「体制に対する民衆の信頼を得るには2つのものがあればよい。公平な裁判と、同じく公平な税制度」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

宇宙暦798年／帝国暦489年、イゼルローン回廊で軍事訓練にあたっていた同盟軍の前に突如、アイヘンドルフ少将率いる銀河帝国軍が現れ偶発的に戦闘状態に突入した。アッテンボロー指揮下の同盟軍には戦いに不慣れな新兵が多く、ひたすら守勢に回るしかなかった。ところが、却ってそれが帝国軍に「ヤンの作戦ではないか」との疑念を抱かせ積極的に積極的に攻められることはなかった。新兵としてこの戦いに参加したユリアンは、戦闘艇スパルタニアンのパイロットとして初陣を飾ることになるが、はたしてその戦果は？そして、ヤン不在の状況を帝国軍に対してどこまで隠し続けられるのか・・・

「100戦して100勝するというわけにもいくまい。1度の敗戦は1度の勝利で償えばよい」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ラインハルトは、内政を固めることに尽力すると共に、キルヒアイス不在の心の穴を埋めるかのように、これまで以上に人材の登用に意欲を見せた。そんな中、ラインハルトは科学技術総監シャフトが提案した大規模な作戦を受け入れ、イゼルローン要塞への出兵を決定する。今は内政に専念すべきとの首席秘書官ヒルダの助言に対しては自らは出兵せず内政に従事するとし、ラインハルトは司令官にケンプ、副司令官にミュラーを任命し、作戦を遂行させる。

「ある人間を自分の思い通りにしようとするには、相手をある状況に追い込み、行動の自由を奪い、選択肢を少なくすればよい」
アドリアン・ルビンスキー

フェザーン自治領主ルビンスキーは、これまでの政策を転換し、ラインハルトに全銀河系を統一させ、しかる後に彼を抹殺し、その遺産をすべて手中にするという計画を立てていた。そして、補佐官ケッセルリンクにその布石を打つよう命じる。ケッセルリンクはまず、同盟政府にヤンがクーデターを起こす可能性を示唆し、彼をイゼルローン要塞から引き離そうとする。その頃、帝国ではケンプの指揮のもと、着々とイゼルローン要塞への出兵計画が進められていた・・・

「俺は寒いのだ、キルヒアイス。おまえと姉上がいない宇宙は暖かい光が欠けている」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ヤンは国防委員長より“査問会”を行うという名目でハイネセンへの出頭を命じられる。その頃、ケッセルリンクは、フェザーンに亡命していたシューマッハやランズベルクと接触し、「ある計画」への参加を呼びかけていた。また、帝国では、ガイエスブルク要塞のワープが成功し、ラインハルトがイゼルローン回廊への進攻を正式に決定する。この作戦の遂行に懐疑的なヒルダは、改めてキルヒアイスの喪失の大きさを思うと共に、未だ彼にしか心を開かないラインハルトを憂慮する。

「国家が社会的不公平を放置して、いたずらに軍備を増強し、その力を内に対しては国民の弾圧、外に対しては侵略という形で乱用するとき、その国は滅亡への途上にある。これは歴史上、証明可能な事実である」
ヤン・ウェンリー

召喚命令を受けたヤンは、フレデリカとマシュンゴと共に、ハイネセンに到着したが、早々に2人と引き離されてしまう。軍の施設にほぼ軟禁状態となったヤンは、法的根拠のない査問会に引き出され、様々な事柄について詰問され、不満を隠せない。一方、ヤンを救出しようと奔走するフレデリカとマシュンゴは、頼みの綱、ビュコックを訪ねるが、現在のハイネセンはトリューニヒトによって政府、軍、マスコミに至るまで全て押さえられていると知り、愕然とする。クーデター以来、その権力を強めたトリューニヒトがうすら笑いを浮かべながら暗躍する！

「人間の行為の中で何が最も卑劣で恥知らずか、それは権力を持った人間や権力に媚を売る人間が安全な場所に隠れて戦争を賛美し、他人には愛国心や犠牲精神を強制して戦場へ送りだすことです。宇宙を平和にするためには帝国と無益な戦争を続けるより先に、まず、その種の寄生虫を駆除することから始めるべきではないでしょうか」
ヤン・ウェンリー

帝国軍が40兆トンもの質量を持つガイエスブルク要塞をワープさせてイゼルローン回廊に侵入したことが判明し、ヤン不在のイゼルローン司令部は慄然とする。その頃、ハイネセンではヤンの査問が続き、遂に忍耐の限界に達したヤンが辞表を叩きつけようとした正にその時、帝国軍侵攻の急報が入ったのであった。同盟政府としてはヤンをイゼルローンに戻す他に道はなく、ヤンは自由の身となる。イゼルローン司令部には、ケンプからの宣戦布告が届き、主砲・ガイエスハーケンが襲いかかった！

「それにしてもヤン・ウェンリーという男。いればいたで、いなければいないでどれほど我ら帝国軍を悩ませることか・・・魔術師ヤンとはよく言ったものだ」
ナイトハルト・ミュラー

ヤン不在のイゼルローン要塞に突き刺さるガイエスブルク要塞主砲ガイエスハーケン。トールハンマーで応戦する同盟軍。要塞同士の戦いが始まった。ケンプとミュラーの連携戦術に翻弄される同盟軍。そんな中、更なる危機を食い止めるため、ついにゲストアドミラル・メルカッツが動く。

