム戦を受けてもらう。トウキを波乗り好きのおちゃらけた奴と決めつけているサトシは、自信満々で真っ向勝負を仕掛ける！しかし、そんなサトシの力押しの攻撃を、トウキのポケモンはサーフィンで培った身のこなしでことごとく受け流す！！苛立ちで周りの見えないサトシは、それでも力ずくで攻めるが・・・。果たしてサトシは手強いトウキに勝利し、二つ目のバッジをゲット出来るのか？！

ムロでのジム戦でジムリーダーのトウキに完敗したサトシは、自分の未熟さを痛感しムロ島（じま）でしばらく修行を積むことに決めた。しかしその矢先、サトシ達のポケモンを奪おうとロケット団が現れた！なんとか退けたサトシ達だったが、気が付くと激しいバトルにまぎれてハルカのケムッソとロケット団のケムッソが入れ変わっていた！ケムッソは自分で初めてゲットしたポケモンという思い入れもあり、卑怯なロケット団と一緒だと思うとハルカは不安でたまらない。こぼれそうな涙をこらえロケット団を探しに走り出すが・・・。果たしてハルカはロケット団を探し出し、自分のケムッソを無事取り戻すことが出来るのか？！

ムロジム再戦に向けて修行をする為、凄腕トレーナーと噂のダイゴを探して「石の洞窟」にやってきたサトシ達は、洞窟内で待ち構えていたロケット団の落とし穴にまんまとはまってしまう。だがその時、緩い地盤に穴を掘ったのが災いし、辺り一帯の地面が陥没！！一行はロケット団もろとも洞窟の奥底へと転がり落ちて行く・・・。気が付くと、マサトの周りにはピカチュウと二ャースしかいない。どうやら蟻の巣状に階層が分かれているため、みんなバラバラな場所に落っこちたようだ。マサト達が脱出しようと動きだした頃、サトシ・タケシ・コジロウ組とハルカ・ムサシ組も出口を探して動き始めていた。屈強な“てつよろいポケモン”ココドラが住みつくこの危険な洞窟で、ケンカの絶えない3組は無事合流、脱出できるのか？！そしてサトシは凄腕トレーナー、ダイゴに会えるのか？！

サトシ達一行は、ムロ島（じま）の海辺にテントを張りポケモン修行を続けていた。そんな中、突如サトシ達を襲った砂中を走る謎の生き物！捕まえようと一同が協力しても押さえられない凄まじいパワーの持ち主は、テントを荒らすだけ荒らしてどこかへ消えてしまった。あっけにとられながらも興味を持ったサトシ達は本日の修行内容を変更。再びやってくるであろう謎の生き物の正体を暴くという実戦修行に！どこから来るか分からない相手に神経を研ぎすまし、臨戦体制で待つサトシ達・・・。夜、謎の敵は予想通り現れた！！果たして凄まじいパワーの相手に、サトシ達は秘策があるのか？！そしてその生物の正体と目的は一体何なのか？！

気はいいが少々荒っぽい“ごろつきポケモン”ヘイガニを新たな仲間に加え、サトシ達はムロ島（じま）での修行を続けていた。そこへ現れたロケット団とのバトルの中で、ヘイガニは急に高熱を出し倒れてしまう。モンスターボールに収容したいところだが、ボールは離れたキャンプテントに干して来てしまった！サトシはポケモンセンターまで行って治療してもらおうとヘイガニを担ぎ走り出した！だが、ポケモンセンターへは橋のない川を渡って行くしかない！！さらに、この川には“どうもうポケモン”キバニアがウヨウヨ。うなされるヘイガニを背負いながら、果たしてサトシはこのピンチをどう切り抜けるのか？！

ムロジムのジムリーダー・トウキに勝つため修行を続けているサトシ達は、鍛練と珍しいポケモン探しを兼ね、名もなき川の源流をたどる冒険に出た。一行はその川の支流が流れ込む小さな沼で“ぬまうおポケモン”のミズゴロウと沼の主“沼じい”と知り合う。なんでもここは初心者用にミズゴロウの卵をかえし、育てている場所なのだとか。ブリーダーに通じるものがあるとタケシが興味を示していた所、ミズゴロウをまとめて奪おうとロケット団が現れた！水量を調節していた施設が破壊され、沼に流れ込んだ大量の水がミズゴロウたちを押し流そうとする！！果たしてサトシ達はこのピンチにどう立ち向かうのか？！ミズゴロウたちを守ることが出来るのだろうか？！

とある洞窟で修行を続けていたサトシ達は、寝ていた“おおごえポケモン”ドゴームをうっかり怒らせてしまう。暴れ出したドゴームから逃げようとしているうち、なんと一行はピカチュウ達、持ちポケモンとはぐれてしまうのだった・・・。その頃、なんとか外に脱出できたピカチュウをはじめとするポケモン一行は、サトシ達を探そうとしていた。途中、ケンカをしながらもちょっとした遠足気分で森を行くポケモン達だ。しかし、突如として辺りに不思議な草笛が響き渡ると、ピカチュウ達は催眠術にかかったように同じ場所をぐるぐると回り始めてしまった・・・！ポケモン達に一体何が起きたのか？！そして草笛を吹く者の正体は？！

ムロジム突破を目指し修行を続けるサトシ達は、とある洞窟でカズキという少年の秘密基地を発見する。しかし、興味本位で勝手に中に入ったサトシ達を見つけたカズキは怒り、すぐ追い出してしまう。そんなやりとりを見ていたロケット団はカズキの秘密基地を乗っ取ろうとするが、突然現れた謎の軍団“マグマ団”が基地を強引に占領してしまった！しかしマグマ団は秘密基地には目もくれず、基地内に穴を掘り始めると洞窟の奥底へと降りていくのだった・・・。マグマ団の仰々しい様子にお宝の匂いを感じたロケット団は後を追う。カズキに話を聞いたサトシ達も秘密基地を取り戻そうと洞窟へ引き返すが・・・。

今日もムロ島で修行に励むサトシ達。そこへ一行のポケモンを奪おうとロケット団が襲いかかって来た！そのバトルの最中、なんとハルカの“さなぎポケモン”カラサリスは“ちょうちょポケモン”アゲハントへと進化した！！念願の進化に大喜びするハルカだったが、面白くないのはロケット団のムサシ。溺愛し過保護に育てている、同じ“さなぎポケモン”のマユルドには進化の気配がさっぱりないのだ。サトシ達に敗れた後、対抗意識を燃やしマユルドの特訓を始めるムサシだが、他のロケット団の持ちポケモンではマユルドが強すぎて特訓相手にならない。大切なマユルドの進化の為、ムサシは強いポケモンとの対戦を求めて再びサトシ達へ挑むが・・・。

今日もムロ島（じま）で修行を続けるサトシ達は、暴れん坊でトラブルメイカーであるヘイガニの振る舞いに少々困っていた。何とか協調性をつけさせたいサトシは、精神修行として、閉鎖された金鉱でのきもだめしを提案する。ヘイガニを恐い目に会わせておとなしくさせようというのだ。オバケ役のハルカとマサトが待ち構える鉱内に、何も知らないヘイガニは足を踏み入れていく・・・。一方、お宝目当てで同じ鉱内に潜り込んでいたロケット団は、不気味に光る目を持つ何者かに襲われる！！果たしてそれは本物のオバケなのか？！そしてハルカやヘイガニ達の運命や如何に？！

ムロジムのジムリーダー・トウキに再戦するため修行を続けるサトシ達に、何とトウキの一番弟子と名乗るバトルガールのシノブが勝負を挑んで来た！一番弟子と名乗るわりにはかつてのサトシの様に力任せに攻撃してくるシノブを、修行で鍛えられたサトシは落ち着いて受け流していく。しかし、トウキの介入によってバトルは中断。この辺りに台風が来ることを注意をしに来てくれたのだった。段々と激しく荒れていく悪天候の中、何とか近くの洞窟まで避難できた一行に、トウキは大きな力に対し闇雲に向かうのではなくやり過ごすことも大切と説く。そんなトウキの話を聞いて、シノブは自分のバトルを振り返り何かに気付いたようなのだが・・・。

ムロジム再戦の為修行を続けていたサトシは、とうとうジムリーダー・トウキにリターンマッチを受けてもらえることに！トウキの秘密の練習場を舞台に移してのバトルは、前回の対戦とは攻守の立場が逆転してしまうことに・・・。修行の成果を発揮し、力技で押してくるトウキのポケモンを軽やかにかわして、チャンスをうかがう慎重なサトシ。闇雲に技をくり出すトウキのポケモンは早くも息が上がって来ていた。誰の目にもサトシ優勢に見える展開なのだが、タケシはサトシにわざとチャンスを作っているかのようなトウキの戦い方に、漠然とした不安を感じるのだった・・・。

ムロジムリターンマッチを終えたサトシ達一行は、ハルカのポケモンコンテスト出場の為、開催地であるカイナシティへと船で向かっていた。しかし、ロケット団の罠にはまり船は故障。波に揺られるまま無気味な座礁船、通称「捨てられ船」のあるポイントへ流れ着くのだった。そこで一行は捨てられ船を調査していると言うヒロミと知り合い、しばし共に休憩を取ることに。そんな中、突如アチャモがいなくなってしまった！はじめは深く考えず船内を探し歩く一行だったが、マサト、ハルカが次々と姿を消していく！！危険を感じたサトシ達は身を寄せあい臨戦体制を取るが・・・。果たしてアチャモ達はどこへ行ったのか？！そして座礁船に隠された秘密とは？！

カイナシティーへやってきたハルカは、さっそくポケモンコンテスト優勝を目指し、“ちょうちょポケモン”のアゲハントと共に特訓をはじめた。特訓中のハルカはシュウと名乗る少年と出会うが、彼もまたコンテスト優勝を狙うポケモンコーディネーターであった。ハルカは高飛車な態度のシュウにライバル心を燃やし、さらなる特訓をはじめる。それを見ていた花火職人のハナビシからハルカはポケモンに与えるとと毛ヅヤが良くなる“ブリーの実”の存在を教わる。それを分けてもらう為、ハルカ達はハナビシの倉庫へと向かうが、・・・。

ポケモンコンテストの優勝を目指すハルカはサトシ達にアチャモを預け、アゲハントと共に練習を続けていた・・・。そのころサトシ達はジョーイさんから頼まれ、これからポケモントレーナーになる子供にわたす３匹のポケモンの健康診断を手伝うことに・・・。健康診断のあとジョーイさんからそのポケモン達を預かるが、その中にサトシ達から逃げようと暴れる元気なアチャモがいた！！ヘイガニはアチャモを捕まえるためにバトルをはじめてしまい、なんとバトル中にアチャモがワカシャモに進化してしまう！！困ってしまったサトシたちはハルカのアチャモを内緒で身替わりにしようとするが・・・。

ポケモンコンテスト開催の日、会場は満員の大盛況である！！そんな中、控え室のハルカは緊張して落ち着かない様子。コンテスト１次審査のテーマは“魅せる演技”！ポケモンたちによる、色とりどりの技がとびかう中、ライバルであるシュウは“いばらポケモン”ロゼリアで高得点を獲得する！！とうとうハルカとアゲハントの出番となり、この日のために一生懸命練習してきた技、“ぎんいろのかぜ”を繰り出し、みごと２次審査へと進むのであった。次の審査は美しさだけでは勝ち抜けないコンテストバトル。ハルカの対戦合手はシュウ！このバトル、果たしてどちらが勝つのか・・・！？

ポケモンコンテストも終わり、サトシ達はカイナシティでの最後の1日を過ごそうとしていた。ハルカとタケシは街までお買い物、サトシ・ピカチュウ・マサトは“海の博物館”を見学することにした。博物館は残念な事に休館であったが、サトシ達はちょうど“クスノキ館長”に出会い中を案内してもらうことに。そこで焼けこげた謎の岩石を見せてもらうが、それはポケモン海洋学上とても貴重なものだという。そこに博物館の展示品を狙うロケット団が現れ、サトシ達を檻に閉じ込めてしまう。ところが、一足早く館内に忍びこんでいたマグマ団がロケット団とはち合わせ！突如お宝をめぐるバトルが始まってしまう・・・。

