遊戯王5D’s

武藤遊戯のいた時代から数10年後の童実野町は、貧富の差などで分けられた階級社会、ネオ童実野シティへと変貌していた。サテライトエリアにいる不動遊星は、ジャック・アトラスのいるトップスエリアを眺めていた。

サテライトの工場で働いていたナーヴやタカやブリッツたちの前に、シティから来たという瓜生たちが現れて絡んでくる。一方、遊星はジャックからあるものを取り返すためにD・ホイールの整備を行っていた。

ジャックのいるネオ童実野シティの中心部を目指す遊星。ラリーは自分の大切なカード「ワンショット・ブースター」を手渡して応援する。そして目的地を目指して走る遊星の前に、またもセキュリティの牛尾が現れた。

パイプラインを突破した遊星の前に立っているジャック。2人は思いを胸に遊星のエースカード「スターダスト・ドラゴン」を懸け、観客のいないデュエル・スタジアムでライディング・デュエルを行う。

ジャックは自分のエースモンスター「レッド・デーモンズ・ドラゴン」を召喚し、さらに遊星のエースモンスター「スターダスト・ドラゴン」をも召喚した。遊星は反撃の糸口を探るべくロードランナーを召喚する。

捕らえられた遊星は、収容所へと送られる護送車の中で矢薙という老人に出会う。一方ジャックは、ゴドウィンたちが昨晩の戦いを見ており、そしてその戦いの結末がジャックにとって信じられないことだと知る。

矢薙のカードをけなして踏みつけた氷室に対し、遊星は矢薙の秘宝デッキでデュエルを挑む。遊星と氷室のデュエルで氷室は攻撃力2千の地獄蜘蛛を召喚。遊星は水晶ドクロを召喚し、さらに速攻魔法を発動させる。

治安維持局が遊星の体を調べる目的は、竜のあざの確認だった。一方、ジャックは赤き竜の伝説について知り、あえてゴドウィンに従いキングとしてライディング・デュエルを行う。挑戦者は打倒キングに燃える男だった。

ゴドウィンから遊星を調べるよう言われた収容所所長・鷹栖は、遊星の仲間となった氷室や矢薙をあえて痛めつけ、遊星を別の部屋に移す。その部屋には青山という人物がいて、収容所からの脱出を企てていた。

収容所の仲間たちが1枚ずつ渡してくれたカードで鷹栖と戦う遊星。卑怯な手を使う鷹栖はダメージを受けると電流が流れるデュエルを行うが、自分には電流が流れないようにしており、遊星だけが電流を浴びるのだった。

解放された遊星は氷室の紹介で雑賀という人物を訪ねる。目的はセキュリティによって奪われたデッキとD・ホイールの奪還だった。だが雑賀は、セキュリティが管理する保管ビルに侵入するのは無謀だと告げる。

D・ホイールとデッキを奪還した遊星だったが、牛尾がまたしても行く手を阻みライディング・デュエルを仕掛けてくる。追い込まれた遊星は雑賀の導きで難を逃れたが、牛尾の追跡はさらに激しくなる。

D・ホイールとデッキの奪還に成功したものの、遊星は激しいバトルの果てに気を失う。遊星を助けたのはトップスエリアに住んでいる双子の龍亞と龍可。目覚めた遊星に対して龍亞は質問責めをし、龍可は慎重だった。

龍亞と龍可に迷惑がかかると考えた遊星は雑賀のもとに向かい、そこで氷室と矢薙たちと再会。喜んでいると突然ジャックが現れ、スターダスト・ドラゴンのカードを受け取り「フォーチュンカップで俺と戦え」と言う。

ついに開催される「デュエル・オブ・フォーチュンカップ」。デュエルキングである「ジャック・アトラス」への挑戦権を懸けての第1試合は龍可対ボマー。だが龍可は出場せず、龍亞が変わりに出場することになる。

「デュエル・オブ・フォーチュンカップ」の次の対戦は謎の少女・十六夜アキ対ジル。心正しき鉄血の騎士であるジルは、アキがダイモンエリアで恐れられている「仮面の少女」と知るや、容赦なく攻撃を繰り出す。

「デュエル・オブ・フォーチュンカップ」に登場した遊星の対戦相手は謎の男だったが、現れたのは打倒キングに燃える炎城ムクロだった。ムクロはスピードアクセルデッキで挑み、「デス・アクセル」を発動させる。

主催者のレクス・ゴドウィンは、ある人物がシグナーかどうかを確かめるため、敗者復活戦を行う。指名された龍可は強制的にデュエルをすることになり、その対戦者はデュエルカウンセラーのフランク教授だった。

フランク教授は、龍可をデュエルモンスターズの精霊世界に行かせることで、シグナーとして覚醒させようとする。フランクの深層心理を突いたデュエルは、龍可を精霊世界に誘い精霊の声を聞かせる。

