新選組!

幕末に生きた新撰組の若者の姿を局長・近藤勇の人生を軸に描く。1864年4月、幕府倒幕を狙う長州の志士を追う新撰組は、長州の志士の首領・桂小五郎（石黒賢）が密談の場に現われるとの情報を得る。近藤勇（香取慎吾）を先頭に副長・土方歳三（山本耕史）、一番組長・沖田総司（藤原達也）らは現場を急襲。

勇（香取慎吾）は故郷の多摩に剣術の師範として出稽古に向かう。道中で薬の行商をしている歳三（山本耕史）と再会した勇は、多摩の支援者たちから、横行している盗賊から財産を守ってほしいと頼まれる。勇は密かに剣術に興味を持つ歳三を連れて盗賊退治に出向く。

勇（香取慎吾）は坂本龍馬（江口洋介）と再会した。勇は龍馬と橋本左内（山内圭哉）を自宅に招く。龍馬と左内が交わす天下国家の話に勇は刺激されるが、その最中に養父母が夫婦ゲンカを始め、話に集中できない。しかも、養母のふで（野際陽子）が家出をしてしまう。

試衛館の台所事情が悪化し、近藤勇（香取慎吾）は未払いのけいこ代を取り立てに出かけた。その門人の家を訪れた勇は、取り立て屋・山口一（後の斎藤一・オダギリ ジョー）と出会う。だが、当の門人は、料理屋の主人に成りすました芹沢鴨（佐藤浩市）の手引きによって逃げ去る。

近藤勇（香取慎吾）は、武家の娘・つね（田畑智子）と祝言を挙げた。だが、勇は、ひそかにあこがれていたみつ（沢口靖子）に婚礼の諸事を手伝ってもらうことになり、心中は複雑。その祝言の最中、傷ついて血を流した山口一（オダギリ ジョー）が近藤家に逃げ込んで来る。

勇（香取慎吾）と歳三（山本耕史）は奉納試合に出かけた。その帰り道、2人は永倉新八（山口智充）と再会する。新八は、米国公使の通訳・ヒュースケン（川平慈英）を暗殺する計画に巻き込まれ、報酬目当てで異人切りを引き受けたのだという。勇は暗殺を阻止しようとヒュースケンに近づく。

勇（香取慎吾）の四代目襲名披露が行なわれた。祝いの言葉を伝えに訪ねた龍馬（江口洋介）は、勇に土佐勤王党の血判状を見せ、攘夷決行の行動を起こそうとしていることを告げる。だが、捨助（中村獅童）が血判状を奪ったことから、勇と龍馬があわや決闘寸前の騒ぎに。

近藤（香取慎吾）は周斎（田中邦衛）が用意した袖の下を手に、講武所の松平主税助（藤木孝）のもとへ。教授方への就任を約束された近藤は、佐々木只三郎（伊原剛志）の案内でけいこを見るが、生徒の覇気のなさに驚く。沖田（藤原竜也）と永倉（山口智充）は、伊東道場へ出向き、藤堂平助（中村勘太郎）を試衛館に譲ってほしいと談判を。

長女・たまが生まれ、近藤（香取慎吾）は父親になった。そんな中、平助（中村勘太郎）を連れて講武所に初出仕するが、なぜかすげなく追い返される。松平主税助（藤木孝）が近藤の出自を知って採用をやめたのだ。そうとは知らず戸惑う近藤は、そこで土佐藩も土佐勤王党も抜けていた龍馬（江口洋介）と遭遇。誘われるまま舶来品が並ぶ幕府軍艦奉行並・勝海舟（野田秀樹）の屋敷へ。

勇（香取慎吾）は浪士組結成の献策をした清河八郎（白井晃）と対面した。その際、清河に涙ながらに浪士組の参加を要請されて感動する。周斎（田中邦衛）は勇の決意を快諾。入隊受付の日、勇から江戸残留を言いわたされた沖田（藤原竜也）は、浪士組への同行を懇願する。