キンセツシティを目指して旅を続けるサトシ達は、途中の峠道にあるポケモンセンターへとやってきた。ところが中には人の気配は無く、奥の部屋は荒らされて床に“ねむりごな”が落ちていた。事件の匂いを感じたサトシ達はセキュリティカメラのビデオテープを見てみることに・・・。なんとそこには“ねむりごな”で眠らせたジョーイを連れ去る“よこしまポケモン”ダーテングの姿が！！一行はジョーイを救うため、ダーテングが住むと言われている大木の下へと向かうが、草系ポケモン達が行く手をさえぎろうとする。その頃、大木の幹の中で目を覚ましたジョーイは、かたわらに寝かされた一匹のコノハナに気付くが・・・。

キンセツシティーを目指すサトシ達は、深い霧のでる山道を歩いていた。山中には村があり、そこには道しるべの灯台があった。サトシ達は灯台に置かれた“光る石”を守るイズナとカズチと出会うが、カズチはサトシの格好を見て、村に伝えられる勇者だと思い込んでしまう。まだ一度もバトルの経験のないカズチは“おうえんポケモン”プラスル・マイナンを連れて憧れのサトシと一緒にトレーニングすることに！！ところがそこにロケット団が現れ“光る石”とピカチュウを奪い去ってしまう・・・。

キンセツシティーへ向かう途中、サトシ達はある街にたどり着いた。一行は“ささやきポケモン”ゴニョニョを連れたアキナと出会い、これから開催されるからくり屋敷大会へ一緒に参加することに。大会は、からくり大王の作った仕掛けを切り抜けて行くもので、優勝者はポロック一年分がもらえるという！！一行は優勝を目指しゴールへと向かうが、迷路や丸太渡り・落とし穴といった様々な仕掛けや、あのマイクをもったプリンが行く手を阻む！！はたして大会の優勝者は誰になるのか！？

キンセツシティーに着いたサトシ達は、三つ目のバッジをゲットするため、キンセツジムへと向かう。ジムに入ると突如機械仕掛けのライコウが現れピカチュウとバトルに・・。その後、姿を現したジムリーダー・テッセンとのジムバトルを開始するが、サトシはテッセンをあっさりと倒してしまった。ところが試合後ピカチュウの様子がおかしいためポケモンセンターで診てもらうと、ピカチュウはライコウとの戦いで帯電して攻撃力が強くなっていたことが解り・・・。

キンセツでのジム戦を終えたサトシ達はハルカのポケモンコンテストのためにハジツゲタウンへ向かうことに。一行は途中の川で流れて来たスイカを見つけ、拾って食べようとするが、そこにサトシ達をスイカ泥棒と思い込んだ少女ナッチが現れマグマッグとジュプトルで攻撃してきた！なんとか誤解を解いた一行はナッチのスイカ畑に招かれ、畑の一角にあるバトルフィールドでサトシとナッチはダブルバトルをすることに。ところがバトル中、スイカを盗みに来たロケット団が現れて・・・。

サトシ達はハルカ湖と呼ばれる湖のほとりにある町へとやってきた。そこでは間もなく行なわれるという祭りに向けてロミオはバルビート、ジュリエはイルミーゼと、それぞれのポケモンと共にダンスの練習に励んでいた。ところがロミオはバルビートへの指示をミスしてしまい、情けない姿をサトシたちに見せてしまうことに・・・。聞けばロミオはジュリエ、バルビートはイルミーゼにそれぞれ恋をしているらしく、目の前では相手を意識するあまり普段の実力が出せないのだという。そこで一行はロミオ＆バルビートの為に一肌脱ぐことにするが・・・。はたしてこの恋の行方は？そして祭りでのダンスは美しく実を結ぶのか！？

ハジツゲタウンに向かうサトシ達は崖の斜面にある山道を歩いていた。そこで一行は突然崖の上から飛び降りてくる不思議な“いしあたまポケモン”タツベイと出会う。サトシはポケモンの持ち主ミッシェルに会い、タツベイは“空を飛びたい”と思っている事を知る・・。タツベイは進化してボーマンダになれば確実に空を飛べるようになるので、早く進化させてあげようとサトシはバトルを始めることに。しかしバトル中にロケット団が現れ、タツベイを連れていってしまう・・・。タツベイの運命は！？はたして進化せずに空を飛べるようになるのだろうか？！

ハジツゲタウンを目指すサトシ達は、道中の砂漠にあるオアシスでカスミとトゲピーに久しぶりに会う約束をしていた。カスミはオアシスのホテルで開催されるトゲピー祭りに参加しようとしていたのだが、実行委員に変装したロケット団にだまされトゲピーはミラージュ王国なる国へとさらわれてしまう！聞けばミラージュ王国にとってトゲピーは王位継承に必要なポケモンだというではないか。後を追ったサトシ達はトゲピーを利用し王の座を狙う摂政のハンゾウと出会いバトルに・・。果たしてトゲピーの運命は？そしてミラージュ王国に隠された謎とは一体！？

ミラージュ王国の次期国王の座を狙うハンゾウの罠によって宮殿へとやってきたカスミとサトシ達は、そこで出会ったセーラ姫の助けでトゲピーと共に国外へ脱出しようとしていた。しかし一行はハンゾウのヌケニン、テッカニンから襲撃をうけ、トゲピーを奪い去られてしまう。まんまと国王の座に着いたハンゾウはトゲピーを利用し、蜃気楼の彼方にあるトゲピーの楽園へと向かい、封じられた危険な力を解放しようとする・・。はたしてサトシ達はハンゾウの野望をくい止める事ができるのか！？

ハジツゲタウンに向かい旅を続けるサトシ達は食料を切らし、空腹のまま荒野をさまよっていた。一行は荒野を開墾して暮らしているかちぬきファミリーに助けられ、一家の長男リョウヘイがポケモンリーグのチャンピオンになるために厳しい旅に出ている事を聞く。一家は頑張っているリョウヘイの応援の代わりにサトシ達と4対4の全面対決バトルを申し込んできた！ひとクセもふたクセもありそうなこの一家とのバトル、果たして決着は・・・！？

ハジツゲタウンを目指して、旅を続けるサトシ達は草むらで元気の無いエネコを見つける。弱っている原因が解らず悩むサトシ達だったが、香りでポケモンを癒す“ポケモンアロマテラピー”の存在を雑誌で見ていたタケシの考えで、“ポケモンアロマテラピー”の研究をしている“緑の館”へエネコを連れて行く事に。そこで働くアリサの作った香りに癒され、元気になるエネコ。そのエネコをゲットしようとハルカはバトルを仕掛けるが、そこにロケット団が現れ、館の香水を奪い去ってしまう。

ハジツゲタウンを目指し、旅を続けるサトシ達は、とある森で“短パン小僧”のキヨと再会を果たす。キヨは以前サトシ達と会った後、トウカジムにチャレンジしたがバトルに敗れ、この森で一から修行し直しているところだった。サトシ達は、キヨの修行に付き合う事にするが、バトルの途中で、キヨのザングースの様子がおかしくなる。茂みの中でロケット団が出していたザングース宿命のライバル、ハブネークの存在に気付いたからだった。二匹はバトルを始めるが、実力はハブネークの方が一枚上手。ザングースが力尽きそうになったところにサトシのヘイガニが助けに入り、一旦勝負は流れる。しかし、ザングースもハブネークも決着をつけようと闘志を燃やし、二度目の対決に。果たして決着は・・・！？

ハジツゲタウンを目指して旅を続けるサトシ達は、美しい湖のほとりにあるポケモンセンターに到着した。そこで“マサトくん”と言う同じ名前の少年と出会うが、マサトとは気が合わずにケンカをしてしまう。ポケモンセンターを出た後、マサトは湖のほとりでアメタマを可愛がるマサトくんを見つける。二人はまたケンカを始めてしまうが、そこへアメタマを奪い去ろうとするロケット団が現れる。驚いて森の中へ逃げ込んでしまったアメタマを探している内に、しだいに意気投合していく二人。そしてマサトとマサトくんは協力し合いアメタマを守ろうと決意する！

サトシ達は、ついにハジツゲタウンに到着した。ハルカの二度目の挑戦となるポケモンコンテストがいよいよ幕を開けるのだ！サトシ達はポケモンセンターで、チャーレムを連れたコーディネーターのグレースに出会う。グレースはハルカの為に色々とアドバイスをしてくれるが、ハルカには逆にプレッシャーとなってしまう。何とかプレッシャーをはねのけようと朝早くからアゲハントと練習を繰り返すハルカ。ちょうどその頃、ポケモンセンターでは、シュウがサトシにバトルを申し込み、サトシとシュウのバトルが始まろうとしていた！！

ハルカとアゲハントにとって二度目の挑戦となる、ポケモンコンテスト・ハジツゲ大会がついに始まった。一次審査ではライバルのシュウ、グレース共に華麗な技を決め、高得点を叩き出す。そして、ハルカとアゲハントも、練習のかいあって高得点を出し、二次審査進出を決める。ハルカの二次審査、ファーストステージの相手は一次審査で最高得点を出した謎の女性ムサシーノ。果たしてハルカはムサシーノに勝利する事ができるのか！？また二次審査を勝ち抜き、優勝するのは誰なのか！？

コンテストを終えたサトシ達は、次の目的地フエンタウンを目指し、山道を歩いている途中、学ラン姿の応援団と出会う。しかも、その中には山の灯台にいたはずのカズチの姿が！聞けば、カズチはサトシ達と別れた後、ポケモントレーナーになる為に旅を始め、その途中でこの応援団に出会ったのだと言う。“技を使わず、応援の心だけでポケモンのパワーを回復させる”その力を試す為、サトシ達はテストバトルをする事になったのだが、応援を受けただけで急激に強くなるポケモンを見て、サトシ達は不審に思い始める・・・。はたして、この応援には一体どんな秘密が隠されているのだろうか！？

えんとつ山へ向かう為に“炎の抜け道”と呼ばれる洞窟を進んでいたサトシ達は、マグマッグの群れに追われ、なだらかな丘が広がる牧場へとたどり着いた。サトシ達は牧場でドンメルを飼うヨウコと出会い、家に泊めてもらえる事になる。すると、ハルカがエネコに本当のバトルを経験させたいと言い出し、ヨウコとバトルをする事に！ハルカはエネコの新しい技“ねこのて”を使うが、バトル慣れしたヨウコのオオタチには苦戦してしまう。その夜、何者かがドンメルを狙って牧場に忍び込んで来た。サトシ達は牧場のドンメルを守る事ができるのだろうか！？

次のジムがあるフエンタウンを目指して旅を続けるサトシ達は、えんとつ山のふもとにたどりついた。そこからロープウェイで山頂へ向かうサトシ達だったが、山の中腹で突如ゴンドラが停止してしまう。非常電話で駅員を呼んでも全く返事が無い事に疑問を感じたサトシは、一人ゴンドラから降り、直接助けを求めに行く事に。その頃、噴火口の近くでは、学者のソライシ博士が見つけた隕石をめぐり、マグマ団とアクア団の戦いが始まろうとしていた！！はたして、マグマ団、アクア団の目的とは！？

ようやく、目的地のフエンタウンに到着したサトシ達は、さっそく、フエンジムを訪れた。しかし、ジムリーダーのアスナと共にバトルフィールドへ向うと、フィールドは穴だらけでボロボロ、審判もいないと言う酷い状況になっていた。アスナに話を聞いてみると、３日前まではアスナの祖父のムラ爺がフエンジムを仕切っていたのだが、突然アスナにジムを任せ、旅に出てしまったため、残されたアスナはジムリーダーとして自分のポケモンを強くする事だけに夢中になっていたのだと言う。その頃、旅に出たはずのムラ爺は、アスナの事が心配でフエンタウンに戻って来ていた。ほんの数日で旅から戻って来てしまい、みんなに合わす顔がないムラ爺は、変装して影からアスナを見守る事になるのだが・・・。

サトシ達はいよいよ、ホウエン地方4つ目のバッジをかけたジム戦を迎えた。ジムリーダーになったばかりのアスナは初のジム戦。対して、ジム戦の経験が豊富なサトシは、自信満々でバトルに臨んだ。序盤は、ほのおポケモンの対策を考えていたサトシがバトルをリード。しかし、元ジムリーダーのムラ爺からアドバイスを受けていたアスナも、徐々に落ち着きを取り戻し、油断していたサトシに反撃を開始する。果たしてサトシはアスナを倒し、ヒートバッジをゲットできるのだろうか！？