「ユリアン、教えたことを覚えているだろうか。そうしてくれれば・・・いや、私はユリアンが軍人になることを望んでいなかったはず、いささか虫がいいというものだ」
ヤン・ウェンリー

ミュラーはヤン不在の情報は真実であると判断し、帰還するヤンを捕らえようとするが、ケンプはそれを制止する。鋭い洞察力でケンプの作戦を見抜いたユリアンの助言により、戻って来たヤンと、メルカッツとの間で、連携が生まれ、帝国軍を追いつめる。劣勢となったケンプは、形勢挽回を狙う最後の手段としてガイエスブルク要塞をイゼルローン要塞に衝突させようとするが・・・

「総参謀長はローエングラム侯をマキャベリズムの道具としてしか見ていないのではないかしら。だとしたら、それはあの方の、少年のような多感さを持ったあの方の感性を破滅させてしまうかもしれない・・・」
ヒルデガルド・フォン・マリーンドルフ

敗走する帝国軍を追った同盟軍の前に、ミッターマイヤー、ロイエンタールの両艦隊が立ちはだかり、追撃を阻止した。敗戦を知ったラインハルトは、ミュラーを処断しようとするが、キルヒアイスを想起して思いとどまる。オーベルシュタインはヒルダの献策があったのではないかと問い質す。ラインハルトに支配者としての冷徹さのみを求めるそんな彼の態度にヒルダは、危機感を抱きはじめる。その頃、フェザーンでは次の陰謀が動き出していた・・・

「結局またしてもフェザーンの黒狐が、奴は決して自分では踊らない。幕の陰で笛を吹くだけだ、踊らされるほうこそ、いい面の皮だな」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

リップシュタット連合の残党が、フェザーンの手引きで帝国に密入国したとの報告が入った。フェザーンの策謀を知ったラインハルトは、万が一に備えて姉・アンネローゼの護衛を強化する。ラインハルトの依頼を受け、山荘に隠棲するアンネローゼのもとを訪れたヒルダは、ラインハルトの胸中をアンネローゼに伝える。ラインハルトはフェザーン高等弁務官ボルテックを呼び出して策謀の全容を聞き、フェザーンとの間にかけ引きを展開する。

「犯罪とは、必ずそれによって利益を得る人間がいる」
オスカー・フォン・ロイエンタール

シューマッハとランズベルクは、幼帝エルウィン・ヨーゼフII世を誘拐しようと新無憂宮に潜入する。ラインハルトはそれを知りながら宮廷の警備を緩めていた。陰謀をめぐらすフェザーン、実行犯とならざるを得ないランズベルクとシューマッハ、その陰謀を逆用するラインハルト。様々な思惑の交錯する中、皇帝誘拐計画が実行に移された。はたして、この計画により最も利益を得るのは・・・

「我々は流浪の少年皇帝を助けて悪の権化の簒奪者と戦う正義の騎士というわけだ。たいしたものさ、テレビアニメの主役がはれるぜ」
オリビエ・ポプラン

帝国軍の動きもなく平穏な日常を送るイゼルローン要塞に、ハイネセンからの緊急放送が入る。幼い皇帝を擁した旧帝国貴族たちが、フェザーンの協力を得て自由惑星同盟に亡命政権「銀河帝国正統政府」を樹立したという発表であった。すかさずラインハルトは同盟に対して宣戦を布告する。

「キャゼルヌ先輩は一つだけいいことをしてくれたよ。それはユリアン、おまえを私のところへ連れてきてくれたことさ」
ヤン・ウェンリー

予想される帝国軍の大侵攻を前に同盟政府は軍の人事権を乱用し、その影響はヤンの周辺にも及んだ。ユリアンが、フェザーンに赴任することになったのである。理不尽な人事であったが、これをフェザーンや帝国の内情を掴む好機ととらえるようにとユリアンを説得するヤン。宇宙暦798年／帝国暦489年9月、ひとりの少年が新たな任地に向かうべくイゼルローン要塞を後にする。

「フェザーンに行って別の価値観に触れる前に改めてここに至る人類の歴史を振り返ってみようと思う」
ユリアン・ミンツ

辞令を受けるため首都星・ハイネセンに向かうユリアンはその時間を利用して改めて帝国の、同盟の、そして人類の歴史を振り返る。人類社会に訪れた停滞の時代、ルドルフ・フォン・ゴールデンバウムの登場、銀河帝国皇帝となった彼による弾圧、粛清。その後、共和主義者アーレ・ハイネセンが仲間と共にその支配下から脱出し、旅の途中でハイネセンは死去するも、彼の遺志を継ぐ者たちが自由惑星同盟を成立させたことなど・・・ユリアンが現在置かれている状況もまた、こうした歴史の上にあるのだった・・・

「フェザーン回廊を通過しないというのは人間が定めた都合であって、宇宙開闢以来の法則ではない」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

帝国軍の同盟領進攻作戦が発令される。それは、門閥貴族が中心の「銀河帝国正統政府」の存在と、それを後援する同盟政府を許さない帝国民衆の圧倒的な支持を得た。作戦は大胆で壮大なものだった。イゼルローン要塞へ陽動部隊を送り、本隊はフェザーン回廊を抜けて一気に進撃するという構想で、作戦名は「神々の黄昏」――。ヤン・ウェンリーは一人それを看破するも、対策をとる余裕も与えられぬまま事態は急速に進むのだった。