200名以上の浪士が上京を決めた。清河（白井晃）の真意を疑う佐々木（伊原剛志）は、牽制のため上総介の後任に鵜殿鳩翁（梅野泰靖）を据える。沖田（藤原竜也）の浪士組入りを許した近藤（香取慎吾）は、道場を周斎（田中邦衛）に見てもらいたいと依頼。身のほど知らずだと激怒するふで（野際陽子）に自分は武士になりにいくと答える。夫と義母は似た者同士だと見るつね（田畑智子）は、仲直りを願う。

浪士組が京へ旅立つ日、編成が発表された。当然近藤（香取慎吾）の下につくと思っていた沖田（藤原竜也）、山南（堺雅人）、永倉（山口智充）ら試衛館のメンバーは芹沢（佐藤浩市）が小頭を務める三番組へ。山南の念押しにもかかわらず、近藤の名前に肩書きはない。

浪士組一行は、予定外の進路・中山道の宿場町に宿を取りながら京へ進む。先番宿割の近藤（香取慎吾）は浪士たちを宿に割り振る仕事にきりきり舞い。見かねた土方（山本耕史）、山南（堺雅人）ら試衛館の仲間が加勢し、なんとかこなしていく。

近藤（香取慎吾）ら浪士組はついに京都の地を踏む。京では、久坂玄瑞（池内博之）ら徳川幕府の弱体化を狙う尊王攘夷派の浪士らが暗躍。将軍家を愚弄するいたずらや、天誅と称した辻斬りが横行するなど物騒な事件が起きていた。

清河（白井晃）が浪士組を結成したのは、攘夷実行の兵隊にするためだった。それを知った佐々木（伊原剛志）は、長州の過激な尊王攘夷派との結託を防ぐため、浪士組に清河ともども江戸へ戻るよう命じる。だが、京へ来たのは将軍の警護が目的といちずに思い定める近藤（香取慎吾）と、近藤とともに出世することに目標を定める土方（山本耕史）は居残ることを決意。

京都の近藤（香取慎吾）から江戸で待つつね（田畑智子）あてに手紙が届く。周斎（田中邦衛）、ふで（野際陽子）らは、試衛館の面々の活躍に目を見張る。が、現実は近藤が手紙に書いたような順風満帆ではなかった。　清河（白井晃）率いる浪士組は、幕府からの許可が下りず、江戸への出立を止められていた。

松平容保（筒井道隆）との面談がかなった近藤（香取慎吾）と芹沢（佐藤浩市）は、会津藩の預かりの身となり、晴れて京に残る大義名分を得た。終始芹沢に主導権を握られた展開だったが満足げな近藤を見て、土方（山本耕史）は「江戸に帰るのは将軍が帰るときではなく、大名になったときだ」と発破をかける。

近藤（香取慎吾）は海軍創設のために奔走している坂本（江口洋介）と再会。坂本から桂（石黒賢）が開国派の坂本の仕事に尽力していると聞く。が、その桂は長州藩の攘夷運動のリーダーでもあり、急進派の久坂（池内博之）らを使い、幕府を揶揄する“数え歌”が書かれた札を京の町に立てていた。

八木家の久（正司歌江）が心臓の病で危篤状態に。久は原田（山本太郎）を枕元に呼び、逆に立て掛けていたほうきを元に戻すよう指示。歓迎の意を示すと息を引き取った。土方（山本耕史）の提案で、久の葬儀を壬生浪士組が取りしきることに決まる。土方は、葬儀の場を利用して、長州びいきの村の名士たちに、浪士組や近藤（香取慎吾）の顔を売ろうと考えていた。

近藤（香取慎吾）たち浪士組は、大坂へ向かう将軍を警護する役目を負うことに。芹沢（佐藤浩市）は、これを機にそろいの羽織を新調しようと提案する。形は近藤の好みにより、赤穂浪士の討ち入りで用いられた装束を採用。

将軍が江戸へ戻ることとなり、浪士組が京都に駐屯する意味はなくなった。近藤（香取慎吾）は江戸へ帰るべきと提案するが、京都で一旗揚げたい土方（山本耕史）は反対する。そんな中、容保（筒井道隆）に呼び出された近藤は、京都守護職の務めを全うしたいという思いを告げられた。