トウカジムを次の目的地に決め、フエンタウンを出発したサトシ達は、道中の山道で数匹のパッチールに出くわした。その中には、額のぶち模様がハート形の珍しいものも。そこに、ハートのパッチールを捕まえようと追い掛けてきたという女性、クレアが現れるが、ハートのパッチールは茂みの中に逃げ込んでしまう。困っている様子のクレアから話を聞くと、ハートのパッチールはある人からの預かり物で、今日飼い主に返さなくてはいけないのだと言う。サトシ達はクレアに協力し、一緒にハートのパッチールを探し始めるのだが・・・。

トウカシティを目指して旅を続けるサトシ達。キンセツシティを経由するルートを選んだのだが、途中で道に迷ってしまう。すると、山道の上空で“せきたんポケモン”のコータスが数匹のポケモン達に攻撃されているのを発見する。コータスを助けたサトシ達は、この場所が、縄張り意識が強いはがねポケモンが生息する“はがねの谷”だと言う事に気付く。キンセツシティへの道を急ぐサトシ達は、助けたコータスと共に谷を抜ける事にするが・・・。果たして一行は、次々と襲いかかってくるはがねポケモンを退け、はがねの谷を脱出できるのだろうか・・・！？

５つ目のバッジを手に入れる為トウカジムを目指すサトシ達は、トウカシティへの中継地点であるキンセツシティに到着した。久しぶりの大きな街を楽しみながら歩いていると、通りから少し離れた空き地に、色々な種類のゲームを揃えたゲーム場を見つける。サトシ達は自分のポケモンをモンスターボールから出し、一緒にゲームを楽しんでいたのだが、何とこのゲーム場はロケット団の罠だった。罠にかかり、ロケット団に捕まってしまったポケモン達。そんなサトシ達のポケモンを助けてくれたのは、かつてキンセツジムで戦ったジムリーダーのテッセンだった。サトシは新しい仲間、コータスの力を試す為、テッセンにバトルを申し込み、練習試合をする事に！！

ポケモンコンテストが開かれるシダケタウンを目指して旅を続けるサトシ達は、ロケット団とのバトルでエネコの声が出なくなった為、道中にあるポケモン診療所に立ち寄った。治療を受け、エネコは元気を取り戻すが、手当てをしてくれた女性が噂に聞く伝説のコーディネーター、アヤネと知ったサトシ達は、色々と話を聞いてみる事に。しかし、そんな一行に忍び寄る怪しい影が・・・。ハルカのエネコ、アヤネのエネコロロが危ない！！

サトシ達はポケモンコンテスト・シダケ大会が開かれる、シダケタウンに到着した。一行がポケモンセンターに立ち寄ると、ハルカのライバル、シュウが傷付いたロゼリアを預けていた。事情を聞けば、仮面をつけた謎のトレーナーにバトルを挑まれ負けてしまい、今回のコンテストには出られないのだと言う。強敵シュウを倒した、仮面のコーディネーター・ファントムに興味が湧くサトシ。そんなサトシ達にもファントムの魔の手が・・・！！果たしてファントムの正体とは一体！？

ポケモンコンテストが開かれるシダケタウンにやってきたサトシ達は、気弱な少年キミマロと出会う。彼の母親はポケモンが大嫌いで、息子のキミマロに『ポケモン禁止令』を出していた。そんなキミマロも実はポケモンが好きだと言う事を知り、サトシ達は、彼の父親タムラマロと協力し、何とかしてキミマロをポケモンコンテストに出してやろうと考える。また、ハルカにとっても、今回のシダケ大会は２つ目のリボンをかけて、初コンビのエネコと出場する大事なコンテストなのだ。果たして、ハルカとキミマロ、２人のコンテストの行方は・・・！？

次のジム戦の為、トウカシティを目指すサトシ達は森の奥にある小さな村に立ち寄った。そこでタケシのハスボーは、突然ハスブレロに進化してしまう。ハスブレロを見つけるやいなや、拝み始める村人を見て疑問に思うサトシ達。聞けば、村では２週間前から何故か水が干上がってしまったい、村の水の神とされる、ハスブレロを拝んでいたのだと言う。村人達は水不足の原因が、丁度２週前から森に現れたソルロックにあると考え、森から追い出そうとするが・・・。

トウカシティを目指すサトシ達は途中、迷い込んだ森の中で傷付いたチルットを見つける。前日の嵐が原因でケガをして、群れからはぐれてしまったのではないかと考えた一行は、チルットのケガが治るまで面倒を見る事に。サトシ達の懸命な看病により傷は治り、仲間の元へ帰ろうとするチルット。しかし、何故かうまく飛び上がれず、地面に落ちてしまう。原因がわからないサトシ達は、チルットがもう一度空を飛べるように色々な作戦を立てる！！果たしてチルットは空を飛び、仲間の元へ帰る事ができるのだろうか！？

次のジムがあるトウカシティへ向かう途中、とある町へやって来たサトシ達だったが、突如謎の警戒警報が発令される所に出くわす。ジュンサーに話を聞けば、この町では、ある時期になると、ゴクリンの群れがやって来て、町中の食料を奪っていってしまうらしい。これまでの被害があまりに甚大だった為、町では今度こそ阻止しようと、ゴクリン研究家のシャクジイ博士にゴクリン退治を依頼したのだと言う。話を聞いて、博士を手伝う事にするサトシ達。そして、ついにシャクジイ博士によるゴクリン撃退作戦が開始された！！

トウカシティを目指すサトシ達は、途中の森で朝食をとっていた。楽しく過ごす一行だったが、キモリの様子がおかしい事に気付く。サトシの問いかけにも全く反応しないキモリを心配していると、遠くから大声をあげ、暴れながら飛び出してくるドゴームが！！そこへ駆けつけた少年のガイに話を聞くとこのドゴーム、最近トレーナーであるガイの指示を無視して暴れだす事が多く、原因がわからず困っているのだと言う。ストレスが原因じゃないかと考えたサトシは、ストレスを発散させる為にガイとバトルをする事に。すると、先程まで静かだったキモリが突然やる気を出し“自分を出せ”とサトシにアピールする。それを見たサトシはキモリをバトルに使うのだが・・・。

サトシたちはいよいよ目的地のトウカシティに近付いてきた。その道中で、サトシは自分のポケモン達に、キモリから進化したジュプトルを紹介する。みんなが歓迎している中、ヘイガニだけは気に入らない様子。そんな時、木々の間からルンパッパを連れたヒゲの男パンチョが現れる。昼ご飯を賭けてのバトルを持ち掛けるパンチョに対し、サトシもジム戦を前にいい練習だと勝負を受ける。バトルにジュプトルを出そうとするサトシだったが、ヘイガニはそれを見るやジュプトルを押し退け、自らバトルを志願する！果たしてこのヘイガニの行動、吉と出るか、凶と出るか？

トウカシティでのジム戦に向かうサトシ達は、となり街のキタトウカシティに到着した。一行がポケモンセンターに立ち寄ると、ハルカとマサトの姿を目にした街の人々は大騒ぎ！街の憧れのジムリーダー、センリの子供であるハルカとマサトは、たちまち群衆に囲まれ大人気！辺りを見渡すと、いたるところセンリだらけ。街は空前のセンリブームの真っ最中だったのだ。その様子を見たロケット団はある計画を思いつく。一方、大群衆を前に、いつしかハルカはポケモンの技を披露する羽目に・・・。そして、サトシはセンリとのジム戦を前に、熱狂的なトレーナーからバトルを挑まれるが・・・！

再びセンリにジム戦を挑み、５つめのバッジをゲットするためにサトシはトウカシティにやってきた。この街はハルカとマサトにとっては久しぶりの故郷でもあった。実家に戻ったハルカたちは、両親に会えるのを楽しみにしていたが、父センリの姿は見えず、母ミツコの様子がなんだかいつもと違うことを不思議に思う。テーブルを囲み楽しい食事の時間になってもおちつかない様子のミツコ。聞けば、センリがジョーイと浮気してるというではないか！？ラブラブだった二人の間に一体何が起こったのか？その頃、トウカジム内の巨大な温室では、ヤルキモノ、ナマケロ、ケッキングを奪おうとロケット団が忍び込んでいた・・・。

いよいよ五つ目のバッジをかけた戦いが、トウカジムで始まった！ジムリーダーは、ハルカとマサトの父センリ。再び挑むサトシは今度こそセンリを倒そうと気合い十分でフィールドに立った。まずはピカチュウで先制攻撃をねらうサトシに対して、センリはナマケロを投入。やる気なさそうに、フィールドに寝そべっているナマケロであったが、渾身のピカチュウの攻撃をことごとくかわして翻弄する！センリの頭脳的な戦いかたに、サトシ達はすっかりのみこまれてしまうが・・・。体勢をととのえてサトシは２番手コータスを登場させるが、果たしてこの試合の行方は・・・！？

トウカジムで５つめのバッジをゲットしたサトシ一行は、次の目的地ヒワマキシティーを目指す前に、オダマキ研究所に寄ることにしたところ、ばったりオダマキ博士に遭遇。聞けばこれからオーキド博士を迎えに行くという。サトシはオダマキに同行し、ハルカ、マサトは先に研究所で待つはずだったが、偶然にもオーキド博士と合流。オーキド博士にこの地方では珍しいトレーナー用のポケモンを見せてもらったハルカ達だったが、不意をつかれたスキにロケット団たちに奪われてしまう！？飛び去ったポポッコロボットを追って、オーキド博士達はロケット団の後を追うのだが・・・。

次の目的地ヒワマキシティに向かうサトシたちは、途中カテキンタウンで一夜を明かすが、なかなか出発の準備が出来ないハルカにサトシはイライラ。口喧嘩の絶えないサトシたちの前に、突如ド派手な衣裳の二人組オスカーとアンドリューが現れ、２対２のタッグバトルを挑んできた。二人のコンビネーションが試されるバトルに対して、足を引っ張りあって息が全く合わないサトシとハルカはメロメロ。コンビネーション最悪の二人に勝機はあるのか！？

ヒワマキシティを目指すサトシたちは、森の中で道に迷い、いきなり飛び出したエアームドにハルカを連れ去られてしまう。急いで後を追うサトシたちの前に、分厚い木の扉と謎の男たちが行く手を阻む。彼ら、この森の村人たちにとって、その扉の先は禁断の地と呼ばれ、足を踏み入れた者は、くさポケモンの怒りに触れると、昔から恐れられているらしい。ハルカをすぐにも助け出したいサトシたちは、スキをついて木の扉を乗り越え、禁断の地へと駆け出していくのだが・・・。その頃、禁断の地に一人取り残されたハルカはフシギダネ、クサイハナ、ウツドンら、くさポケモンに取り囲まれ、迫られ一斉攻撃の危機にさらされていた。はたしてサトシたちはハルカ救出に間に合うのか！？

次の目的地へと旅を続けるサトシたちは、シワブキタウンに立ち寄った。ハルカは自分のフシギダネに、初めて目にする街を見せてあげるが、慣れないフシギダネはいたずらばかり。ポケモンセンターで、オーキド博士とテレビ電話で連絡をとったサトシたちは、サトシのフシギダネを転送させて二匹を直接遊ばせてあげようと思いつく。いよいよ転送装置でモンスターボ−ルを転送！するが、何も出てこない。同じように被害にあった子供達が、転送された偽物のモンスターボールを持って大騒ぎしているではないか。マサトがキナ臭いとにらんだとおり、修理工に変装した何者かが装置を改造して、皆が転送したモンスターボールをごっそり横取りしていたのだ！？モンスターボールを取りかえすべく、サトシたちは急いで後を追う！

ヒワマキシティを目指すサトシたちはその道中、湖のほとりでひと休み。これまで戦ってきたバトルで獲得したバッジを眺めて感慨深げなサトシだったが、うっかりした拍子に、バッジをケースごと水中に落としてしまう！その途端、湖から巨大ナマズンが現れ、バッジケースをパクリと口にくわえたまま水中へ・・・。あわてて後を追って湖に飛び込んだサトシは溺れてしまい、偶然居合わせた釣り師に助けられる。この釣り師、何やら巨大ナマズンと因縁があるようだが・・・。

ホウエンリーグ出場のため旅を続け、キリキリ山に登るサトシたち一行。しかし、深い霧に包まれた山の中でサトシとピカチュウは皆とはぐれてしまう。迷子になったサトシたちは、霧の中から突如現れた謎のおばあさんに遭遇するが、彼女は奇妙なわらべ歌を歌いながら再び霧に消えてしまう。なおもさまよい続けるサトシは、崖から落ちそうになったヤジロンを救った事をきっかけに、クルヨと名のる少女と出会う。幻の古代遺跡に心惹かれた彼女は、先ほどの奇妙なわらべ歌を手がかりに、あたりを調べていたらしいのだが・・・。