「血を流す者、流させる者、流れた血を飲んで太る者。色々だね」
ユリアン・ミンツ

フェザーンに着任したユリアンは、その社会システムが安定していることを実感すると共に、ヤンの予想した帝国軍の作戦を挫くべく活動を開始する。だが、時すでに遅く、ロイエンタール艦隊がイゼルローン回廊に現れた。帝国軍の『神々の黄昏』作戦の第一幕が上がった。

「終わりの始まりだ、フロイライン」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

門ロイエンタール率いる帝国軍によるイゼルローン要塞への攻撃がはじまった。ロイエンタール艦隊が仕掛けてきた先制攻撃に対しヤンは駐留艦隊を出撃させるが、逆に主砲を封じられてしまう。しかし、その状況に応じた策として強襲揚陸艦を密かにロイエンタール旗艦・トリスタンに接触させて薔薇の騎士連隊を送り込み、ロイエンタールとシェーンコップの一騎討ちが展開される。そんな中、ラインハルトの思惑通り『神々の黄昏』作戦は第二段階に突入しようとしていた。

「彼らは閣下のことをカイザーと呼んでいるのです。マイン・カイザー、我が皇帝と」
ウォルフガング・ミッターマイヤー

イゼルローン回廊への増援に向かうと見せかけて帝都オーディンを進発した帝国軍は、先陣を切るミッターマイヤーのあとに続き、そのまま一挙にフェザーン回廊に殺到した。宇宙暦798年／帝国暦489年12月30日、ローエングラム侯ラインハルトはフェザーンに到着した。フェザーンの駐在武官たるユリアンの運命は、そして、フェザーン、同盟はどうなるのか・・・時代が大きく、かつ急速に動き出した。

「同盟は独裁国となって存続するより、民主国家として滅びるべきだろう」
アレクサンドル・ビュコック

フェザーンを占領して意気上がる帝国軍に対し、危機的状況に追い込まれた同盟と銀河帝国正統政府。責任を追及されるべきトリューニヒトは失踪。そんな中、ビュコック司令長官らは残り少ない同盟軍の兵力を再編成し、対抗しようとするが・・・

「野に獣がいなくなれば猟犬は無用になる。だから猟犬は獣を狩り尽くすのを避ける」
オスカー・フォン・ロイエンタール

フェザーン回廊を突破し、同盟領に侵攻する帝国軍。ビュコックからの連絡を受けたヤンは、もはや戦略上の意味を無くしたイゼルローン要塞の放棄を決定する。駐留艦隊を戦力として活かすべく同盟領へ向かおうとするが、ロイエンタール率いる帝国軍の圧倒的戦力を前に、多数の民間人を抱えて大掛かりな脱出作戦を試みるのは至難の技だった・・・

「フロイライン、私は戦いたいのだ」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

宇宙暦799年/帝国暦490年、1月20日、ラインハルトのもとに、ヤンがイゼルローン要塞を放棄したとの報告がもたらされる。ラインハルトは、ヤンが戦場で自分を倒そうとしていることを察知するが、戦うことにこだわる彼は、自ら「双頭の蛇」作戦の先陣に立つ。

「わしは敵の銃口のために、この老体を残しておかねばならない・・・、という訳じゃな」
アレクサンドル・ビュコック

侵攻する帝国軍を阻止すべく、ランテマリオ星域を最終防衛線に設定した同盟艦隊であったが、その戦力比は帝国3に対し1であった。同盟軍は地の利を活かして善戦するものの、“双頭の蛇”陣形をとる帝国軍の圧倒的戦力の前に苦戦を強いられ、ヤン率いる援軍の到着を待つしかなかった・・・

「せっかくの年金も同盟政府が存続しないことには貰いようがない。従って私は老後の安定のために帝国軍と戦う訳だ」
ヤン・ウェンリー

かろうじて同盟軍の完全崩壊を防いだヤンは、一旦ハイネセンに戻り、フェザーンからの脱出に成功したユリアンと再会する。ヤンはユリアンから語られたフェザーンと地球教の繋がりに興味を示すが、帝国軍による更なる攻勢を迎え撃つべく準備を進めねばならなかった・・・

「うちの艦隊は、逃げる演技ばかり上手くなって・・・」
ムライ

戦場でラインハルトを倒せば帝国軍は求心力を失って瓦解すると考えるヤンは、戦況をラインハルトとの単独決戦へと持ち込むべく、同盟領内で大掛かりなゲリラ戦を行い、帝国艦隊の各個撃破をはかる。痺れを切らしたラインハルトは、我が身を囮としてヤンをおびき寄せ、後に味方を反転させてヤン艦隊を包囲するという作戦をとる。二人の直接対決の時が迫る。

「要するに、要するに・・・、結婚してほしいんだ」
ヤン・ウェンリー

決戦を前にヤンは、なけなしの勇気を総動員してフレデリカに求婚する。自らを囮としてヤンを巨大な包囲網に誘い込むラインハルト。それを承知で短期決戦に起死回生を賭けるヤン。両者の衝突が確実となり、ついに直接対決の戦端が開かれようとしていた。それは、後の歴史家から「死闘」と称される決戦であった。