準決勝の第1試合は、遊星対ボマーに決まった。遊星とボマーは、それぞれの信念を持って激しいデュエルを繰り広げる。そしてボマーは、「ジャイアント・ボマー・エアレイド」を使って遊星に挑む。

それぞれの故郷を懸けたライディング・デュエル。ジャイアントボマー・エアレイドを召喚したボマーは、モンスター効果で遊星を追い込んだ。遊星はボマーの戦略を読んで伏せカードをセットし、反撃の機会を窺う。

準決勝の2回戦は十六夜アキ対プロファイラー来宮。来宮は、アキの十六年間の記録をもとにいたぶる作戦に出る。アキは、幼い頃からの出来事を読み上げる来宮に対して冷静に対処しようとするが…。

デュエルキングのジャック・アトラスとの対戦者を決める最終戦は、遊星対十六夜アキ。遊星は、アキのデュエルは拒絶と怒りだけではない別の感情があると感じており、その真意を確かめるべく決戦に向かう。

十六夜のもうひとつの感情が「破壊を楽しむ」ことだと知る遊星。破壊行為を防ごうとジャンク・ウォリアーを召喚しするが、十六夜はそのジャンク・ウォリアーをコピーし、ブラック・ローズ・ドラゴンを召喚した。

十六夜アキとの戦いに勝利した遊星。だが、デュエルスタジアムの被害は甚大で、大会が続行できる状態ではなかった。遊星は大会中止を進言するためゴドウィンを訪ねるが、そこでジャックが遊星を待っていた。

レッド・デーモンズ・ドラゴンを召喚したジャックは、遊星のジャンク・ウォリアーを破壊する。追い込まれた遊星はハイバー・シンクロンを使ってシンクロ召喚を行い、スターダスト・ドラゴンを召喚した。

ジャックを破ってニューキングとなった遊星は、殺到する取材陣から逃れるため矢薙たちと地下通路からスタジアムを脱出。ニューキングの取材に失敗した新聞記者のカーリーは、ゴドウィンへの取材を試みるが…。

遊星は謎の蜘蛛のあざがある男とデュエルする。蜘蛛のあざを持つ男はダーク・チューナーを召喚し、ダークシンクロを行う。そして、氷結のフィッツジェラルドを召喚して襲いかかり、遊星は追い込まれてしまう。

遊星はゴドウィンのもとに向かう。一方カーリーは、「ロード・オブ・ザ・キング」の完成披露試写会の会場で、ジャックがサテライト出身であると聞き、その事実を確かめるべくジャックのいる病院へ向かう。

クロウはセキュリティ保管庫からカードを盗み、追跡してくるセキュリティと強制的にライディング・デュエルを行う。セキュリティが防御を固めるのに対し、クロウはブラックフェザーシリーズのモンスターを召喚する。

再会した遊星とクロウ。喜ぶ2人はラリーたちに会いにいく。一方、ジャックはひとり街に飛び出してしまう。遊星とクロウはラリーたちのもとに着いたが、そこにセキュリティがクロウを追って再びやってくる。

クロウのアジトであるダイダロスブリッジで遊星、クロウ、ラリーたちが合流。クロウは子供たちにダイダロスブリッジの伝説の男の話を聞かせる。一方、街ではナスカの地上絵が消滅するという不可解な事件が起こる。

遊星が対峙しているダークシグナーは、かつての仲間、鬼柳京介だった。サテライトに炎の地上絵が突如現れ、その地上絵がライディング・デュエルの舞台となり、遊星と鬼柳はデュエルを開始する。

遊星対鬼柳は、シグナーとダークシグナーの命を懸けた戦いだ。かつて遊星、ジャック、クロウ、鬼柳はサテライト統一を目指したチームの仲間だったが、鬼柳はダークシグナーとなって遊星の前に現れたのだ。

遊星は鬼柳の「ワンハンドレッド・アイ・ドラゴン」のコンボを攻略すべく、スターダスト・ドラゴンを召喚し、必殺コンボを炸裂させた。しかし鬼柳は余裕の笑みをたたえ、あるカードをかざすのだった。

鬼柳との戦いで負傷した遊星は、マーサのいるホームへと運ばれる。一方、龍亞は「シグナーたちと協力しあってダークシグナーと戦うべきだ」と主張し、アキのいるアルカディアムーブメントのもとへと向かう。

ジャックがゴドウィンの所に戻ったため、カーリーは必死でジャックに関わる情報収集に励む。そして、十六夜アキがいるアルカディアムーブメントについて調べていた時、美人モデルのミスティに関する資料を発見する。

アルカディアムーブメントを訪れたカーリーはさまざまな秘密を知ってしまい、ディヴァインとデュエルを行う。彼のサイコ・パワーによりカーリーはビルから転落するが、その時、激震が走り事態は急変する。

アキを訪ねたのはダークシグナーとなったミスティだった。ミスティはアキと命を懸けたデュエルを展開する。ブラック・ローズ・ドラゴンを召喚するアキに対し、ミスティは地縛神コカライアを召喚する。