旅の途中サトシたちは、ルイボスタウンに立ち寄った。この街でポケモンコンテストがあると知ったハルカは大喜び。ライバルのシュウにも再会し火花を散らしていると、熱狂的なママさんたちの応援を受け二人とも呆然。自ら「ポケモン大好きママさんズ」と名乗るその一団の一人、ツキコも大会に出場するという。意気投合したハルカは、大会を控え緊張しているツキコの練習相手になることに・・・。一方、この大会が、コンテストリボン保持者のみ出場できるグランドフェスティバル方式と知ったロケット団はハルカたちのリボンを狙おうとするが・・・。

いよいよルイボスタウンでのポケモンコンテストが始まった！一次審査で、アゲハントは次々と技を決め余裕たっぷりのハルカ。共に練習したツキコも、試合のカンを取り戻しいい出来ばえ。ライバルのシュウもロゼリアの花吹雪で会場を魅了する。揃って二次審査進出を決めたハルカ。次の対戦相手は何とツキコ！フシギダネのデビュー戦を最高のものにしたいと気合十分のハルカに対して、サトシたちは心配顔・・・。このバトル、果たしてどちらが勝つのか！？そして二次審査を勝ち抜き優勝するのは誰なのか！？

次のジム戦のあるヒワマキシティを目指すサトシたちは、旅の途中、元気のない様子のバネブ−に出会う。頭の真珠をどこかで無くしてしまい困っていると知ったサトシたちは、一緒に探してあげることに。ところが、丸いモノを見つけると何でも頭にのせてしまうバネブ−に、一行は振り回されてばかり！やっとの思いでミズゴロウに見つけてもらった真珠を自分の頭にのせ喜ぶバネブ−。ホッとしたのも束の間、サトシたちの前にロケット団が立ちはだかる！ボスのサカキからハッパをかけられ、一段とやる気に燃える彼らの今回の作戦とは一体・・・！？

ヒワマキシティを目指し旅を続けるサトシたちは、途中クロスゲートタウンで強風にあおられた“わたりどりポケモン”チルットを助け、少年カイトと知り合う。風の交差点と呼ばれるこの街では、リングを使ってトレーナーとポケモンのコンビネーションを競うポケリンガ大会がおこなわれるという。早速サトシとハルカはエントリーするが、会場にはなんと少年時代、ポケリンガーの特訓をしていたというコジロウの姿も！波乱の予感のこの大会、一体どうなる！？

ヒワマキシティへの旅の途中、道に迷ったサトシたちは雨宿りさせてもらおうと入った洋館に閉じ込められてしまう！出られずにイライラするハルカとマサト。口喧嘩の末に飛び出していったマサトは、皆の怒りの念を食べようと待ち構えていた“にんぎょうポケモン”カゲボウズとでくわす。仲良くなったマサトは、ハルカを困らせようとカゲボウズに協力してもらい、ある計画を思いつくが・・・！！果たして二人の兄弟ゲンカの行方は？そして洋館に閉じ込められたサトシたちの運命は！？

サトシたちは旅の途中、広い森でひと休み。ピカチュウたちもポケモンフーズを食べてのんびりムード。ところが、ヘイガニに自分の分を横取りされたアチャモは怒り心頭、一気に険悪状態に。他のポケモンたちも巻き込んで大混乱！一方、やはり食料を探してさまよっていたロケット団たちは、森のキノココの食料を奪うが、怒ったキノココたちは次々とキノガッサに進化してしまう！！静かな森に巻き起こった大騒動の行方やいかに！？

六つ目のバッジがあるヒワマキシティのすぐそばまで近づいて来たサトシたちは、途中の道で大雪にあい遭難しそうになる。そこで一行は、天気によって姿の変わる“てんきポケモン“のポワルンとでくわす。ポワルンに導かれ、お天気研究所に案内されたサトシたちは、天気データを集中させている巨大なコントロールマシンに驚く。それを狙ってロケット団がやってきたのだが・・・。さらに彼らの前に、アクア団が立ちはだかる！！いったい彼らの目的とは！？

６個目のバッジをゲットするため、サトシ達はついにヒワマキシティに到着した。街は年に一度のフェザー・カーニバルという空をテーマにしたお祭りで大にぎわい。そこで一行は、エアームドの背に子供達を乗せて遊ばせているナギと出会う。彼女は“ひこうタイプ”専門のヒワマキジムのジムリーダーだという。ジム戦を前にこのお祭りを楽しむサトシたち。その頃、ロケット団のコジロウがお祭り風景を目にして感慨深げ・・・思い出の“レアなポケモン”チリーンを手に入れたが、なにやら様子がおかしい！？

いよいよ６つ目のバッジをかけたジムバトルがヒワマキジムで始まった！気合い充分のサトシ、対するナギは、戦いを前に静かに空に祈りを捧げていた。“ひこう”と“ドラゴン”２つのタイプを持つチルタリスを出したナギに対して、サトシは“ひこうタイプ”が苦手なジュプトルで挑むが・・・！果たしてサトシの作戦とは！？

ヒワマキジムで、フェザーバッジをゲットしたサトシ達は次のジム戦を目指して旅を続ける途中、道ばたで身動きの取れなくなったバクーダを助ける。そこで出会ったタカヤは、小さな村でも映画を見せてあげられるようにフィルムと映写機を運んで旅をしているという。その様子を伺っていたロケット団は、映写機を奪いとろうと行く手を邪魔する！果たしてタカヤとサトシたちは次なる村までたどりついて無事映画を上映することができるのか！？

ホウエンリーグ出場を目指すサトシたちは次の目的地ミナモシティへの道中、四方を山に囲まれたバレータウンにたどり着いた。旅の疲れを癒そうとポケモンセンターに立ち寄るが、何やら様子のおかしいジョーイさんに門前払いされてしまう。仕方なく野宿することになったサトシ達は、怪しげな二人組に襲われる！彼ら、ポケモン不思議クラブのケンとメリーはこの町の近くに落ちた隕石と“宇宙からきたポケモン”なるものを探しているらしいのだが・・・。

ミナモシティを目指すサトシたちは途中、おもしろい看板を見つけ立ち寄る事にした。「バナナナマケロ園」というその場所は、ナマケロだけを集めた動物園であり、バナナのスィーツもあると知ってマサト、ハルカは大喜び。ところが、園は人気もなくひっそりと寂しい様子。聞けば、“いねむりポケモン”のカビゴンが園内のバナナを食べ尽くしてしまい、追いやられたナマケロたちが姿を見せなくなってしまったのだという。園長のマッキーにお願いされたサトシ達は、カビゴン追い出し作戦をたてることにするが・・・。

いよいよ目的地のミナモシティに近づいてきたサトシたち。ところが、手前の森でいきなり現れたロケット団の襲撃に逢った一行は、爆風でちりぢりに吹き飛ばされてしまう。目が覚めたピカチュウは爆発のショックで記憶喪失になってしまっていた！！一緒に飛ばされたニャースはチャンスとばかりにピカチュウにウソを吹き込み、ロケット団の仲間にしてしまう！！悪の道へ走ったピカチュウの運命は！？

ついにミナモシティに到着したサトシたち。街の公園で行われていたきのみ市場の賑わいにすっかりワクワクの一行は、そこで、カナタと相棒の“あやつりポケモン”ブーピッグと友達になり、カナタの家に招待される。そして、ハルカたちはきのみブレンダーの機械を使ってポロック作りに挑戦することに！一方、サトシのスバメは技教え名人と呼ばれているカナタのおじいさんから“つばめがえし”を教わるが・・・。

いよいよ始まったポケモンコンテスト・ミナモ大会！だが、一番手で登場したハルカとワカシャモに、思わぬトラブルが。競技中、転んだハルカの頭上にワカシャモの炎が降りかかってしまったのだ！呆然とし見守るサトシたち。なんとか危機を乗り切りハルカは辛くもフィニッシュ。そして、戦い終えたハルカの姿を見て気合の入るカナタが、ブーピッグと共に登場した。果たしてどんな演技を披露するのか！？そしてミナモ大会の栄冠は誰に輝くのか？

３つめのリボンをゲットしたハルカたちは、次のジムがあるトクサネシティを目指し、連絡船に乗りこんだ。ところが行き先を間違えてしまい、一行の乗った船はバンバ島にたどり着いてしまう！大陸とは違う珍しいポケモンを見つけられるかもと胸踊らせていた矢先、フシギソウやリザードを連れた少年ジミーと出会う。彼は、ポケモンバトル審判養成学校で審判を目指して勉強中だという。養成学校の先生サリナに頼まれサトシとタケシはポケモンのダブルバトルの実習授業を手伝うことに・・・！？サトシとタケシの久々のバトルが始まった！

７個目のバッジをゲットするためにトクサネ島を目指すサトシたちは、中継地のレフレ島に向かう途中、小舟で漂うバネブーを見つける。またしても頭の上の真珠を落としてしまったバネブーを助けるために、ポケモンたちは海に潜って探すがなかなか見つからない。困っている一行の前に、イザキという紳士が現れ、２まいがいポケモンの“パールル”を探すようにアドバイスを受ける。イザキに案内されてサトシたちは、パールル研究所で貴重な青い真珠を見せてもらう。お宝を奪おうとするロケット団の前に、突然怪しい影が現われて横取りされてしまい・・・そしてバールルが行方不明に！一体どこに消えたのか！果たして青い真珠はどこに！？

トクサネジムを目指し、島から島へと旅するサトシたちは、ワズワ島（とう）のビーチで、ソウヤという男に出会った。彼は海に潜って見つけたお宝を、土産物として売るトレジャーハンターなのだ。そんな彼が、大昔に沈んだ船の財宝を見つけたかもと聞いてサトシたちは大騒ぎ！早速海へと財宝探しに向かうが、そこに噂を聞きつけたロケット団も近づいてきて・・・。手がかりのちょうじゅうポケモンの“ジーランス”を追いかけて、目指す財宝は発見できるのか！？

７つめのバッジをゲットするため、トクサネ島（じま）を目指して旅を続けるサトシたちは、イロハ三島（さんとう）にたどり着いた。島のポケモンセンターで、元気のないワカシャモを預けた一行は、ばったりオダマキ博士と再会した。この辺りではパールルがハンテールとサクラビスにそれぞれの島で別々に進化するのだという。博士の研究によると、その進化の秘密を解く鍵は“しんかいのキバ”と“しんかいのウロコ”にあるらしい。サトシたちは、進化の謎を解こうと、島の少女ナミコと共に、島で古くからの言い伝えのある洞窟に向かうが・・・！！

次の目的地トクサネシティへと島々を船で経由しながら旅を続けるサトシたちはガンガ島（とう）にたどり着いた。その地でポケモンバトルに勝つため筋力トレーニングに励む一団にでくわし、一緒に筋トレをするはめに・・・。そしてサトシは島で最強のトレーナー、イワシミズからダブルバトルを挑まれる！水タイプのヌオーとトドゼルガに対し、ピカチュウとジュプトルを投入したサトシは予想外に大苦戦！いったい勝利はどちらの手に！？

トクサネシティへ向かって船で旅を続ける途中、ロケット団にピカチュウを奪われそうになったサトシたち。戦いの最中、ピカチュウの電撃が引き起こした爆発で、サトシたちとロケット団は海に飛ばされてしまった。助けを求め漂流していると突如マグマ団の潜水艦が出現し、サトシたちは捕まってしまう！超古代ポケモン“グラードン”の力を利用して世界征服を企むマグマ団がついに発見したのは、敵対するアクア団が探し求めていた“カイオーガ”だった！！アクア団とお互いのポケモンの交換を提案するマグマ団のリーダー、マツブサ。しかし、マグマ団にはカイオーガを奪還するべくアクア団幹部イズミが侵入しており、冷凍状態のカイオーガの眠りを解き、海へと放してしまった！解き放たれて荒れ狂うカイオーガをサトシ、ピカチュウたちは止められるのか！？

超古代ポケモンをめぐるマグマ団とアクア団に遂に対決の時が来た。マグマ団が捕獲したカイオーガを解き放ったアクア団のボス、アオギリは紅色の珠で世界征服のためカイオーガを蘇らせる！一方マグマ団の持つ、グラードンをコントロールできる藍色の珠がなんとピカチュウに融合してしまった！そして邪悪な心で操られ大暴走するカイオーガの前に、遂に火山の大爆発が起こり、藍色のパワーを帯びたピカチュウと共にグラードンも復活する！！果たして激闘の行方はいかに！ピカチュウは元の姿に戻れるのか！？