「良将だな。よく判断し、よく戦い、よく主君を救う、か・・・」
ヤン・ウェンリー

決戦に際してラインハルトの採った作戦は、24層にもわたる防御陣を並べて間断ない攻撃を加えながら、数で劣る同盟軍に消耗戦を強いるというものであった。それを看破したユリアンの意見に耳を傾けたヤンは策を講じ、自ら率いる主力軍でラインハルトの本営に肉迫する。ついに、ヤンはラインハルトの旗艦ブリュンヒルトを射程に捉えた。

「うん・・・、その手もあるね。だけど、私のサイズに合った服じゃなさそうだ」
ヤン・ウェンリー

宇宙暦799年／帝国暦490年5月5日22時40分。ヤン艦隊の砲列が、ラインハルトの乗る帝国軍総旗艦ブリュンヒルトを射程内に捉えた正にその時、首都星ハイネセンからの緊急通信として「無条件停戦命令」がヤンに伝えられた。勝利を目前にしたヤンがとった行動は・・・

「民主共和制とは人民が自由意思によって、自分たちの制度と精神を貶める政体のことか」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

停戦により、初めて対面を果たすヤンとラインハルト。ヤンを帝国元帥として迎え入れたい意向を伝えるラインハルト。それに対するヤンの回答は・・・

「ヤン先輩の生涯最大の戦果は、今度の花嫁ですよ。これこそ奇跡の名に相応しい」
ダスティ・アッテンボロー

宇宙暦799年／新帝国暦1年、銀河帝国では皇帝ラインハルトの戴冠式が行われ、新たな時代が幕を開けた。一方、ヤンも軍を退役し、フレデリカとささやかな結婚式を挙げた。しかし、動乱の火種が絶えたわけではない銀河系にあって、果たしてこのまま平穏な時代が続いていくのか・・・

「周りは忘れても地球に住んでる奴らは、かつての栄光を忘れちゃいないのかもしれん」
オリビエ・ポプラン

ユリアンは遙か辺境の惑星を目指して旅をする。その惑星の名は地球。それは人類発祥の地であり、かつては人類社会に君臨し、栄華を極めていた。その栄光を取り戻そうと蠢く勢力「地球教」のルーツを求めて、商船アンデューティネス（親不孝）号に乗り込み、ポプラン、マシュンゴらと共に地球へと旅立つ。

「僕は何かして、死にたかった」
ハインリッヒ・フォン・キュンメル

マリーンドルフ伯の甥である、余命わずかなキュンメル男爵が、ラインハルトとの面会を希望してきた。それはマリーンドルフ伯、ヒルダ親子の希望でもあり、ラインハルトは面会に出向く。だが、そこにはキュンメルを利用した「地球教」の陰謀が潜んでいた・・・

「この世で最も卑劣で醜悪なことはな、実力も才能も無いくせに相続によって政治権力を手にすることだ。それに比べれば、簒奪は1万倍もましな行為だ」
オスカー・フォン・ロイエンタール

にわかにメルカッツ提督生存の噂が流れる。それが事実とすれば、ヤン・ウェンリーが知らぬはずはなく、彼に叛乱の意思があるのではないかと、帝国軍の幹部たちは動乱の予感を抱く。一方、ワーレン艦隊はキュンメル事件に対する制裁のため地球に向かっていた。時を同じくして、ユリアンも地球教の本部侵入に成功する。

「我々は敵の堕落を歓迎し、それどころか促進すらしなくてはならないんだ」
ヤン・ウェンリー

未来に思いをはせる者は、過去を知らずに済ますことはできない。ラインハルトは、これまで帝国内で国家機密とされてきたゴールデンバウム王朝の権力闘争の歴史を紐解く。一方、同盟では退役したヤン夫妻の生活が同盟に駐在するレンネンカンプによって監視され、夫妻は息苦しさを感じずにはいられなかった。

「まさか裁判なしで死刑にもしないだろう。ここは民主主義国家だ」
ヤン・ウェンリー

バーラトの和約に基づき、同盟軍は所有が禁じられた戦艦、宇宙母艦を廃棄しようとしていた。だが、ダヤン・ハーン補給基地に潜むメルカッツ艦隊により戦艦は奪われ、それは思いもよらぬ形で同盟政府を追い詰めた。レンネンカンプの内政干渉に抗しきれなくなったレベロ議長は民主国家存続のため、やむなくヤン逮捕に踏み切る。

「つまり私は沈みかけた船だということか。それとも同盟政府自体が船で、私はその無能な船長といったところか」
ジョアン・レベロ

ヤン逮捕を受け、シェーンコップ率いる薔薇の騎士連隊は武装決起する。アッテンボロー、バグダッシュも加わり、ヤン解放を求めた。こうした事態を、帝国の高等弁務官レンネンカンプに知られまいとレベロ議長は苦心する。動乱の予感はいよいよ現実味を帯びつつあった。

「あなたのように常に命令を受け、法に縛られてきた人間がそういった桎梏を逃れた時にどう考え、どう行動するか、私には大いに興味がありましてね」
ワルター・フォン・シェーンコップ

シェーンコップ、アッテンボローらにより救出されたヤンは、やむなくハイネセン脱出を決意する。その手段としてレンネンカンプの拉致を計画。そして、薔薇の騎士連隊が弁務官府を強襲した。こうして帝国だけでなく、同盟とも異なる立場をとる事となったヤン艦隊一行の運命は・・・