病院に担ぎ込まれた十六夜アキを心配して両親が駆けつけるが、アキの意識は戻らない。ジャックの進言でアキの父親は遊星を連れてくる。遊星がアキのもとに行くと竜のあざが光り、アキは意識を取り戻すのだが…。

アキはブラック・ローズ・ドラゴンを召喚して装備魔法「憎悪の棘」を発動させ、遊星のライフとスターダスト・ドラゴンの攻撃力を削る。遊星は「帰る場所はある」とアキに訴え続けるが、アキの力は増大していく。

ゴドウィンの屋敷に集まる遊星、ジャック、アキ、龍可、龍亞。ゴドウィンはシグナーである彼らに「シグナーとしての宿命が1人1人の運命を結びつけ、導いている」と語りかけ、「赤き龍の導き」の話もする。

ゴドウィンとの会談後、以前は仲間だった鬼柳がダークシグナーになったことを思い悩む遊星。一方、サテライトではクロウがダークシグナーを倒すため最深部への進入を試み、そこでクロウはイェーガーと遭遇する。

シンクロ召喚封じを行うイェーガーは、ジェスター・コンフィのモンスター効果で相手モンスターの召喚を無効にした。追い込まれたクロウは速攻魔法リロードを行うことでカードを2枚ドローし、不敵な笑みを浮かべる。

牛尾が操縦するヘリでサテライトに向かった遊星、ジャック、アキ、龍亞、龍可、深影は、マーサのもとにたどり着いて再会を喜ぶ。しかしシグナーたちは、クロウとラリーたち4人が行方不明だと知って緊迫する。

遊星はダークシグナーのボスであるルドガーと対決する。両者が戦う地上絵の中にマーサハウスの子供が入ってきてしまい、遊星は子供たちを救い出そうとするが、ルドガーはついに地縛神を召喚してしまう。

マーサとラリーが犠牲になり悲しむ遊星たちだったが、ダークシグナーを倒せば彼らは蘇るのではという希望を抱く。一方ダークシグナーは、旧モーメントを制御している4つの制御装置にそれぞれが待ち受けていた。

龍可が迷い込んだ精霊の世界は、全てのものが反対に動く世界だった。エンシェント・フェアリー・ドラゴンが教えてくれたしもべのレグルスを探すため、龍可が街を彷徨っていると精霊を捕獲している兵士に出会う。

龍可はやっとレグルスに会えたが、レグルスの足には「カースド・ニードル」が付いており、龍可の言葉の意味を反対に受け取って襲ってきた。一方、ディマクと戦う龍亞はパワー・ツール・ドラゴンを召喚するが…。

精霊世界で龍可とレグルスは、猿魔王ゼーマンのもとからエンシェント・フェアリー・ドラゴンを解放しようとする。その頃、現実世界で龍亞は、ディマクが召喚した猿魔王ゼーマンの攻撃をしのいでディマクを倒すが…。

ダークシグナーであるディマクを倒した龍可はエンシェント・フェアリー・ドラゴンの解放に成功。一方、生死不明だったクロウはBAD付近で生きていたが、クロウが世話をしていた村の子供たちはみんな姿を消していた。

クロウとダークシグナー・ボマーの戦いを止める遊星に対し、クロウは復讐の戦いを続けさせてくれと懇願。幼い頃、孤独な自分に文字の読み書きや戦略を教えてくれたのはデュエルモンスターズのカードだからだと言う。

ダークシグナー・ボマーはダークシンクロモンスター「ダーク・フラット・トップ」を召喚させ、ジャイアント・ボマー・エアレイドを復活させる。追い込まれるクロウだったが、モンスターの全破壊を果たした。

遊星と鬼柳の決着をつける戦いが始まった。鬼柳は前回と同じく、ハンドレスコンボを狙ってインフェルニティと名の付くモンスターで攻撃してくる。一方、遊星は鬼柳を救うために戦おうと決意した。

遊星は、チームサティスファクション時代の誤解を解いて鬼柳を救おうと必死に戦うが、鬼柳はそんな彼をあざ笑うかのように地縛神コカパク・アプを召喚。遊星はスターダストドラゴンで対抗する。

鬼柳を倒した遊星は、ダークシグナーのボスであるルドガーがいる旧モーメントへ向かう。ルドガーは遊星の父親である不動博士との決着をつけると言い、旧モーメントエネルギーが吹き出る場所で戦いを挑んできた。

ルドガーは地縛神ウルを召喚し、遊星を追い込む。ライフを削られ追い詰められていく遊星に、ルドガーは冥土の土産にと、遊星の父・不動博士とルドガーの間で起こった旧モーメントをめぐる悲劇を語り始めた。

カーリーの真意を確かめたいジャックに対し、カーリーは運命に従い命を懸けて闘えと迫り、ついに2人のデュエルが始まる。しかしジャックは、モンスターも召喚せずカードを伏せることなくターンを終了する。