７個目のバッジをゲットするため、ついにトクサネシティに到着したサトシ達は、この町にある宇宙センターに行くことに。センター内で迷っていると、地下訓練室でポケモンバトルをする二人と出会う。彼ら双子のフウとランは、ヤジロンの念力を使って無重力状態の空間でバトルをしていたのだ！彼らの案内でセンター内を楽しむ一行たち。その頃、二人の父である宇宙飛行士ジンの乗るロケットの打ち上げを知ったロケット団が、なにやら企んでいる様子だが・・・。

いよいよサトシのホウエン地方７つ目のバッジをかけたジムバトルが、トクサネジムで始まった！このジムは、地上だけでなく宙に浮かぶ惑星も含めた立体的なバトルフィールド。ルナトーンとソルロックを使う双子のジムリーダー、フウとランを相手に、変則ダブルバトルに挑戦するサトシはピカチュウとオオスバメで立ち向かう！いったい勝利はどちらの手に！？

８個目のジムバッジゲットを目指すサトシは、目的地のルネ島へ向かう途中、とある島にたどり着く。そこで食事をしようと立ち寄った店で偶然にも、四天王の一人のゲンジと出会い、一行は大はしゃぎ！船長である彼の案内で、巨大な帆船を見に行ったサトシは、ポケモンバトルに誘われ四天王との対決に気合い充分で臨むが！？コモルーを投入したゲンジは、ピカチュウの積極攻撃をまともに受けても余裕の表情・・・一体、ゲンジの作戦とは！？そしてこの勝負の行方は！！

次の目的地ルネシティへ向かう道中でサトシたちは、ある島に立ち寄った。島で“いわつぼポケモン”のユレイドルを目撃したマサトは、追いかけてるうちに一行とはぐれてしまう。マサトを必死で探す一行はその途中でドクターモロボシと名乗る男に出会う。彼は、古代のポケモンを蘇らせる研究をしており、研究所で、珍しい“むかしえびポケモン”アノプスの進化を見せてくれるというのだが、そこへロケット団の邪魔が入り、怒ったアーマルドが逃げ出して大暴れ。さっそくサトシたちによるアーマルドの回収作戦が始まった！！

最後のジムバッジゲットを目指すサトシたち一行は、ポケモンコンテストが開かれるイザベ島のプリカシティに到着した。４つ目のリボンに挑戦するハルカとフシギダネは、調子も上々で、一次審査を楽々クリア。一方、会場には全身緑色の衣装に身を包んだ挑戦者ハーリーが、“あくタイプ”のノクタスと共に勝ち進んでいた。何故か自分にいじわるなハーリーに戸惑うハルカ！果たしてハルカはこの強敵に勝ってリボンをゲットできるのか！？

8個目のバッジゲットを目指すサトシ達はイザベ島を横断中、滅びの谷にやってきた。そこで出会った仙人のシゲモリに連れられ、大（おお）いなる力が封印されていると言われる伝説の巨大モンスターボールがある湖に案内してもらうことに。そこへ噂を聞きつけやってきたロケット団が巨大モンスターボールを奪おうとしたために、ボールの封印が解かれ、巨大なネンドールが目覚めてしまう！サトシ達はシゲモリの持つ古文書を頼りに、この巨大ネンドールに立ち向かうのだが・・・！？

サトシ一行は旅の途中、野原でひと休み。腕試しにタケシと久しぶりにポケモンバトルをする事に。ところがバトル中、コータスのオーバーヒート攻撃でハスブレロが彼方に吹き飛ばされ、森にいた“あざむきポケモン”のクチートに激突してしまう！その拍子でクチートはハスブレロに恋してしまうが、ハスブレロは知らんぷり。一方、トレーナーのサユリから、「リボンダンス」という技を見せてもらったハルカはクチートに興味津々! ところが、遠くから見ていた怪しい集団もクチートを狙っていた！危うしクチート！どうするハスブレロ！？

イザベ島を横断中、広大な荒野に迷い込んでしまったサトシたち。そこは“ありじごくポケモン”ナックラーの巨大な巣穴だった。危険区域である巣穴の安全を守るレンジャーのアキコと、ナックラー研究員のヘイハチローと知り合った一行。ナックラーが作る地下迷宮にあるという、湖を探す彼らと行動を共にするがロケット団の奇襲を受け、ピカチュウはナックラーの巨大な巣穴に飲み込まれてしまう！

サトシ達はセルロスタウンを目指す道中、けわしい岩山のふもとにあるリヤド村に到着した。この村では、滅多に姿を現さないといわれる“わざわいポケモン”のアブソルが、最近頻繁に現れては災い事を起こすので困っているらしい。村の少年ノボルから、災いの原因がアブソルではないことを証明すべく、アブソルをゲットしようと村を出って行った兄サトルの話を聞いた一行は、ノボルと共にサトル探しに向かう。一方、アブソルハンターになりすましたロケット団も隙を見てピカチュウ捕獲を企むが・・・。果たして、アブソルは本当に災いをよぶポケモンなのであろうか？そして村におりてくる目的とは！？

ホウエン地方８つ目のバッジゲットをめざし旅を続けるサトシたち。イザベ島の山頂で、イタズラ好きの“ゆきかさポケモン”ユキワラシからバッジケースを奪われてしまう。吹雪の中、追いかけるサトシだったが急斜面に足を滑らせ深い谷底に転落！助けにきたピカチュウは運悪くユキワラシと共にロケット団に捕まってしまい絶体絶命！果たして囚われ２体の運命は？そしてサトシとバッジケースはどうなってしまうのか！？

サトシたちは次の目的地セルロスタウンへの旅の途中、森の中でひと休み。すると、マサトがぐったり弱っている“きもちポケモン”ラルトスを見つける。どうやら川に落ちて濡れたため、熱があるらしい。ラルトスをポケモンセンターへと連れて行こうとする一行、ところが、目の前にジェントルマンなトレーナーとサーナイト＆キルリアが突如現れ、何故かサトシたちの行く手を阻む！！怪しげな連中とバトルすることになったサトシは、マサトに一人で先を急ぐようにとラルトスを託すが・・・。懸命に走るマサトだったが、道に迷ってしまい、ラルトスは息絶え絶えに！そんな中、ユキワラシが姿を消す。果たしてラルトスは助かるのか？そしてユキワラシの行方は・・・！？

ついにルナシティに到着し気合いの入るサトシは、ジム戦を前に水の都と呼ばれるこの町の名物、アートフェスティバルを楽しむことに。観衆から大人気を集める、水のアーティスト・アダン。彼の水系ポケモンを巧みに使った芸術的なステージに魅了される一行。そして、彼こそがこの町のジムリーダーだと知ってサトシたちは驚いたのも束の間、巨大なプール状のバトルフィールドに案内され、さらに圧倒されてしまう！水系ポケモンのトドグラーとアズマオウを使うアダンに対して、ピカチュウとユキワラシで迎え撃つサトシ。いよいよ念願のルナジムでのバトルが始まった！！

サトシは８つ目のバッジをかけてルネジムに挑んだが、ジムリーダー・アダンの放つ水タイプポケモンたちはかなり手強く、苦戦を強いられる。頼みのジュプトル、ヘイガニも、対する“ランデブーポケモン”ラブカスと、ナマズンの巧みな攻撃に翻弄され倒れてしまう。いよいよ満を持して、「つばめがえし」を覚えたオオスバメを投入することに！強敵アダンを前にサトシはどんな戦法を繰り出すのか！？そして勝利はどちらの手に！？

次の目的地へと旅を続けるサトシたちは、経由地のギバン島（とう）に立ち寄るが、そこでハルカはモンスターボールを何者かに盗まれてしまう！犯人は、丸いものを集める奇妙な習性をもつマッスグマだと知ったサトシたちは、飼い主のケイマと共に後を追うが、そこにロケット団が現れて・・・。

キナギタウンでの次のポケモンコンテストに向け闘志を燃やすハルカの前に、ライバルのシュウが現れた。特訓の成果を見せようと二人は海辺でバトルを始めるが、その最中ロケット団の襲撃にあい全員バラバラになってしまう。仲間の行方を探すハルカは、島の老人ロクスケと出会い、自分たちが磁石のきかない樹海の森、まぼろし島（じま）に飛ばされたと知る。

ハルカの出場するポケモンコンテストを翌日に控え、開催地のキナギ島（とう）へ向かうサトシたち。ところが、船の故障により、やむなく近くのドント島（とう）に立ち寄ることに。一行はその島でゴロゴロ転がるダイナミックな愛のダンスでメスにプロポーズするオスのドンファンたちに遭遇する。そう、ここは“よろいポケモン”ドンファンの楽園。そして今は彼らの恋の季節だったのだ！ところかまわず転がってくるドンファンに振り回されるサトシたち。果たしてハルカは無事キナギ島にたどり着き、明日のコンテストに参加することができるのか！？

いよいよポケモンコンテスト・キナギ大会の朝がやってきた！ポケモンセンター前の広場では早くも試合前のコーディネーターたちがポケモンたちと調整にはげんでいる。絶好調なハルカのポケモンたちだが、エネコだけはよそ見がち。その時、サトシと特訓中だったユキワラシが暴走して広場は大混乱に。エネコは会場から飛び出したエイパムにつられて外へ出て行ってしまう！エネコを引き戻そうとするハルカは後を追うが、そこで島に住むポケモンコーディネーターのトシキとエリコに出会い・・・。

激闘の続くキナギ大会。ハルカとエネコは無事に一次審査を突破した。この島で知り合ったトシキとエリコも勝ち残っている。二次審査はコンテストバトル。美しく華麗に技を決める事が勝負の鍵となるのだ。最初のバトルはムサシンスキー対エリコ。ルージュラに気に入られてしまったニャースは「あくまのキッス」からただ逃げ回るばかりだったが、一発大逆転を狙って奥の手を使う！一方、ハルカの対戦相手はトシキ。バトルスタートと同時にエネコとヘルガーはお互いのスピードを生かした攻防を展開し、息つく間もない勝負を繰り広げる！決勝の舞台に立ち、リボンをゲットするのは誰だ！？

カイナシティ目指して旅を続けるサトシたちは、木の実のたくさんある島にたどり着いた。島のポケモンセンターにあるブレンドルームでハルカは特製ポロック、ハルカデリシャスを完成させる。さっそくポケモンたちに食べさせるが、あまりのマズさにポケモンたちは倒れてしまった。しかし、もくもくと食べ続けるポケモンの姿が。その正体は“おおぐいポケモン”のゴンベ。そんな時、子供たちのポロックが消えてしまい、大食いのゴンベが犯人だと子供たちは大騒ぎ。この騒動を収拾するため、ハルカはあるアイデアを思いつく。ハルカの作戦とはなんだ！？

カイナシティへの旅の途中に立ち寄った島で、サトシはユキワラシと「れいとうビーム」の特訓を続けていた。すると突然、山から巨大なおにぎりが転がり落ちてきた！　後にはそれを追いかけて猛然と走る一人の少年の姿が・・・。彼の名前はマサムネ、世界一のウルトラトレーナーを目指して旅をしているという。突然ポケモンバトルを挑んできたマサムネの挑戦をサトシとピカチュウは受けて立つ事に。はたして、“てっきゅうポケモン”　ダンバルをあやつるマサムネの実力とは！？

豪華客船セント・フラワー号に乗り、カイナシティを目指すサトシたち。しかし船には解散したマグマ団のバンナイが乗船しているという。船の中には、グランドフェスティバル優勝者に手渡される「リボンカップ」が飾られていたが、なんとカップは偽物とすり替えられていた！そして、カップの裏にはバンナイのマークが入ったカードが・・・。バンナイを誘い出すためサトシたちはジュンサーに協力して、ある作戦を開始する！

ポケモンマスターを目指し、旅をつづけるサトシ。そして、トップコーディネーターを目指す、ハルカ。サトシはポケモンリーグ・サイユウ大会出場のためのジムバッジ、８つをゲット。ハルカも、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバル出場を目標に、リボン５つをそろえた。そんな二人の挑戦は、ここからはじまっていた・・・。

いよいよポケモンコンテスト・グランドフェスティバル当日がやってきた！ハルカは予備戦を前にして緊張気味だが、母親のミツコの激励や、各地の仲間から届いたたくさんの電報を読み、気合いが入る。共に大会に出場するシュウやハーリーと再会したハルカだったが、父親のトウカジムリーダー・センリが会場内でポケモンアドバイスを行っているというチラシを目にする。センリはジム戦で忙しく会場には来ていないはずだが・・・。