将軍の江戸帰還後も、容保（筒井道隆）の命により京にとどまることになった浪士組。が、それが容保と近藤（香取慎吾）だけでの取り決めであることが筆頭局長の芹沢（佐藤浩市）にはおもしろくない。小野川部屋との騒動を収めたことで会津藩も近藤を評価しはじめ、いらだちが最高潮に達した芹沢は、自分の一派である又三郎（松谷賢示）を酒の席のささいなミスで斬り捨てる。

大和屋を打ち壊した芹沢（佐藤浩市）の悪行に、壬生浪士組を預かる会津藩の我慢は限界に達した。公用係の広沢（矢島健一）は、近藤（香取慎吾）らに芹沢の処罰を求める。芹沢つぶしの名目を得た、とほくそえむ土方（山本耕史）に対し、近藤は芹沢との話し合いで解決するべきだと主張。

会津藩が芹沢（佐藤浩市）の所業について最後通告を突きつけてきた。次に芹沢がもめ事を起こしたら、壬生浪士組を解散させるというのだ。土方（山本耕史）と山南（堺雅人）は芹沢の排除を決心。反対する近藤（香取慎吾）をさしおいて芹沢一派の切り崩しを始める。

近藤（香取慎吾）は、法度に背いた芹沢（佐藤浩市）の右腕・新見（相島一之）を切腹させたとの報告を土方（山本耕史）と山南（堺雅人）から受け、怒りをあらわにする。が、何よりも浪士組を思う土方の覚悟に、近藤の心も芹沢排除に傾いていく。結局、近藤同席のもと、芹沢暗殺の謀議が開始される。

つね（田畑智子）のもとに、近藤（香取慎吾）からの手紙が届く。そこには新選組の局長となった近藤らの活躍が書かれていた。京都守護職・容保（筒井道隆）の後ろ盾を得た新選組は、軍学者の武田観柳斎（八嶋智人）、密偵を志願してきた山崎烝（桂吉弥）、家柄のいい槍術師範の谷三十郎（まいど豊）など新たな隊士を加え、八木家の向かいの前川家も借用するほどの大所帯となる。

近藤（香取慎吾）は、大坂から帰った永倉（山口智充）に芹沢の死は新選組の仕業ではないかと問い詰められる。その場は否定する近藤だが、みずからが進んだ道が正しいのか自信がもてない。悩む近藤は、山南（堺雅人）のすすめで気晴らしに若い隊士と交流を。ところが、みんなが近藤を怖い存在だと思っていることを知りショックを受ける。

近藤（香取慎吾）は、京に火を放とうと画策する不逞浪士・宮部（四方堂亘）らの襲撃を決意。潜伏先を突き止め、先手を打つことにする。これが長州との戦の発端になり、京の人々に迷惑をかける結果を招きはしないかと悩む近藤だったが、源之丞（伊東四朗）はみかどを守ることが大事と励ます。

池田屋事件以来、長州の会津と薩摩に対する敵対心は増すばかり。急進派の久坂（池内博之）、真木和泉（大谷亮介）は天王山に布陣し、御所を襲おうと待機していた。容保（筒井道隆）に謁見した帰り、近藤（香取慎吾）は佐久間（石坂浩二）に自分たちの行ないに対する迷いを告白。

池田屋事件での働きにより、新選組は多額の恩賞金を得た。いずれは直参に取り立てるとの会津藩の話に近藤（香取慎吾）は感激する。土方（山本耕史）は恩賞金の分配について、池田屋での働きに応じて分けると宣言。屯所を守っていた山南（堺雅人）らには与えられないことに。

近藤（香取慎吾）は容保（筒井道隆）の依頼で、長州征伐と将軍の上洛を建白するために江戸へ行くこととなった。藤堂（中村勘太郎）、永倉（山口智充）らを供に試衛館へ帰った近藤を、周斎（田中邦衛）、ふで（野際陽子）、つね（田畑智子）らが迎える。一方、新選組の活躍を知る幕府ではあったが、将軍の上洛には莫大な金銭がかかるため、近藤の願いは聞き入れられなかった。