ダークシグナーの呪縛から解放したいと願うジャックは、トラップカードの効果の選択をカーリーに託した。その思いが通じ、カーリーが正気を取り戻したかに見えたが、地縛神の邪悪な力によって戦いは続くのだった。

アキ対ミスティのデュエルが始まろうとしている。「蜥蜴の塔」に向かうアキを待ち受けていたミスティは、過去の悲劇をアキに語り始めた。一方、アキを追っていた遊星は、セキュリティを名乗る男と遭遇する。

ディヴァインは十六夜アキをマインドコントロールし、ミスティとデュエルを行わせる。遊星はこれを阻止すべくディヴァインと対峙する。そしてその戦いのなか、遊星はある真実に気づくのだった。

遊星たちはレクス・ゴドウィンのもとに向かう。「シグナーとダークシグナー」のふたつの力を得たレクスは、「冥界の王」を迎える儀式としてシグナーを生贄にするライディング・デュエルを行うと宣言した。

遊星、ジャック、クロウ対レクス。遊星たちは3人の力を合わせて攻め、レクスは太陽龍インティと月影龍クイラを巧みに使って攻撃をかわした。やがてレクスは、地縛神ウィラコチャ・ラスカを召喚する。

レクスが召喚した地縛神ウィラコチャ・ラスカの攻撃で、ジャックまでもが戦線を離脱することに。遊星は2人の思いを引き継いでレクスに真っ向勝負を挑むが、地縛神の効果によってライフを「1」にされてしまう。

ゴドウィンとの戦いから半年。シティとサテライトがひとつになって復興作業が進んでいた。遊星たちは1年後に行われる「ワールド・ライディング・デュエル・グランプリ」を目指し、マシンの開発をしていた。

謎のDホイーラー「ゴースト」の正体を突き止めるため、ライディング・デュエルを行う遊星。5体の合体モンスター「機皇帝ワイゼル」を召喚して攻撃してくるゴーストに対し、スターダスト・ドラゴンで対抗するが…。

龍亞と龍可は、デュエルアカデミアの小等部に通っている。そんな彼らのクラスに今、危機が迫っていた。教頭が「成績の低い龍亞たちのクラスを閉鎖し、クラスメイトたちを退学させる」と宣言したのだ。

久しぶりに旧サテライトエリアに向かう遊星とジャック、クロウ。マーサとの再会を喜んでいた3人は、ある頑固な老人・鉄蔵の話を聞く。鉄蔵は遊星たちを家に近づけないようさまざまなトラップを仕掛けるのだった。

1年後に開催される「ワールド・ライディング・デュエル・グランプリ」を目指して地道に働く遊星とクロウ。ジャックは働かずに余裕な態度を取っていたため、クロウは真面目に働く少年・マルコを見習えと責める。

龍亞、龍可、天兵は探検遊びをしにある森に来ていた。そこは「神隠し」が起こると噂されている森で、龍可は謎の声を聞き行方不明になってしまう。天兵から事情を聞いた遊星も森に向かい龍可を捜し始める。

遊星はワールド・ライディング・デュエルGPを目指すライバルチームに拉致される。遊星を懸命に捜すアキたちは、遊星がとらわれているトレーラーを発見し救出しようとするが、トレーラーが暴走してしまう。

遊星を助けた謎のDホイーラーはシェリーという女性で、彼女の目的も遊星を仲間に入れることだった。そして遊星とシェリーはライディングデュエルを行い、一進一退の白熱した戦いを繰り広げるのだった。

遊星は以前戦ったゴーストのことを思い出し、ジャックにデュエルを申し込んだ。遊星はシンクロ召喚を使わずに戦う方法を模索するが、ジャックに敗れてしまう。そして、思い悩む遊星を覆面の男が見つめていた。

謎の覆面Dホイーラーは、シンクロ封じを使う敵に対して己の限界を超えろと言い、遊星にデュエルを挑んでくる。スピードを上げ、高速でのライディングデュエルを行う覆面Dホイーラーは、究極のシンクロを行う。

遊星とシェリーのライディングデュエルを体験したアキは「ライディングデュエル」に魅了され、ライセンスの取得を決意。必死に練習を重ね、徐々にコツを掴んだアキはライセンス取得テストに向かう。

Dホイール窃盗団が出没するなか、ジャックが窃盗団と思って捕まえた人間はセキュリティの潜入捜査官だった。自分のミスで潜入捜査官を負傷させてしまったジャックは、窃盗団のもとへ1人で向かうが…。

ネオ童実野シティに新たな石版が届いたのをきっかけに、ルチアーノはデュエルアカデミアに転校してきた。そんなルチアーノの狙いは、龍可のエンシェント・フェアリー・ドラゴンを奪うことだった。