「慌てるな、地球は逃げはせぬし、奴らを地球の外に逃がしもせん」
アウグスト・ザムエル・ワーレン

ワーレン率いる地球討伐軍であったが、途中、暗殺者に狙われるなど、その道程は容易なものではなかった。また、既に地球教本部への潜入を果たしたユリアンらは、ある出来事をきっかけに行動を起こす。そして、地球教の核心部分に迫ろうとした時、ついに帝国軍の総攻撃が始まった。

「俺は好戦的な皇帝として後世に知られるのだろうか・・・、だが、今さら生き方を変えられるはずはない」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

オーディンに伝えられたヤン逃亡とレンネンカンプ拉致の知らせは、帝国軍の幹部たちの間にも動揺をもたらした。ラインハルトは、レンネンカンプの代行としてシュタインメッツを任命し、レンネンカンプの身柄返還に関しヤンと交渉するよう命じる。だが、発生した騒乱の知らせに、なぜか高揚感を覚えたことをラインハルトは自覚していた。

「最高指導者は文民でなくてはならない。軍人が支配する民主共和制など存在しない。私が指導者なんかになってはいけないんだよ」
ヤン・ウェンリー

補給基地ダヤン・ハーンでメルカッツとの合流を果たしたヤンは、独立を宣言したエル・ファシル自治政府の招きに応じる事をためらっていた。彼は同盟との関係修復を望んでいたのだ。一方、帝国軍は大本営をフェザーンに移し、レンネンカンプの遺体を収容して一連の事件の全貌をほぼ解明した。ラインハルトは再戦か、現状維持か・・・、決断を下そうとしていた。

「余に居城など必要ない。余のあるところが即ち銀河帝国の王城だ」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

フェザーンでの新帝都建設計画が始まる中、ラインハルトは同盟への再進攻を発令することにためらいを感じていた。それは、ルドルフを彷彿とさせる高圧的な形での権力行使に対する抵抗でもあった。重鎮たちが、それぞれの思惑を抱きながら、ラインハルトの決断を待っている中、猛将ビッテンフェルトが放った言葉がラインハルトの心を揺さぶった。

「わしはヤン提督と違って50年以上も同盟政府から給料をもらってきた。今さら知らぬ顔を決め込むわけにもいかんのでな」
アレクサンドル・ビュコック

宇宙暦799年／新帝国暦1年、11月10日。黒色槍騎兵艦隊（シュワルツ・ランツェンレイター）の出撃と前後してラインハルトの演説が全宇宙に向けて流された。彼は事件の真相を暴露した上で、自由惑星同盟に宣戦布告した。勝つ見込みのない戦いと知りつつも、これを迎え撃つべく準備を始めるビュコックとチュン。一方、同盟への復帰の道を断たれたヤンは、やむなくエル・ファシルへ向かうことを決断する。

「美人局の成功は女性の魅力次第だな」
アレックス・キャゼルヌ

ラインハルトの宣戦布告を受け、同盟との関係修復の道が完全に断たれたことを悟ったヤンは、民主共和制の最後の砦として、またイゼルローン攻略の足掛かりとして、エル・ファシルの反帝国勢力に合流する。旅を終えたユリアン一行や、ハイネセンを後にしたムライらも集結し、新たな戦いの幕が上がる。

「帰ってきた。居るべき場所へ。共に居るべき人たちの所へ」
ユリアン・ミンツ

ようやくヤンとの再会を果たしたユリアンを加えて、イゼルローン要塞再奪取の準備が進められる。一方、帝国軍はビッテンフェルトを先陣にして同盟領へと突き進み、これを迎え撃つべく、ビュコック率いる最後の同盟艦隊が出撃した。

「知者は知に溺れる。ヤン・ウェンリーのカレンダーも残り少ないぞ」
コルネリアス・ルッツ

イゼルローン要塞を奪取せんとする不正規隊の作戦は要塞側に看破されていた。ルッツはヤンの罠に嵌まった見せかけて逆に罠に嵌めようとするが、それこそが不正規隊の仕掛けた心理的な罠であった。情報戦を得意とするバグダッシュの持ち味が遺感無く発揮される。さらに、1年前、要塞撤退時に同盟軍が仕掛けたもう一つの罠が帝国軍に追い討ちをかける。

「老いた獅子と若い獅子とが共に戦いを望んでいる。名誉がそれに彩りを添えることになるだろうが、結局のところ抜かれた剣は血塗られずして鞘に収まるものではないさ」
オスカー・フォン・ロイエンタール

宇宙暦800年／新帝国暦2年、ビュコック司令長官は数の上での不利を補うべく、マル・アデッタ星域の小惑星帯を貫く長大なトンネル状の空間に陣を敷き、地の利を最大限に生かして帝国軍を迎え撃つ。それは、民主共和制を奉ずる国家の最後の栄誉を担う戦いであった。老将の経験豊かな戦術の前に、圧倒的優位な立場にいるはずの帝国軍が思わぬ苦戦を強いられる。

「わしは良い友人がほしいし、誰かにとって良い友人でありたいと思う。だが、良い主君も良い臣下も持ちたいとは思わない。だからこそ、あなたとわしは同じ旗を仰ぐことはできなかったのだ」
アレクサンドル・ビュコック

帝国軍の大艦隊を前に一歩も引かないビュコック艦隊。恒星風を味方につけ、巧みな戦術で応戦する。味方のカールセンらの援護も受け、着実に帝国軍の大本営に迫りつつあった。だが、圧倒的な兵力で襲いかかる帝国軍の前に、ついに力尽きようとしていた。そして、ラインハルトの命により、ミッターマイヤーを通じて降伏勧告がビュコックに伝えられたが・・・