激闘の続くグランドフェスティバル。シュウ、ハーリーと共に予備戦を突破したハルカは、明日の本戦に備えて練習に励んでいた。そんな中、ユキワラシの特訓中だったサトシは、フェスティバル参加者のトンペイに出会う。トンペイはコンテストパスとリボンをなくしてしまったらしい。聞けば、おかしな三人組とぶつかった後にパスとリボンがなくなっていたようだ。サトシたちは、手分けして三人組を探すことにするが・・・。

激闘の続くグランドフェスティバル。２次審査のコンテストバトル１回戦、ハルカ対ハーリーの試合が始まった！ジュペッタとノクタスを使うハーリーに対してアゲハントとフシギダネで迎え撃つハルカだが、相手をわざとカッコ悪く見せることでポイントを減らそうとするハーリーの作戦の前に苦戦する。一方、会場の一角では、コンテスト出場のために参加者に変装しようと企むロケット団によって優勝候補の一人、ロバートが捕らえられそうになる。その時、サトシがロバートを助けに現れる！混乱のグランドフェスティバル。果たして大会の行方はいかに！？

サトシたちは、ハルカが福引きで当てたチケットで、飛行機に乗りサイユウ島（とう）に向かうことになった。しかし、その福引きも飛行機もロケット団の罠だった！ロケット団本部に向かおうとする飛行機だが、トラブルが発生しとある小島に不時着してしまう。サトシたちはそこで、ロビンと名乗る男と出会う。彼はかって乗っていた船が遭難し“たまくじらポケモン”ホエルコに救出されて以来、この島で暮らしているという。サトシ一行は、ロビンの力を借りてこの島から脱出できるのだろうか？

ついにサイユウシティへと到着したサトシたちは、街で有名なラーメン店・サイユウ軒へと向かった。しかし、一行は迷い込んだ路地でヤミカラスの群れに襲われてしまう。そんな時、一行は長靴を履いたニャースとトレーナーのテツヤに助けられる。大会の聖火ランナーを務めるというテツヤ。だが、ファイヤーの炎から取った聖火を盗もうと企むロケット団の姿が！果たして、聖火は無事に選手村へとたどり着くのか！？

サイユウ大会の前日、サトシは大会に備えてポケモンたちとトレーニングに励んでいた。そこに、転がってくる巨大なオニギリが！後を追いかけてくるのはサトシのライバル、マサムネだった。しかし、マサムネはロケット団の仕掛けた落とし穴に落ちてしまい、テツヤに 助けられるのだった。マサムネの初戦の相手はエレブー使いのジャンプ。突進しか技のないマサムネのダンバルはエレブーの防御に大苦戦するも、気合いで立ち向かう！

いよいよ予選トーナメントの当日がやってきた！予選トーナメントはダブルバトルで争われる。マサムネの相手はガラガラとカイリキーで戦うガロン。マサムネはガーディとグライガーで迎え撃つ。バトルは互いに一歩も譲ることなく消耗戦にもつれ込む。一方、サトシの相手はトロピウスとマルノームで戦うトモノ。サトシはヘイガニとコータスのコンビネーションで立ち向かう。早くも大激戦が繰り広げられるサイユウ大会の行方はいかに！？

予選トーナメント１回戦を見事突破したサトシは、激闘の末2回戦も勝ち残った。サトシの３回戦の相手は“ほほえみの貴公子”と呼ばれるヒュウガ。炎タイプのポケモン、リザードンとマグマラシで戦うヒュウガに対して、氷タイプのオニゴーリ、草タイプのジュプトルで戦うサトシ。ポケモンたちとの華麗なコンビネーションを見せるヒュウガに対してサトシはどのような戦い方で迎え撃つのか！？

ポケモンリーグ・サイユウ大会、見事に予選トーナメントを勝ち進んだサトシは、決勝トーナメント1回戦をカエデと戦っていた。カエデの頭脳的な作戦に大苦戦するサトシだが、辛くも勝利し２回戦へと進出した。その夜、ポケモンセンターでは２回戦の組み合わせが発表され、サトシとマサムネが対戦することに。試合に勝つ喜びと、友情との間で揺れ動くマサムネ。複雑な胸中の中、２人のバトルの行方は！？

サイユウ大会２回戦で戦うことになったサトシ。相手はなんと、ライバルのマサムネ。だが、マサムネは攻撃を仕掛けずに逃げ回るばかりで試合はサトシがリードする展開に。しかし、そんなマサムネを信頼するポケモンたちの姿を目にして、マサムネは己の闘志に火をつける。２人の友情を超えた本気バトルは、後半戦に入り過熱する！

3回戦に突入したポケモンリーグ・サイユウ大会。サトシの対戦相手はテツヤ。一進一退の攻防を続ける2人のバトルはついに最終局面。サトシはピカチュウ、テツヤは長靴をはいたニャースによって勝負を決めることになった。果たして、この戦いを制し、ベスト4に進むのはどっちだ!?

サイユウ大会が終わり、それぞれの家へと帰るサトシと仲間たち。仲間と別れたサトシは途中、懐かしい思い出の場所、トキワジムに立ち寄る。そこにサングラスをかけた何やら怪しい男が現れた。妙に余裕たっぷりの男、エニシダ。彼は、新しいバトル施設、バトルフロンティアの存在をサトシに教える。エニシダに連られ、サトシはジムの中へ。トキワジムには、新しいジムリーダーのキクコがいた。キクコは、自他共に認める強者だと、自信満々の様子。キクコに挑発されたサトシは、バッジ抜きの真剣バトルに挑む！

はげしいバトルの日々をつかの間忘れることができるふるさと、マサラタウンにサトシは帰ってきた。ひさしぶりに会う息子の姿に、サトシのママはご機嫌な様子。オーキド研究所に預けたポケモンたちもここでのどかに暮らしていたが、サトシたちとの再会に大喜び！　せい揃いで一行を歓迎する。バトルフロンティア制覇に向けた旅立ちの前に休息をとろうとするサトシたち。だが、そこをポケモン大量GETのチャンスと、ロケット団が狙う！

マサラタウンを旅立ったサトシたちは、お月見山のふもとを通りかかる。この辺りには、大変珍しい“ほしがたポケモン”のピィが生息するのだった。人間には警戒心の強いピィも、サトシたちのポケモンには心を許して、すぐに仲良くなる。そこに突如として現れたロケット団！　パワーアップした武器によって、サトシとポケモンたちは、遠くに吹き飛ばされ、なんと別々の場所で遭難してしまう。

サトシたちは新たに挑むバトルフロンティア最初の目的地、バトルファクトリーに行く途中、道に迷ってしまった。そんな一行が偶然目撃したのは伝説のポケモン、フリーザーが華麗に宙を舞う姿だった。雪の中、長い尾を揺らす美しい姿にしばし圧倒されるサトシたち・・・。エニシダの力を借りて、ようやく目的地に着いた一行を出迎えたのは、ダツラと名乗る男。彼はバトルが待ちきれずウズウズするサトシをよそに、奇妙な機械の発明に夢中な様子だが・・・。

ダツラは、ついにフリーザーをパートナーに選んだ！　対して、このバトルのためにサトシが呼び寄せたのは、修行を積んで鍛え上げられたリザードンだった。氷タイプのフリーザーに対して、リザードンの攻撃は効果抜群に効く。だが、ダツラの指示を受け、どんどん本領を発揮してくるフリーザー。ダメージを受けてもキレのいいスピードで、次々にリザードンの火炎攻撃を交わしていく。さらに、辺り一面に霧を放ったフリーザー！　リザードンの視界をふさぐ攻撃に、サトシはどう立ち向かうのか！？

バトルアリーナに向かう旅の途中、サトシたちは岩だらけの険しい山のなかへと入っていった。山道を歩き疲れてヘトヘトになり、そこで休憩時間をとることになった。すると、ちょっと目を離したすきに、サトシのポケモンたちがささいな誤解からイシツブテたちとケンカになってしまう。怒ったイシツブテたちは、この岩山の王、イワークにそのことを訴えて助けを求める。サトシは、無事にイワークの王国を出られるのだろうか！？

森を行くサトシたちは突然、仕掛けられた網の中に捕まった。この罠の主は、“おおごえポケモン”ドゴームをパートナーにするミツオ。ミツオは間違ってサトシたちを捕らえてしまったのだった。ミツオが本当に狙っている獲物は、“ふうせんポケモン”プリン。彼の娘、リサがプリンと一緒に歌を唄いたがっているからだった。しかし、プリンはミツオをからかい、ドゴームがいてもまるでバトルにならない。サトシたちはミツオとリサのため、プリンゲットに力を合わせるが・・・。

食いしん坊のハルカに付き添い、道中森のケーキ屋に寄り道したサトシたち。そんなところへ、“でんせつポケモン”ウインディが駆けてきた。食欲も忘れて魅了されるハルカ。さらにウインディを追いかけて現れたのは、ハルカのライバル、シュウだった。ゲットしようとするシュウだが、ウインディは「しんそく」により、ぐっとスピードをあげて追いつかれることなく、消えてしまう。ハルカとシュウは我先に競ってウエンディの居所を探しはじめた！

ポケモンコンテストが開かれるというヤマブキシティに向かうことにしたサトシたちは、道中ワンリキーたちに追われているコダックの姿を見かける。その後を追い、コダックを救出したサトシたち。このコダックをトレーナーに返すことを決意する。ところが、トレーナーのアヅミは、コダックを追っていたワンリキーたちのトレーナーでもあった。どうやらコダックは何度もアヅミの家から逃げ出しているようなのだが・・・

ヤマブキシティを目指すサトシたちは、駆け出したゴンベを追いかけて、森の中にあるレストランへと立ち寄った。同じころ、腹ペコのロケット団も別のレストランに入ったのだが。実はこの二つのレストランは、料理に関する意見が合わず仲の悪い姉妹、レースとトランが同じ建物に別々の入り口をつくって営業しているのだった。サトシたちはトランを助け、ロケット団はレースのことを助ける。どちらが父のレストランを継ぐのか決めるため、姉妹のシェフであるポケモン、ニューラとバリヤードは料理対決をすることになる！

ついにヤマブキシティの目前までたどり着いたサトシたち。だがゴードンの研究所に誤って入り込んだところを泥棒と間違われ、“いもむしポケモン”キャタピーに捕まってしまう。ゴードンはポケモンに役立つ発明品をつくる研究者だというが、どれもヘンテコで使えそうにないものばかり・・・。泥棒の疑いは晴れたものの、今度は本物の泥棒ロケット団が侵入した。ロケット団はゴードンの発明を利用しようとしてキャタピーを巨大化させてしまう。建物に入り切らないほど大きくなったキャタピーは、研究所から飛び出てなぜか町のタワーを登りはじめた！？

ヤマブキシティに着いたものの、ハルカはコンテストを目前に出場させるポケモンをまだ決めかねていた。そんなハルカを手助けにきたのは、何度もウソをつき邪魔ばかりしてきたハーリー。すっかり心を入れ替えた様子のハーリーに、ハルカは安心してアドバイスを受けた。コンテストの一次審査をゼニガメで挑戦することにする。そんな矢先、トレーニングの真っ最中にゼニガメがさらわれてしまう！

いよいよヤマブキシティでのポケモンコンテストがはじまる！またもハーリーの汚いワナにはまったハルカは、この怒りをコンテストの場にぶつけようと気合い充分。ハーリーは実力でもノクタスとのコンビネーションですばらしいパフォーマンスを披露。一方のハルカも負けじとワカシャモと息を合わせて勝ち進む。お互い一歩も譲らない両者の闘志。ハルカとハーリーの間に割り込んできたのは、なんとムサシ！？パートナーはソーナンス！？三大ヒロイン（？）の決戦が、いま火ぶたを切る！？

ポケモンコンテスト出場を終えたハルカは念願のグルメスポット巡り。ヤマブキシティ名物バトル・ラーメンを食べようと胸を弾ませるのだが、肝心の店主キョウタロウがどこかへ行ってしまう。後を追ってたどり着いたのは、格闘タイプのポケモン道場。道場の師匠で父親のハマグリは、ラーメン屋をやめて道場を継げ、とキョウタロウに要求した。ハルカはこのままヤマブキシティ一番のラーメンを味わえないのだろうか！？