龍亞と龍可が戦っていた相手は何とルチアーノだった。さらに、ルチアーノは機皇帝スキエルを召喚。機皇帝は、龍可が召喚したエンシェント・フェアリー・ドラゴンを吸収し、龍亞と龍可は追い詰められる。

ジャックとクロウは、遊星が開発しているニューエンジンのことを案じていた。もし開発できなければWRPGで苦戦を余儀なくされることを意味していた。そして2人は、遊星のことを本当に理解しているのかと考え始める。

牛尾と深影から食事に招待される遊星とジャック、クロウ。牛尾たちのらしからぬ行動の真意を問い詰めると、頼みがあると切り出す。それは、記憶を失った青年の面倒をしばらく見てほしいというものだったが…。

苦心して作り上げたプログラムをイェーガーに盗まれてしまった遊星たちは、奪還を誓う。一方、イェーガーはプラシドと連絡を取っており、プラシドはイェーガーにプログラムを届けるよう命じた。

イェーガーを追って廃工場に潜入した遊星。そこでプラシドの仕掛けたわなにより、遊星の戦績をインプットされたガードロボとデュエルをすることになる。遊星は必死に攻撃を仕掛けるが、次々とかわされてしまう。

イェーガーの協力とスターダスト・ドラゴンの力でガードロボを倒し、何とか廃工場から脱出できた遊星たち。しかしある朝、セキュリティの来訪を受けたジャックは、理由がわからないまま本部に連行されてしまう。

自らの汚名を返上するため、ジャックは治安維持局から脱走した。そしてようやく偽者のジャックとの対峙を果たし、激しいデュエルを繰り広げる。しかし一瞬の隙を突かれ、偽ジャックに敗れてしまった。

ゾラがカラクリ時計を見上げてため息をつく。町内の会合で、止まったままのカラクリ時計を新しいものに変えることが決まってしまったのだと言う。そんな時、遊星たちのガレージにゾラの息子・レオが現れる。

遊星のDホイールが荒野の中を疾走し、デュエルディスクが縛りつけられている墓標のような杭を発見。その時、赤いスカーフをした男たちに追われている作業員らを目撃した遊星は、彼らの前に飛び出した。

クラッシュタウンは暴力と無法、そしてデュエルに支配されていた。この町はマルコムとラモンの二大勢力が牛耳っており、そのラモンに雇われ、生気のない瞳で黙々とデュエルをしていたのは鬼柳だった。

ラモンやマルコムを始め、大勢の人々が見守るなか、遊星と鬼柳のデュエルが続く。鬼柳は遊星に負けることでデュエルから解放されることを望んでいたが、デュエルを裏切れない鬼柳はエースモンスターを召喚した。

バーバラにショックガンで撃たれて身動きの取れない遊星。実は、バーバラの正体はマルコムの仲間だった。鉱山に送られてしまった遊星たちは鬼柳と共に何とか脱出するが、ある墓地に遭遇して衝撃を受ける。

鉱山へ向かおうとした遊星の前にロットンが立ちふさがった。鬼柳に連れられたウェストとニコは、偶然父親・セルジオと再会し、共に鉱山からの脱出を図る。執拗に追ってくる監視員により絶体絶命のピンチに陥るが…。

セルジオの犠牲によりピンチを脱した鬼柳たち。父親の死を目の当たりにしたニコ、ウェストを励ましながら鬼柳は追手を振り切り、遊星と合流した。だが、ロットンによって遊星と鬼柳は崖下へ突き落とされてしまう。

バーバラやファミリーが見守るなか、遊星・鬼柳VSロットンのデュエルは続く。鬼柳は、自分を信じる者へ応えるため新たなデュエルをし続けることを強く決意するが、ロットンの鬼柳への攻撃の手は緩むことはなかった。

クロウとジャックの協力により、卑怯なロットンとバーバラを打ち砕いた遊星たち。鬼柳はクラッシュタウンを復興すべく街に残る決心をし、再び遊星たちと別れる。一方、治安維持局に「爆弾を仕掛けた」と連絡が入る。

ブルーノが治安維持局のスーパーコンピューターでシェリーのカードを解析したが、何も発見できなかった。一方、クロウが旧友であるピアスンの墓を訪れると、治安維持局の牛尾と深影が犯人の手掛かりを持って現れた。

ピアスンの生き方に敬愛の念を抱いていたクロウは、その死の謎を解くためボルガーにデュエルを挑む。ボルガーを破るため次々とカードを繰り出すクロウだが、旧知の2人はお互いの手の内を知り尽くしていた。

ボルガーとの死闘を乗り越え、その胸にしっかりとピアスンの想いを抱いたクロウ。一方、ボルガーの命を受けたボルガー＆カンパニーのスタッフの協力により、遊星たちは着々とWRPGに向けての準備を整えていく。

プラクティスタイムにおける偶然を装って仕組まれた遊星とアンドレのデュエルには、恐るべき陰謀が隠されていた。これに気づくことなく遊星は正面からデュエルに挑むが、次第にアンドレに追い込まれてしまう。