「奴らが下水の汚泥とすれば、マル・アデッタで死んだあの老人はまさに山の清水であった」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ビュコック、チュンらがあらかじめ差し向けたムライ、フィッシャーらの艦隊がヤン率いる不正規隊と合流し、イゼルローン要塞の兵力が確実に増加していく中、ビュコック戦死の訃報に接したヤンはショックを隠せなかった。宇宙暦800年／新帝国暦2年、惑星ハイネセンに降り立ったラインハルトは2月20日、勅令をもって同盟領の完全併呑を宣言し、ここに自由惑星同盟は、273年に及ぶ歴史の幕を下ろすこととなった。

「愛してもいない女を抱くには、人生は短すぎるだろうな」
ワルター・フォン・シェーンコップ

ラインハルトは自らイゼルローン要塞奪還にあたることを宣言する。圧倒的不利な状況下で孤軍奮闘を余儀なくされるヤン不正規隊は、それでも民主共和制の種をいつの日にか芽吹かせるという希望を放棄することなく来たるべき戦いに備えていた。そんな中、ラインハルトのもとに、「ロイエンタール元帥に不穏の気配あり」との報が届き・・・

「あの夜のことを憶えているか。ロイエンタール元帥」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ロイエンタール元帥に謀叛の疑いあり。ラインハルトからの信頼も厚い厳正な司法尚書ブルックドルフからもたらされたその報告は、帝国軍の内部に重大な波紋を投げかけた。大本営へ出頭したロイエンタールを自ら審問するラインハルト。二人の脳裏に5年前の最初の出会いが甦る。ロイエンタールが忠誠を誓約することと引き換えに、投獄され命の危機に瀕した友人ミッターマイヤーの救済をラインハルトに求めたあの日が・・・

「ここに宣言する。余はヤン・ウェンリーを余の前にひざまずかせぬ限り、オーディンはおろかフェザーンにも帰らぬことを」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

突如ハイネセンポリスで起こった大火はテロなのか事故なのか・・・いずれにせよ、ロイエンタールが周密に手配していた危機管理マニュアルにより被害は最小限に留まった。その後ロイエンタールへの処分が下り、統帥本部長職は解任されるも旧同盟領の政治と軍事を司る新領土（ノイエラント）総督に任じられた。ロイエンタールはラインハルトに次いで強大な軍を統率することとなる。ただし、その人事はヤン・ウェンリー一党を討って銀河帝国による完全な宇宙統一を成し遂げた後に発効するという条件付きであった。ラインハルトの心は既にヤンとの戦いに向いていた。

「テロを起こすこと自体は目的ではない。あくまで目的を達するための手順の1つにすぎないのさ」
アドリアン・ルビンスキー

ついに帝国軍は、最大の敵手たるヤン・ウェンリーを討つため、その強大な兵力をイゼルローンへと向けた。そんな中、フェザーンにおいて帝国の要人を狙った爆弾テロが発生した。水面下に潜む様々な陰謀が新帝国に揺さぶりをかける。

「宿命の対決なんて無いんだよ、ユリアン。どんな状況の中にあっても、結局は当人が選択したことだ」
ヤン・ウェンリー

宇宙暦800年／新帝国暦2年、4月20日。帝国軍ビッテンフェルトからの降伏勧告がイゼルローン要塞にもたらされた。ヤンらがその対応を協議する中、要塞内には嵐の前のごとく静かな時間が流れていた。決戦を前にヤンとユリアンは夜を徹して語り合う。そして、ユリアンはヤンの苦悩を知るのだった。

「恐るべきは、ヤン・ウェンリーの知略だ。それと承知していながら、ついに奴の術中に嵌るとは・・・」
アーダルベルト・フォン・ファーレンハイト

ヤン・ウェンリーはビッテンフェルト率いる黒色槍騎兵艦隊（シュワルツ・ランツェンレイター）を戦いに引きずり込むべく罠を仕掛けた。罠と知りつつ艦隊は、回廊の中へと進軍する。これに伴い、ファーレンハイト艦隊も参戦を余儀なくされ、ついに回廊の戦いの戦端が開かれた。

「勝利か死か、ではない。勝利か、より完全な勝利か、だ」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ビッテンフェルト、ファーレンハイト両艦隊が敗戦した帝国軍であったが、ラインハルト率いる本隊が到着すると、圧倒的兵力をもって再び回廊内への進入を開始した。ラインハルト・フォン・ローエングラムとヤン・ウェンリー。常勝と不敗の名将が、ついに全面対決を迎える。

「うちの生きた航路図が、死んだ航路図になっちまった」
ダスティ・アッテンボロー

回廊の特殊な地形を利用し奮戦する不正規隊であったが、物量に勝る帝国軍を前に次第に劣勢に追い込まれていく。激しい戦いの中で双方共に貴重な戦力を失っていき、ついに不正規隊は補いようのない損害を被ってしまう。もはや長時間にわたる帝国軍の猛攻を耐え抜くことはできない状況であった。その頃、帝国軍の内部でも思いもよらぬ事態が起こっていた。

「ずいぶんと血が出るものだな。もっとも私が今まで流させてきた量に比べればささやかなものだが・・・」
ヤン・ウェンリー

その時、一つの星が銀河の中で瞬いて消えた。その時、一つの時代が終わりを告げた。ラインハルトとの会談に向かうため、ヤンを乗せた巡航艦レダⅡはイゼルローン要塞を後にした。しかし、その行く手には帝国軍を装った地球教徒が待ち構えていた。今、銀河を揺るがす大事件が起きようとしていた。