次の目的地バトルアリーナを目指す道中、不気味な廃鉱山の町に迷い込んだサトシたち。ゴーストタウンになった町の外には、暗い闇の中にオバケがウジャウジャいるようだ。怯えたサトシたちは建物に逃げ込んだものの、今度は奥の方から音楽が聞こえてくる・・・。おっかなビックリ確かめに行った先にいたのは、音楽で楽しげに踊るエスパーポケモンたちだった。彼らは鉱山が枯れて人間が出て行った後、置き去りにされた寂しさを音楽でまぎらわしているのだという。どうやら外にいるオバケと彼らは無関係のようだが・・・。

いよいよ次の目的地バトルアリーナに近づいてきたサトシたち。しかしその道中でゴンベが体調を崩して食欲をなくしてしまう。とある城の管理人だという老人と老婆に幸運にも助けられたサトシたちだが、城でバッタリ出会ったのはロケット団！なんとこの城はコジロウの家だったのだ！なぜか家の中ではロケット団だとバレるのを嫌がって、一時休戦しようとサトシに持ちかけるコジロウ。けれど相方のムサシとニャースの方はこの隙にもサトシたちのポケモンを盗み出そうとして・・・。

バトルアリーナを前に最後のトレーニングに励むサトシとタケシ。その最中、タケシのミズゴロウはヌマクローに進化するが、勢い余って放った攻撃は“わたげポケモン”モココにぶつかってケガをさせてしまう。ポケモンの持ち主モモコが、治療のためにモココを運んだ先はポケモンの漢方屋。ここでモモコは祖母から漢方薬作りを学んでいるのだった。美人のモモコに恋をするタケシだが、この恋にはライバルが出現！？さらにはヌマクローにもモココへの恋心が芽生えてしまう！

バトルアリーナに到着したサトシは、バトルに向けて気合い充分。格闘タイプのポケモンを使いこなすフロンティアブレーン、コゴミに真っ向から勝負を挑むのだった。コゴミの“めいそうポケモン”チャーレムに対して、サトシはオーキド研究所から呼び寄せたカビゴンで迎え撃つ。ポケモン同士の力と力のぶつかり合い。しかしチャーレムの気合いを込めた攻撃によってカビゴンは防戦一方に・・・。ついには、チャーレムの放つ冷凍パンチを避けられず、カビゴンは巨大な氷の壁の中に閉じ込められてしまった！

三番目のバトル施設、バトルドームを目指して旅を進めるサトシたち。その途中で立ち寄った農場は、ポケモンのタマゴを預かって飼育をする育て屋だった。ポケモンのタマゴを見たことのないハルカはやや興奮気味。農場の娘シロミはポケモンコーディネーターになることを夢見ながらも、この地を離れられずにタマゴの世話をしていた。様々な土地を旅してコンテストに出場できるハルカへ嫉妬をするシロミ。彼女はついついハルカに対して冷たい態度をとってしまうが・・・。

バトルドームに向かう道中、ジルバタウンでのポケモンコンテスト開催を知ったハルカは早速出場を決意する。続々集まるコーディネーターの中、なにやら疲れた様子のサラリーマン、オガタはこの場にそぐわない感じ。だがステージ上でのオガタはガラリと人が変わり、ド派手な衣装でエレキギターをかき鳴らして登場。バタフリーとの壮絶なパフォーマンスでハルカと観客を圧倒する。しかし場内の誰もがみとれたパフォーマンスを止めに入ったのは、なんとオガタの妻と息子だった！？

バトルドームを目指すサトシたちは途中、釣りの名所と呼ばれる湖のほとりに足を伸ばした。しかしその場所は釣り人もいない、ひっそりとうら淋しい雰囲気。この湖の番をするアサギと出会ったサトシたちは、突如湖に現れた“ならずものポケモン”シザリガーによって嫌がらせを受けて、釣り人や湖に住むポケモンが出て行ってしまったことを知る。シザリガーを野放しにしたのは、どうやらこの湖を埋めてしまおうと狙っている連中のようだ。サトシは湖の平和を取り戻すため、シザリガー退治に乗り出す。この対決、一番に名乗りをあげたのは、ヘイガニ！？

いよいよバトルドームに辿り着いたサトシたち。この地のフロンティアブレーン、ヒースは観客から熱狂的に支持されている大人気のスーパースターだった。様々な演出でショーアップされた会場の雰囲気に圧倒されるサトシ。ほのおタイプのウインディとみずタイプのラグラージのコンビで戦いを挑むヒースに対して、サトシはヘイガニとオオスバメで対抗。だが、相手の一歩先を読むヒースの頭脳的な戦略に、サトシたちの攻撃はダメージを与えられずに反撃されてしまう。サトシはこのまま満足に攻めることもできないのか！？

バトルチューブを次の目的地に定め、旅を続けるサトシたち。途中、森の中で辺りに電気をまき散らす“でんきポケモン”エレキッドに出くわす。エレキッドはその強力な電気のパワーで森にいるポケモンを次々に攻撃していくのだった。暴走するエレキッドに巻き込まれたハルカは、エレキッドの頭に大事なタマゴがはさまり、連れていかれたので大慌て。どうやらエレキッドは落雷から電気を溜めすぎて、我を忘れた状態にあるようだ。タマゴを取り返すため、森をさまようエレキッドを追いかけるうちにサトシは何か秘策を思いついたようだが！？

セキチクシティへ向かうため森を進むサトシたち。しかし森の奥は崖崩れによって通行禁止だという。一行は仕方なく進路を変えるが、突然ピカチュウが何かに導かれる様に森の奥へと入っていく。とまどうサトシたちの前に、付近を調査に来たポケモンレンジャーのヒナタが現れ、異変が起きていることを伝える。サトシたちはヒナタと共にピカチュウを追って森の中心部へ。なんとそこには、身体中に傷を負って怯えている様子のセレビィがいたのだった！！

サトシたちはセキチクシティを目指す道中、森の中で忍者の格好をした少年、コロクと出会う。すぐに意気投合した一行は、ポケモン忍者スクールに案内され、コロクと一緒に修行をすることに。そんな中、生徒の育てたオレンの実が盗まれる事件が頻発。スクールにヒョッコリと現れた“ぼんさいポケモン”ウソハチがあやしいと疑いをかけられるが、はたして新犯人は！？

セキチクシティに到着したサトシたち一行。ハルカは到着早々はぐれてしまったゼニガメを探す最中、古ぼけた駅舎で老女クニと出会う。夫イサオが遠くの町で死んだことを理解できないまま、未だに帰りを駅のホームで待ちつづけているというクニ。二人の別れは数十年前のふとした行き違いからだった。偶然にもその時代へとタイムスリップしてしまったハルカとニャースは、イサオの命を救おうとするのだが・・・。

バトルフロンティア制覇に向け、４個目のフロンティアシンボルをかけたバトル当日の朝がやってきた。バトルチューブへ出掛けるサトシだが、辿り着いた先はロケット団がつくった偽のバトル施設。そこでピカチュウを奪われそうになるサトシを救ったのは、この地のフロンティアブレーン、アザミだった。早速バトルを挑むサトシだったが、全く防御をせずにひたすら攻撃を繰り出すアザミの戦法に苦戦を強いられる・・・。

メタリカ島にある５番目のバトルフロンティア、バトルパレスを次の目的地に定め、海を横断するサトシたちの船旅がはじまった。途中立ち寄ったポプリ島で、トレーナーとポケモン同士の相性を試す行事、ポケモンオリエンテーリングの開催を知り、サトシたちはやる気満々に参加を決める。その参加者はロケット団のコジロウまで！コジロウを優勝させようとするムサシとニャースは、サトシたちの邪魔をするが・・・。

ポケモンコンテスト開催を知り、ポプリ島の裏側にあるモダマタウンにやって来たサトシたち。ハルカはこの大会がデビュー戦となるゴンベと初コンビを組んで、３つ目のリボンゲットを目指す。その前にまたも立ちはだかるライバル、ハーリーは真剣勝負で決着をつけると不敵な笑み。宣言通り、小細工なしでポケモンとの華麗なコンビネーションを武器に予選を勝ち上がるハーリー。いよいよ対決する両者、この勝負の行方は・・・。

次のポケモンコンテストが開催されるユズリハ島に向かうサトシたち。その途中立ち寄ったカモミール島で、ジュプトルはひょんなことから“フルーツポケモン”のトロピウスと一騎打ちになるが、バトルにやぶれて負傷してしまう。そこを救ったのはジュンサーが引き連れたメガニウムだった。その癒しの力で傷の治療を受けたジュプトルはすっかりメガニウムに恋をしてしまい、再戦への闘志を燃やす！

３つ目のリボン獲得を目指すハルカのため、ユズリハ島のポケモンコンテストにやってきたサトシたち。そこでハルカはライバルのシュウに憧れる新米コーディネーター、ワカナと出会う。実は彼女、シュウから一目置かれているハルカに対抗意識を持っていたのだ。いよいよ始まるコンテスト一次審査、ハルカは気合充分のゴンベの演技で勝ち進み、負けじとワカナもアメタマとの華麗なコンビで会場を魅了する。そんなワカナの胸には、驚くべき野望があったのだった！

バトルパレスがあるメタリカ島に辿り着いたサトシたち。そこはジャングルが広がる自然と調和した島だった。ジュカインの復活を願ってトレーニングに励むサトシだが、未だ技の出せないジュカインは自分を責めてジャングルの中へと消える。その行方を追うサトシはスピアーの大群に襲われ、さらにピカチュウともはなればなれに。この地のフロンティアブレーン、ウコンによってピカチュウは助けられるが、一方サトシは未だジャングルの中をさまよっていた・・・。

五番目のバトル施設、バトルパレスにやってきたサトシたち。フロンティアブレーンのウコンはなんとバトルパレス内の広々としたジャングル全体をバトルフィールドに使うのだという。この提案を喜んで受け入れたサトシだが、地形や天候など自然の力を巧みに利用した攻撃に大苦戦。ついにウコンが出した最後の切り札、“どぐうポケモン”ネンドールに、サトシはジュカインで勝負を挑むが・・・！！

船旅を終え、港町に着いたサトシたちは、ロケット団のたくらみで手持ちのポケモンを奪われそうになる。ゴンベの技“ゆびをふる”でなんとかピンチを脱したかと思いきや、騒動のドサクサでピカチュウ、ニャース、ウソハチ、マネネが一団とはぐれてしまう！必死で仲間をさがすサトシ＆ロケット団。そんな彼らの前に姿を現したのは、妙に着飾ったマネネとウソハチ。感動の再会か！？ しかし、どうも様子がおかしいぞ…？

ビルが建ち並ぶ大都会、コモダシティを訪れたサトシたちは「赤いイナズマ」の噂を耳にする。それは、赤マントで顔も体も隠し、トレーナーのポケモンに自ら技を繰り出してバトルを仕掛けてくるというのだ。ポケモンの技を使うのに、人間の言葉を話すというこの謎の怪人により、街は不安に包まれていた。そんな中、サトシたちと離れたゼニガメの前に、真紅の影が立ちはだかった！！

いよいよ４個目のリボンゲットを目指し、ポケモンコンテスト アベリア大会にのぞむハルカ。大事に育ててきたイーブイの調子も上々だ。あとは大会の開始を待つばかりという時、偶然通りかかった女性がタケシのウソハチを見て、その育ての手腕をほめ讃える。彼女はポケモンブリーダーのユマと名乗り、かつては一流のポケモンコーディネーターでもあったという。ユマはタケシに今回のコンテスト参加を強く勧め、なんとタケシはエントリーすることに！思わぬ伏兵の登場にあわてるハルカ、果たしてこの大会の行方はどうなる！？

サトシたちはバトルタワーをめざす途中、山道（やまみち）で“くちづけポケモン”ムチュールに出会う。あまりの可愛さにハルカが抱き上げようとすると、林の奥から何者かが突然ワザをくり出してきた！その正体は、三体のルージュラ。あわや、バトルに突入しかけるが、ルージュラはムチュールを守ろうとしたことに気付き、サトシたちは道を遠回りをすることに。その後、森に潜んでいたロケット団はこの可愛いムチュールに出くわし、ある企みを思いつく。

いよいよバトルタワーへの挑戦を目前にひかえたサトシとピカチュウは、興奮のあまりなかなか寝付けないでいた。明け方、たまらずに外へ走りに出たサトシとピカチュウは互いにバトルの勝利を誓い合う。ところがそこへ突然、野生のスピアーが襲いかかってきた！慌てるサトシたちをピンチから救ったのは、美しい顔立ちの少年、リラだった。彼がピカチュウを抱き上げたその時、ロケット団がピカチュウを狙って襲いかかって来た！果たして、サトシは無事この危機を切り抜けバトルタワーに挑戦できるのだろうか！？