WRGPに向けてさらなる調整に入ったチーム5D’sだったが、クロウがトレーニング中の事故により大会に出場できなくなってしまう。代わりに出場することになったアキは、クロウの熱い想いを背負ってWRGPに臨む。

アンドレに敗れてしまったジャック。周回遅れの数が増せば、チーム5D’sは棄権と見なされてしまう。だが、ジャックはデュエルの衝撃で故障したホイール・オブ・フォーチュンを押し、何とかピットに戻る。

アキはアンドレと死闘を繰り広げたが、チーム・ユニコーンの巧妙な作戦に敗北。しかしアキは秘策を実行し、遊星に「スターダスト・ドラゴン」のカードを残していく。そして遊星は、ついにバトルのフィールドに立つ。

アンドレに勝利した遊星。次の相手は、人並み外れた記憶力で遊星の攻撃パターンを熟知しているブレオだ。かつてブレオは自らの力に溺れていたが、アンドレやジャンとの出会いにより己の力を知ったのだった。

チーム力を信じたブレオの攻撃に翻弄された遊星だったが、必死で難局を打ち破り、ついに遊星とジャンのデュエルが始まる。チームの頭脳とも目されるジャンは、激しい攻勢で相手のデッキ切れを狙う。

壮絶なデュエルの末、チーム・ユニコーンを破り予選1回戦を突破したチーム5D’s。今回のデュエルで多くを学んだ遊星は、ジャンたちと今後の活躍を誓いあった後、ガレージで祝勝会を開きこれまでの苦闘を振り返る。

遊星たちの次の対戦相手は、チーム・ユニコーンをクラッシュさせて勝利したチーム・カタストロフに決定。遊星たちは戦いに向けてチーム・ユニコーンの不可思議なクラッシュの原因を必死に探るのだった。

チームユニコーンのメンバーが連続でクラッシュしたのはタイヤのロックが原因だった。だが、なぜそうなったのかは不明のまま、予選第2戦チームカタストロフとのデュエルが始まる。初戦はクロウ対ヘルマンだ。

第2戦はジャック対ニコラス。ニコラスは闇の力を使った攻撃をしてくるが、ジャックが勝利し、チーム5D’sの決勝進出が決定した。一方、WRGP会場は、大量のゴースト軍団が突然現れたため大混乱に陥っていた。

ミゾグチに続いてシェリーもゴースト軍団に敗れ、とうとう遊星はゴースト軍団に追いつかれてしまう。そんな絶体絶命の遊星の前に現れたのは、あの覆面レーサーだった。遊星はレーサーに導かれるように加速していく。

シティを混乱に陥れ遊星を倒そうとするプラシドは、「イリアステル＝神の意志によるものだ」とその行為を言い、Dホイールの最終進化形態で戦う。対する遊星は、シンクロ召喚によるジャンクデストロイヤーで挑む。

遊星とプラシドの戦いが続く。遊星は奪われたスターダストを取り戻さない限り、機皇帝を倒すことはできない。ギリギリのところで命懸けで戦う遊星の痛みは、ジャックや龍可やクロウにも伝わっていた。

アクセル・シンクロに成功し、ついに「シューティング・スター・ドラゴン」を召喚した遊星。鉄壁の防御を誇る機皇帝に対し、「シューティング・スター・ドラゴン」の驚異のモンスター効果を駆使して反撃に出る。

かつてダークシグナーとして遊星らに敵対したボマーはナスカの地で平穏に暮らしていたが、ある夜、ジャックが「レッド・デーモンズ・ドラゴン」に殺される夢を見た。彼は不吉な予感を覚え、ジャックを呼び寄せる。

ジャックはボマーの弟・マックスとデュエルするが、従来の戦法が通じず悩み始める。そんな時、ある老人から「紅蓮の悪魔に願いを言え」と助言され、彼は紅蓮の悪魔が祭られている神殿に向かった。

紅連の悪魔のしもべとのデュエルで新たな力を得ようとするジャックだが、攻撃がことごとくかわされ、ライフを削られるばかりだった。そして彼は戦いのなか、勝利を求めて新たな戦術に出るのだが…。

遊星たちは道すがらイェーガーと出くわした。イリアステルについて問いただすとすぐに逃走。イェーガーを追って何とか取り押さえ、イリアステルの秘密を懸けてクロウ対イェーガーのデュエルが始まった。

イリアステルとの戦いを決意したイェーガーだが、遊星たちがイリアステルについて聞き出そうとすると話をはぐらかす。そんなイェーガーから遊星たちはどうにか情報を引き出すが、知り得ていた以上の収穫はなかった。

イリアステルとコンタクトを取っていた企業「モーメント・エクスプレス」に侵入する遊星、ブルーノ、シェリー。そこで情報を探すも見つからかったため、遊星はガードされているエリアに入るため行動を起こす。