「あなたは、あなたにしか出来ないことをやればいい。ヤン・ウェンリーの真似をすることはないわ」
フレデリカ・グリーンヒル・ヤン

イゼルローン要塞はヤン・ウェンリーを失った。だが、歴史は変わらずに時を刻む。フレデリカやユリアンをはじめ遺された者たちは、ヤンが歴史に残した足跡を意味あるものにするため、新たな体制を築く。

「誰も彼も、敵も味方も皆、余を置いて逝ってしまう。何故、余のために生き続けないのか！！」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ヤン・ウェンリーの突然の死は、帝国軍にも重大な衝撃を与えた。大きな喪失感に苛まれるラインハルトは軍を退くことを決意し、長い戦いにも終止符が打たれたに見えたが・・・。

「虫が食った柱だからと言って、切り倒せば家そのものが倒壊してしまうこともあるだろう。」
アントン・フェルナー

ラインハルトはフェザーンへの遷都を正式に発布した。ヤン・ウェンリー亡き今、人類社会の統一も時間の問題と思われ、誰もが平和の訪れを確信する中、ラングはロイエンタールを追い込むために密かにルビンスキーと取引を行っていた。銀河には依然、不穏な空気が漂っていた。

「この不利な、不遇な状況にあって、民主共和政治の小さな芽を育んでくださる皆さんに感謝します。」
フレデリカ・グリーンヒル・ヤン

ユリアンは、ラインハルトがイゼルローンを孤立させ、その存在価値をなくす作戦にでたことを見抜いたが、それに対する打開策を考えあぐねていた。そんな中、宇宙暦800年／新帝国暦2年8月8日、イゼルローン共和政府は樹立された。「私、フレデリカ・グリーンヒル・ヤンはここに宣言します。」政治的指導者として記念式典会場で演説するフレデリカ。いつかヤンの理想が開花する日を夢見て、共和政府は動きだした。

「あの時は、ミッターマイヤーがいて、ロイエンタールがいて、キルヒアイスがいた・・・」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

宇宙暦800年／新帝国暦2年8月、銀河帝国皇帝ラインハルト・フォン・ローエングラムは、宿敵ヤン・ウェンリーの死による喪失感から逃れるように政務に精励していた。ミッターマイヤーとの会見中、ふと彼の胸に去来する５年前の嵐の夜の出来事。それは、ラインハルト、キルヒアイス、ミッターマイヤー、ロイエンタールの長い友諠のきっかけであった。しかし、そうした絆をも揺るがす陰謀が貼り巡らされ、再び銀河に動乱の気配が忍び寄っていた。

「年長者から年少者へ。先人から後続者へ。思いの松明はリレーされていくのだろうか」
ユリアン・ミンツ

フレデリカを政府首席、ユリアンを軍司令官として設立されたイゼルローン共和政府。全人類の内、ほんの一握りが立てこもる場所となってしまったイゼルローン要塞。そこは、まさに宇宙の辺境であったが、民主共和制の灯をささやかに守り続けていた。ユリアンは長期的視野に立ち、帝国にも共和制の思想を浸透させていく方法を考え始めていた。苦難の道ではあったがヤンの理想を受け継いだ者として歩き出そうとしていた。

「今夜は一人でいることに耐えられそうにないのだ。」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

新設された帝国軍戦没者墓地の完工式に出席したラインハルトは、暗殺者の襲撃を受ける。「ヴェスターラントを忘れたのか！」暗殺者が発した一言がラインハルトに深い衝撃を与えた。暗殺者は、あのヴェスターラントの犠牲者の遺族であったのだ。打ちのめされたラインハルトは、ヒルダに一夜の慰めを求め・・・。

「平和な世の武人など、鎖に繋がれた番犬にすぎん。怠惰と無為の中でゆっくり腐敗していくだけではないか」
オスカー・フォン・ロイエンタール

惑星ハイネセンでは、グエン・キム・ホア広場で旧同盟政府と同盟軍の関係者による戦没者合同慰霊祭が行われていた。しかし、何者かが参加者を扇動し、暴動が勃発。民間人、帝国軍人双方に多くの犠牲者を出す大惨事となってしまった。これを皮切りに新領土各地で反帝国の暴動が続発する。それらを影で操っているのは誰か？そしてその目的は？

「皇帝が自分の領土を旅するにあたって、何故大艦隊を従えねばならんのか」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ヒルダへの求婚に回答を得られなかったラインハルトは、乗馬や不似合いな芸術鑑賞をすることで気を紛らわせていた。その頃、帝国内に「ロイエンタールが叛乱を起こす」という噂が再び流布する。ロイエンタールはラインハルトの信頼を確かめるため、敢えて新領土への行幸を求める招請状を出す。彼を信じるラインハルトは、周囲の反対を押し切って行幸を決断する。

「撃つがよい。ラインハルト・フォン・ローエングラムはただ一人で、それを殺す者も一人しか歴史には残らないのだからな。その一人に誰がなる！」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