バトルタワーでのリラとのバトルに一度は敗れたサトシ。悔しさをこらえきれず再戦を望むが、勢い任せなこれまでの戦い方では勝ち目がない。ポケモンの実力を引き出せなかった事を反省したサトシは、同じポケモン達で再びバトルに挑戦すべくに特訓を開始する。しかし、ポケモンと心を一つにして戦うリラに勝つには普通の特訓では歯が立たない！サトシは勝利へのカギをつかみ、リラにリベンジを果たせるのだろうか…？

バトルピラミッドへの挑戦をめざすサトシと仲間たちは、道中の山岳地帯上空でオーロラを目撃する。それと同時にピカチュウや周囲の野生ポケモンに異変が起き、なんとモンスターボールが使用不可能となってしまう。ただならぬ様子の中、一行の前に現れたのは、かつて行動を共にしたポケモンレンジャーのヒナタだった。彼女はこの異常事態を調査、解決するミッションを受け、この地を訪れたのだという。そんな中、上空の空間が突然歪み、謎のポケモン デオキシスが出現した！頼みの綱は、唯一作動するヒナタのキャプチャスタイラーのみ！サトシたちの運命や如何に！？

突如姿を現した、謎のポケモン デオキシスによって連れ去られてしまった、マサトとニャース。非常事態のため休戦モードに入ったサトシとロケット団は、ポケモンレンジャーのヒナタと共に仲間を救出する事に。情報によると、異常事態とデオキシスの出現は、１０年前に付近に落下した隕石と関係があるらしい。その落下ポイントをめざし急ぐ一行、しかしそこに待ち受けていたのはマサトたちを連れ去ったデオキシスであった…！！

最後のバトル施設、バトルピラミッドへの挑戦を目指すサトシたちは、森の中でキラキラと輝く黄金のウソッキーに出くわす。この珍しいポケモンをゲットしようとするサトシだったが、うまくウソッキーに逃げられてしまう。近くの町の食堂にたどり着いた一行は、黄金のウソッキー目撃談を語ったところ、殺気だった男達にウソッキーの情報をよこせと強引に迫られる。そんなサトシたちをピンチから救ったのはキンヤと名乗る少年だった。彼は黄金ウソッキーの秘密を何か知っているようだが・・・。

ポケモンコンテスト・カジノキ大会にエントリーし、５つ目のリボンゲットを目指すハルカ。すでにリボンを５つ集め、グランドフェスティバル出場を決めたライバルのハーリーにプレッシャーをかけられ、発憤したハルカは猛練習にはげむ。一方ハーリーは、今回のコンテストに変装しエントリーしていたロケット団に近づき、打倒ハルカのために手を結ぼうとする。さまざまな思いが駆けめぐる中、一次予選が今、始まる！

ライバル・ハーリーとロケット団の妨害にもめげず、コンテスト一次予選を通過したハルカ。しかし、二次審査のコンテストバトルは強敵揃いで油断できない。苦戦しつつも勝ち進むハルカだったが、ハーリー達の悪だくみはまだ終わったわけではなかった！巧妙に張りめぐらされたワナが迫るなか、果たしてハルカはコンテストを勝ち抜き、グランドフェスティバル出場権を手に入れることができるのか！？

今日もピカチュウゲットに失敗して「やな感じー！」と飛ばされたロケット団の３人。ムサシ、コジロウ、ニャースはそれぞれのダメさ加減に愛想をつかし、ついにトリオを解散することに！ちょうどそのころ、サトシたちは道中のサビシティで行われるワンデートーナメント・ポケモンバトルに参加しようとしていた。しかし、それはロケット団のヤマト、コサブロウが仕組んだワナだったのだ。サトシたちの、そしてロケット団の３人の運命は、いったいどうなる！？

バトルピラミッドを目前に、ニビシティに立ち寄ったサトシたち。久しぶりに訪れたタケシの実家のニビジムは、なぜか以前とは似ても似つかぬ悪趣味な外見になっていた。残された弟たちによれば、ジムリフォーマーと名乗る妙な業者が、タケシの両親を言葉巧みに言いくるめて、改装を始めたのだという。聞けば聞くほど怪しいジムリフォーマー。彼らは一体何者なのか？かわいい弟たち、そしてニビジムを守るため、長男の意地をかけてタケシが立ち上がった！！

サトシ一行は最後のバトル施設、バトルピラミッドを目前にしながら、古代の地下通路に落ちてしまう。サトシが古代遺跡のワナにかかり、一行は絶体絶命のピンチにおちいるが、伝説のポケモン、レジロックを使う男によって助けられた。男の名は、ジンダイ! 彼に気のゆるみを指摘されるサトシだったが、聞く耳をもたずに遺跡に触れたため、謎の黒い妖気に包まれ、何かに取り憑かれてしまう!

ハルカのグランドフェスティバル出場に向け、セキエイ高原を目指す一行は、農夫に追われたエイパムの群れに会う。出会い頭にサトシは帽子を、ハルカは大切なリボンケースを奪い取られてしまう。聞けば、それまでおとなしかった山のポケモンたちが、最近では果樹園の木の実を根こそぎ取ってしまい、迷惑しているという。さらに、山には不気味なうなり声をあげる、巨大な魔物まで姿をあらわすという。サトシたちはこの謎を解き明かし、取られた物を無事取り戻せるのだろうか？

サトシ一行はついに、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバルが行われるセキエイ高原にたどりついた。2度目のグランドフェスティバル挑戦で優勝を狙うハルカは気合い充分だが、出場者はみんなリボンを5つ以上ゲットした強者ばかり、さらに会場内には ライバルのシュウ、謎の黒ずくめコーディネーター、スタッフの中にまぎれこんだロケット団など油断ならぬ面々もいるのだった。果たしてハルカは晴れの舞台、グランドフェスティバルの予選を無事に勝ち抜くことができるのか?

ポケモンコンテスト・グランドフェスティバル・セキエイ大会の予選を無事突破したハルカ！しかし、本選ではさらなる激戦が待ち受けるのだった。特にライバルのシュウが発する気迫と、彼を古くから知るコーディネーター、サオリの実力を目の前に、たじろぐハルカ。しかし、負けてはいられない！一次審査を通過し、二次審査のコンテストバトルに駒を進めたハルカの対戦相手は・・・なんと、これまでズルい作戦で、何度もハルカを苦しめてきたハーリーだった！！不吉な相手を目の前に、ハルカの打つ手は・・・！？

グランドフェスティバルの二次審査二回戦、ハルカはついにライバルのシュウと激突する！互いにポケモン２体ずつで戦う“ダブルバトル”での対戦は、どちらも一歩も譲らないスリリングな展開に。激しくも美しい技が乱れ飛ぶ、迫力のバトルに会場は大いに盛り上がる。かつて無いほどの大接戦を制し、勝つのはハルカか？それともシュウか？そして、会場内のサトシに忍びよる何者かの影・・・！波乱のグランドフェスティバルの行方やいかに！？

バトルピラミッドをめざす道中、イタズラ者のエイパムを追いかけていたサトシは、近くの村で行われる“王様”選びというイベントに出くわした。聞けば、村に伝わる王冠をみんなで奪い合い、日没の時点で手にしていた者が、次の一年間王様になれるという風変わりなもの。しかも、このイベントには村人以外の誰でも参加できると聞き、お姉さんたちにモテたい一心のタケシを筆頭に、サトシ一行はこぞって参加する事に！はたしてこの奇妙なイベント、いったいどうなるのやら・・・。

サトシたちは、フェンネル谷に向かう途中、人間の声を真似る“おんぷポケモン”のペラップと、それを追う女性、アンリに出会った。アンリはペラップを訓練して、いっしょに漫才コンビを組もうとしており、夢は漫才グランプリで優勝し、お笑い芸人になることなのだという。しかし、漫才グランプリ出場への旅に出ようとすると、ペラップは勝手にどこかへ飛んでいってしまい、困っているという。一旦、アンリの家に立ち寄ることにするサトシたちだったが、そこに怪しいセールスマンが現れて・・・。

サトシたちは顔にキズを持つマニューラから突然の攻撃を受けた！ピウカチュウとエイパムが応戦するも、マニューラの圧倒的な強さの前に吹き飛ばされてしまい、エイパムはかなりのダメージを負ってしまう。森林警備隊のカワダに助けられた一行は、あのマニューラは群から離れた“はぐれマニューラ”で、ポケモンを連れた人間を見るとバトルを仕掛けてくる事を教わる。はぐれマニューラはなぜ人間を襲うのか？その裏には、過去のある事件が関係しているようなのだが・・・。

ついにフェンネル谷にたどりつき、バトルピラミッドに再バトルを挑むサトシ。しかし、ジンダイが忙しいためバトルは翌日へ持ち越しとなる。すぐ近くのポケモンセンターに向かったサトシたちは、ポケモンバトル好きなジョーイさんに歓迎される。しかもなんと、ジョーイさんがサトシの練習バトルの相手もするという！練習バトルといいながらも、ジョーイさんとパートナーのラッキーのたくみなコンビネーションにピンチとなるサトシ。果たして、これで明日のジンダイ戦に勝てるのか！？

バトルピラミッドでジンダイに破れたサトシは、自分の戦い方に行き詰まりを感じて悩んでいた。そこへ、陣中見舞にとやって来たのはオーキド博士。博士に預けているポケモン達や、仲間からの応援メーッセジに感動するサトシ。しかし、何よりも心を動かされたのは、ライバルのシゲルが新天地に渡り、ポケモン研究に奮闘しているという情報だった。改めて、ジンダイとの再戦に闘志を燃やすサトシ。ちょうどその時、ハルカの前にライバルのシュウが姿を現した。グランドフェスティバルを終え、目標を見失いかけた彼女は、シュウにバトルを申し込む。

ジンダイとの再戦に向け、フェンネル谷のポケモンセンターでトレーニングをするサトシたち。ところが、ポケモンセンターを一人で切り盛りするジョーイさんが突然、病気で倒れてしまい、さぁ大変!サトシたちは協力してポケモンセンターの仕事を助ける事にするが、 そのころ、近くの山道で事故が起き、多くのポケモンたちがケガをしてしまったというのだ!無事なのは一体のタツベイだけという状況の中、サトシたちはこの危機を乗り越えることができるのか?

バトルピラミッドへの再挑戦に備え、サトシはフシギダネ、ゼニガメ、リザードンといった懐かしい仲間たちを呼び寄せた。最初に旅を共にしたポケモンたちと山ごもりすることで、初心に戻り、ジンダイ打倒のヒントを得ようというのだ。慣れ親しんだ仲間と過ごし、何かをつかみかけるサトシ。しかし、山にはそんな彼らを狙う、あやしい影も潜んでいた…。サトシたちの運命は？そしてバトルピラミッド再戦のゆくえは…！？

バトルピラミッドの再戦は４体４のバトル！サトシは、大技と小技を巧みに使いこなすジンダイを前に苦戦するが、持ち前のガッツとポケモンたちとのコンビネーションで、一進一退の攻防をくり広げる。そしてついに、互いのポケモンはラスト１体に…。そこでジンダイが出したのは、なんと伝説のポケモン、レジアイスであった！最後の土壇場で現れたとんでもない強敵に、サトシはピカチュウで挑む！

バトルフロンティアとグランドフェスティバルという、それぞれの目標にひと区切りつけたサトシ、ハルカたちは、故郷に帰るため港町のトネリコタウンにやって来た。港から海を渡るハルカとマサトは、サトシたちとここでお別れだ。ちょうどお祭りでにぎわう街中で、 一行は催し物のポケモンコンテストがあることを知る。ハルカはもちろん、だれでも参加できると知ったサトシもエントリーを決める。そして、互いに勝ち進んだサトシとハルカは、ついに最後の対決の時を迎える!

最後のポケモンコンテスト、決勝で激突したサトシとハルカは、共にベストを尽くして戦い抜いた。驚きの決着に沸き上がる観衆、そして互いの健闘をたたえ合う二人。しかし、別れの時は刻々と迫っていた…。旅の思い出を胸に、それぞれの家路につこうとしていた一行は、意を決したハルカからある告白を聞かされる。そして、マサラタウンを目指すサトシの前には衝撃の出会いが待っていた…！