イリアステルの謎を探るため「モーメント・エクスプレス」に進入した遊星だが、クラークの陰謀により異次元転送装置「インフィニティ」の中に閉じ込められてしまった。遊星たちは懸命に脱出を試みるが難航する。

龍亞がたまたま出会ったチーム太陽は、田舎からWRGPに挑戦しにきていた。彼らは予選を突破し、決勝トーナメントに出場することが決まったが、ゴーストの襲撃で1台しかないDホイールが故障して困っていた。

決勝トーナメントの初戦の相手はチーム太陽だ。龍亞と太陽は正々堂々と戦うことを誓い合う。遊星に修理してもらったおかげで、吉蔵はジャックのホイール・オブ・フォーチュンと互角以上のスタートダッシュを決める。

チーム5D’s対チーム太陽のデュエルは続く。ファーストホイーラーであるジャックは太陽チームの吉蔵をあっさり倒し、セカンドホイーラーである甚兵衛と戦い始めるが、甚兵衛は吉蔵と同じ作戦に出るのだった。

チーム太陽の戦略は、20ターン目でレベル1のモンスターをリリースすることで召喚できる最強のモンスター「眠れる巨人ズシン」の召喚だった。チーム5D’sのメンバーはその作戦に気づくも、召喚を防げなかった。

神に匹敵する力を持つ「眠れる巨人ズシン」を召喚したチーム太陽にクロウが敗れ、ついに遊星対太郎の対決に突入。遊星は「スターダスト・ドラゴン」を召喚して対抗するも、徐々にライフを削られ追い込まれていく。

チーム5D’sの次の対戦相手は、三極神を継承する者の証である「ルーンの瞳」を持っているチーム・ラグナログ。彼らもまた、今から起こるであろう世界の危機にチーム・ニューワールドが関わっていることを知っていた。

チーム5D’s対チーム・ラグナログのファースト・ホイーラーは、ジャックとドラガン。過去に因縁のある2人の対決は、以前戦った時と全く同じ手札でデュエルをすることとなり、ドラガンはトラップカードを発動する。

ジャックのエースモンスター「レッド・デーモンズ・ドラゴン」を、ドラガンが召喚した「極神皇トール」が破壊した。神の前に防戦するもライフを900まで削られたジャックだが、必死でダブルシンクロを成功させる。

ジャックはドラガンを倒したが、チーム・ラグナロクのセカンド・Dホイーラー、ブレイブに敗れてしまった。そしてクロウ対ブレイブのデュエルが始まる。カードプレイングにおけるトリックスターの2人が激突する。

ブレイブはついに「極神皇ロキ」を召喚し、2体の神でクロウに襲いかかった。何とかトラップで防ごうとするクロウだったが、強力な神のカードの前に、ライフはわずか50にまで削られてしまうのだった。

遊星が守りを固める作戦に出る一方、ハラルドはその戦略の上を行き、一気に3体目の神「オーディン」を召喚する。オーディンの効果を使い3体の神で攻撃してくるハラルドによって、遊星は窮地に追い込まれるが…。

遊星は反撃の一手を狙うもハラルドにその手を読まれ、逆に反撃されてしまう。どうにか神の攻撃を防いだ遊星はアクセルシンクロを成功させ、「シューティング・スター・ドラゴン」を召喚させるのだった。

チーム5D’ｓはチーム・ラグナロクに勝利した。ワールド・ライディング・デュエル・グランプリの決勝戦は、チーム5D’ｓとイリアステルの三皇帝・ホセ、プラシド、ルチアーノたちのチーム・ニューワールドが戦う。

チーム5D’sとチーム・ニューワールドによる決勝戦。この戦いに勝利しなければネオ童実野シティが消滅するとの事実を知った遊星たちは、覚悟を決めて臨む。そしてジャック対ルチアーノのデュエルが始まった。

ルチアーノを倒したジャックはセカンド・ホイーラー、プラシドと戦う。プラシドは「機皇帝ワイゼル」を召喚して攻めてくるが、ジャックは「スカーレッド・ノヴァ・ドラゴン」で対抗し、逆に大きなダメージを与えた。

ジャックを倒したホセの操る「機皇帝グランエル」は、ジャックの「スカーレッド・ノヴァ・ドラゴン」を吸収し、攻撃力15500となった。この決死の戦いへの覚悟を決めたクロウは、「極光のアウロラ」を召喚するが…。

クロウが自分を犠牲にしてフィールドに召喚した「ブラック・フェザー・ドラゴン」を引き継いだ遊星は、ホセと対峙。そしてクロウの想いをつなげ、「シューティング・スター・ドラゴン」を召喚した。

ルチアーノ、プラシド、ホセの3人が合体し、「アポリア」へと変貌。アポリアは機皇帝の「コア」を墓地に送り、最強の「機皇神マシニクル」を召喚した。遊星は「シューティング・スター・ドラゴン」で対抗するが…。