江戸から戻った近藤（香取慎吾）は、留守の間、土方（山本耕史）が隊士を切腹させたことに腹を立てる。しかし、土方は新選組の結束を固めるには法度で縛るしかないとの信念を崩さず、山南（堺雅人）らとの対立を深める。一方、新しく入隊した伊東甲子太郎（谷原章介）は参謀役に就任。だが、土方は伊東が気に入らず、芹沢を暗殺した部屋に住まわせる。

山南（堺雅人）が身請けした明里（鈴木砂羽）を連れて新選組を脱走した。沖田（藤原竜也）は近藤（香取慎吾）から命じられて馬で追う。出発前に沖田は近藤から、草津まで行って見つからなかった場合は、深追いするなと言われていた。しかし、大津で沖田を見つけた山南は、みずから声をかけ、新選組に戻ってくる。

近藤（香取慎吾）は深雪太夫（優香）の身請けを決意し、寺田屋の女将・お登勢（戸田恵子）の助けを借りて京都へ呼び寄せる手はずを整える。また、永倉（山口智充）も親友の婚約者だった芸者の小常（小西美帆）を、大坂から近くへ来させることにする。そんな折、江戸で隊士募集を終えた藤堂（中村勘太郎）が、近藤や沖田（藤原竜也）を驚かせてやろうと、つね（田畑智子）とみつ（沢口靖子）を連れて帰ってきた。

大所帯になった新選組は、手狭 になった壬生村の八木家から西本願寺へ屯所を移すことになった。近藤（香取慎吾）も別宅を構え、お幸（優香）を正式に招き寄せる。そんな折、市中の見回りに出かけた武田（八嶋智人）、斎藤（オダギリ ジョー）、松原（甲本雅裕）は、うどん屋の主人に変装していた桂（石黒賢）を発見。護衛の捨助（中村獅童）、仙波（宅間孝行）が盾となり桂は逃亡する。

沖田（藤原竜也）は、長州の浪士が密談中の料亭に踏み込み、長州の天狗と呼ばれていた捨助（中村獅童）に遭遇。だが、後から来た見廻組との手柄争いで捨助を取り逃がしてしまう。そんな中、見廻組の佐々木（伊原剛志）が近藤（香取慎吾）を訪ねてきた。これ以上、京の町で新選組と見廻組がかち合って敵を取り逃がすことのないよう、受け持ち区域を決めようというのだ。

隊士の松原（甲本雅裕）はみずから斬った長州浪士の妻・お初（清水美那）の家に足繁く通う。未亡人にしてしまった責任からめんどうをみていたのだ。が、これを知った土方（山本耕史）は新選組の法度に背くと糾弾する。納得いかない松原は腹を斬ってみせ、けがを負う。近藤（香取慎吾）は会津藩の広沢（矢島健一）から薩摩と長州が手を組もうとしているとの情報を教えられる。

薩長同盟が締結された直後より、幕府側に頻繁に命を狙われはじめる坂本（江口洋介）。捨助（中村獅童）の裏切りで、伏見奉行所の捕り方に急襲されるが、おりょう（麻生久美子）の機転で命からがら逃げ出す。一方、近藤（香取慎吾）は長州を説得するため広島へ出立。新選組を敵視する長州を刺激するだけ、と反対する土方（山本耕史）の心配をよそに近藤は御公儀のため命をかける覚悟をあらわにする。

近藤（香取慎吾）の養子となった周平（浅利陽介）の実兄、谷三十郎（まいど豊）と万太郎（若松力）が新選組を脱走した。万太郎は逃げのびるが、三十郎は斎藤（オダギリ ジョー）に斬られて絶命。周平へのほかの隊士からの風当たりは強くなる。また伊東（谷原章介）も秘密裏に岩倉（中村有志）と接触し、隊士らの新選組離れは深刻な状況となる。

伊東（谷原章介）は隊からの独立を画策していた。それを勇（香取慎吾）らに察知されたと知った伊東は「長州の動きを探るため、一時離脱する」と建て前を。勇はそれをあえてうのみにし、離脱を認める。伊東に師事していた平助（中村勘太郎）は、勇への恩から離脱に戸惑う。