遊星対アポリアの戦いが続く。アポリアは「機皇神マシニクル」で遊星を追い込み、対する遊星はジャックの「スカーレッド・ノヴァ・ドラゴン」、クロウの「ブラックフェザー・ドラゴン」を駆使して反撃に出るが…。

遊星はアポリアとの激闘を制し、チーム5D’sはWRGPの第1回チャンピオンとなる。アポリアに勝利したことでネオ童実野シティの平和を守ることができたと思う遊星たちだが、突然空が割れてアーククレイドルが出現する。

シェリーは、遊星がネオ童実野シティ上空に現れたアーククレイドルに来ると死ぬという未来を見たことを告げる。だが、遊星は街を守るためアーククレイドルに行こうと決意し、やがて1人で向かおうとするのだが…。

アーククレイドルに到着した遊星たちは3組に分かれて中心部を目指す。クロウとアキの前に立ちはだかるシェリーはフィールド魔法「エコール・ド・ゾーン」を発動。2人となったシェリーがクロウ、アキそれぞれと戦う。

シェリーのわなによって味方同士で戦わされていたクロウとアキ。何とか窮地を脱するが、シェリーは新たに「Z-ONE」のカードの力を使い、「魂縛門」を発動させて2人にダメージ効果を与えるのだった。

ジャック、龍亞、龍可が来た遊星ギアで待ち構えていたのはアポリアだった。3人はアポリアとの戦いに臨むが、背中にチューブを付けられライフポイントがリアルに数値化されるという命懸けのデュエルを強いられる。

アポリアに対して龍亞が張り切ってしまったばかりに、ジャック・龍可は大ダメージを受ける。アポリアはさらに「機皇神龍アステリスク」を召喚して一気に攻撃を仕掛け、3人は窮地に立たされるが…。

ついにシグナーとして覚醒した龍亞は「パワー・ツール・ドラゴン」を進化させ、「ライフ・ストリーム・ドラゴン」を召喚した。この新しい力、ライフ・ストリーム・ドラゴンでアポリアへの反撃を開始する。

遊星もまたアーククレイドルを止めるため、覆面レーサーと共に中心部にある遊星ギアを目指していた。そして目的地に着いた時、覆面レーサーに異変が起こる。彼は遊星の前に立ちふさがり、自分を倒せと言うのだ。

アーククレイドル内で遊星対アンチノミーの激戦が続く。力の差に焦る遊星に対し、アンチノミーは限界を超えた境地、トップ・クリア・マインドによる「デルタ・アクセル・シンクロ」でさらなる猛攻を仕掛ける。

遊星が戦ったアンチノミーの正体がブルーノだと知り、チーム5D’sの面々は驚く。そんな彼らの前にゾーンが出現。アーククレイドルを止めるためゾーンとの決闘を決めたその時、アポリアが現れゾーンに戦いを挑んだ。

ゾーンは「時械神メタイオン」を召喚し、アポリアを窮地に追い込む。一方アポリアは、遊星たちに教えられた希望を捨てず戦いに挑む。そして遊星たち5D’sは、機皇帝を次々と召喚するアポリアの戦略に驚愕する。

ゾーンは先のデュエルでアポリアを苦しめた「時械神メタイオン」を召喚。対する遊星は仲間から預かったカードを駆使し、「レッド・デーモンズ・ドラゴン」と「ブラック・フェザー・ドラゴン」を召喚させた。

3体もの時械神を召喚したゾーンは、「私は不動遊星自身である」と言う。驚きを隠せない遊星たちは、そんなはずはないと詰め寄るのだが、ゾーンは動揺する彼らにその言葉の真意を語り始めるのだった。

5体の時械神を召喚したゾーン。遊星は何とか攻撃をかわすが、ゾーンは想像を絶する戦略で追い討ちをかける。そんな時、アーククレイドルとネオ童実野シティが衝突をした影響で、遊星は空中に投げ出されてしまう。

遊星は進化の証として仲間との絆であるシンクロモンスター5体をシンクロさせ、「シューティング・クェーサー・ドラゴン」を召喚。ゾーンのモンスターを破壊したが、ゾーンは「究極時械神セフィロン」を召喚した。

平和を取り戻したネオ童実野シティ。遊星たちもそれぞれの方法で街の復興に貢献していたが、クロウやアキ、龍亞・龍可は将来について悩んでいた。そんな時、久々にチーム5D’sの面々が集まり食事会をすることになる。

自分たちの未来を決めるべく、持てる力を全て出しあって戦う遊星とジャック。ジャックはエースモンスター「スカーレッド・ノヴァ・ドラゴン」を召喚し、遊星は「シューティング・スター・ドラゴン」で対抗する。

ついにジャックとのデュエルに決着がつき、遊星は自分の進むべき道を決心する。同じように、ジャックやクロウ、アキ、龍亞・龍可たちも、この戦いを見て自分たちの進むべき道を決めるのだった。