新選組の働きが認められ隊士たちは幕府直参に取り立てられた。近藤（香取慎吾 ）と土方（山本耕史）は江戸以来の苦労が報われた心地がし、抱き合って喜ぶ。だが、新選組の内部では、古参の永倉（山口智充）や原田（山本太郎）を差し置いて、観柳斎（八嶋智人）の地位が上になったことに反発が強まる。

近藤（香取慎吾）たち新選組が、西本願寺から不動堂村へ屯所を移したのと同時期に、徳川慶喜は薩長を牽制する目的で朝廷に大政奉還を行なっていた。裏で糸を引いていたのが坂本（江口洋介）であることを知り、見廻組の佐々木（伊原剛志）は「坂本を斬らねば収まらぬ」といきまく。

岩倉（中村有志）の屋敷で尊王攘夷派の志士に混じって会合に参加した伊東（谷原章介）は、大久保（保村大和）から近藤（香取慎吾）の暗殺をもちかけられる。そうすれば元新選組の隊士という立場から脱却し、皆の信用を勝ち得ることができるという。伊東は悩み抜いたすえ、斎藤（オダギリ ジョー）に近藤の暗殺を命じる。が、斎藤は脱走し伊東の計画は新選組の知るところとなった。

薩長を中心とする倒幕派は王政復古の大号令によって徳川家から政治の権限を奪った。京都は完全に薩摩によって制圧され、松平容保（筒井道隆）の会津藩と、近藤（香取慎吾）の新選組は孤立。市中警護役も再編され、新選組は権限を失ってしまう。先の見えない状況に土方（山本耕史）は蓄えていた金を隊士全員に分け与え、身の回りの始末をつけるようにと命じる。

御陵衛士の残党から命を狙われた近藤（香取慎吾）は、右肩にけがを負い、沖田（藤原竜也）、お孝（優香）とともに療養のため大坂城に赴く。一方、京都では岩倉（中村有志）、西郷（宇梶剛士）を中心に徳川打倒の準備が着々と進められていた。新選組も残った土方（山本耕史）、源三郎（小林隆）を中心に鳥羽伏見に布陣。ついに戦闘が開始される。

鳥羽伏見の戦いで幕府軍は錦の御旗を掲げた官軍に敗北。生き残った新選組の隊士は近藤（香取慎吾）が待つ大坂へと向かう。土方（山本耕史）は、斎藤（オダギリ ジョー）と山崎（桂吉弥）を連れて屯所に寄り、残していた機密文書を焼却。左之助（山本太郎）は身重のまさ（はしのえみ）にひと時の別れを告げにいくが、永倉（山口智充）の恋人・おその（小西美帆）は薩摩兵士に襲われ、絶命しようとしていた。

朝廷の命令に恭順の意を示した慶喜（今井朋彦）は、謹慎のため江戸城を去った。主戦派は近藤（香取慎吾）ら新選組に期待をかけるが、陸軍総裁の勝（野田秀樹）は新選組の名前も甲陽鎮撫隊と改めさせ、甲府城で薩長軍を迎え撃つよう、甲府への出陣を命じる。江戸の町を戦火にさらしたくない勝は、体よく新選組を追い払いたかったのだ。

江戸への総攻撃に備える西郷吉之助（宇梶剛士）ら新政府軍に対し、勝海舟（野田秀樹）は江戸城を無血開城することで降伏。勝は甲州勝沼で敗走した近藤（香取慎吾）ら甲陽鎮撫隊に江戸からの退去を求め、近藤は土方（山本耕史）らとともに容保のいる会津をめざす決意をする。

流山で新政府軍に捕らえられた近藤（香取慎吾）は、本陣・板橋宿に移される。甲陽鎮撫隊について尋問を受けた近藤は、勝海舟（野田秀樹）の名前を出さず、自分の単独行動だと答える。それは幕府への恨みのすべてをひとりで引き受けようとする近藤の決意表明だった。