ハイネセンへの行幸の途上、ラインハルト一行は大親征慰霊碑参拝のため惑星ウルヴァシーに立ち寄るが、何者かに襲撃される。脱出する車の中、ミュラーはロイエンタールの謀叛を匂わせる。やはり、ロイエンタールの指示によるものなのか・・・。疑惑に心揺れるラインハルト。襲撃は執拗に続き、遂に彼らは取り囲まれてしまう。ラインハルトらを逃がすため、ルッツただ1人がその場に留まるが・・・。

「俺は自分の矜持のため、戦わざるを得ない」
オスカー・フォン・ロイエンタール

惑星ウルヴァシーでのラインハルト襲撃事件、そしてルッツの死の報はロイエンタールを追い詰めた。ラインハルトとの間に修復し得ぬ亀裂が入ったことを彼は自覚した。しかし、彼の矜持は叛逆者に仕立て上げられるくらいなら、自ら叛旗を翻すことを選ぶのだった。一方、逃避行中のラインハルトもルッツの死を知り、ついに決断を下すのだった・・・。

「勅命、謹んでお受けいたします」
ウォルフガング・ミッターマイヤー

自軍に保護されたラインハルトは、ロイエンタール討伐の命をミッターマイヤーに下した。無二の親友を討つという苦渋の決断を迫られたミッターマイヤーは、必死に友の助命を嘆願するが、もはや無駄であった。陰謀渦巻く一連の事件は、ついに帝国の双璧同志を戦わせるに至らしめたのだった。

「あえて俺は卿と戦う。何故かと問うか。戦って卿を倒さぬ限り、カイザーは俺と戦って下さらぬだろうからだ」
オスカー・フォン・ロイエンタール

宇宙暦800年／新帝国暦2年11月、宣戦布告はなかったが、ロイエンタールとミッターマイヤーの戦いは、もはや誰にも止める事の出来ないものであった。ミッターマイヤーはロイエンタールに対し最後の説得を試みるが、受け入れられることはなかった。そんな中、ロイエンタールの使者としてムライがイゼルローン要塞を訪れ・・・

「突撃だ！ミッターマイヤーに朝食をとる時間をつくってやろう」
フリッツ・ヨーゼフ・ビッテンフェルト

ロイエンタールとミッターマイヤー。帝国軍の双璧と謳われた二人の名将同士の戦いはランテマリオ星域において、ついにその火蓋が切って落された。ミッターマイヤーは、直接指揮下の機動戦力を最大限に活用して犠牲の多くなる持久戦を避け、短期決戦に持ち込もうとしていた。しかし、数の上でロイエンタール軍520万に対し、ミッターマイヤー軍259万と、不利な立場にあった。そんな中、ビッテンフェルトとワーレンの参戦により戦局は大きく傾いていく。

「自分の血の匂いという奴は、5分も嗅いでいると飽きるものらしい」
オスカー・フォン・ロイエンタール

互いに知略を尽くした帝国軍の双璧の戦いは、意外な形でその幕切れを迎えようとしていた。味方であるグリルパルツァー艦隊がロイエンタール艦隊を砲撃したのだ。これにより捲土重来を期して惑星ハイネセンに撤退することを余儀なくされたロイエンタールだったが、彼自身それがもはや叶わぬことを誰よりも知っていた。

「遅いじゃないか、ミッターマイヤー・・・」
オスカー・フォン・ロイエンタール

治療を受けることを拒んだロイエンタールの命の炎は、今まさに燃えつきようとしていた。ハイネセンに戻ったロイエンタールは政務と事務の全権を民事長官エルスハイマーに託すと、後の災いとなるであろうトリューニヒトを始末し、エルフリーデには息子をミッターマイヤーに預けるよう伝える。死を目前にした彼は、机にウイスキーとグラスを２つ用意して、グラスの向こうに座るべき親友を待つのだった・・・。

「これは命令だ。死ぬなよ」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

宇宙暦800年／新帝国暦2年12月30日、ロイエンタール元帥叛乱を治めたミッターマイヤーは、フェザーンに帰還した。終戦を報告するミッターマイヤーにラインハルトは、これから何があろうと死ぬなと命じるのだった・・・。ミッターマイヤーは、妻エヴァンゼリンと共にロイエンタールの忘れ形見をフェリックスと名づけて、育てることにする。一方ラインハルトは、ヒルダから懐妊していることを告げられ、改めて彼女に求婚するのだった。

「これからあなたをヒルダと呼ぶことにする。だからあなたも、余を陛下などと呼ばずラインハルトと呼んでほしい」
ラインハルト・フォン・ローエングラム

新帝国暦3年の新年祝賀会の席上、ラインハルトはヒルダを皇妃とすること及び彼女の懐妊を公表した。歓喜の声に沸きかえる帝国全土。そして、2人の結婚式に立ち会うためにアンネローゼもフェザーンへと到着する。しかし、2人の結婚式が盛大に執り行われる中、惑星ハイネセンにて反国家的暴動が発生したとの報がもたらされる。

「一戦交えましょう。帝国軍と」
ユリアン・ミンツ

物資の流通が阻害されたことにより生じた新領土での叛乱は、帝国にもイゼルローン共和政府にも大きな決断を迫るものであった。旧自由惑星同盟市民の帝国への反感にルビンスキーの策謀が加わり、事態はより深刻なものとなっていた。反帝国勢力からの救援要請を受けたイゼルローンは、その声にどう応えるのか。ユリアンの判断が問われる。

「カイザーの向こう脛に蹴りを入れてやったぞ！」
ダスティ・アッテンボロー

イゼルローン軍出撃！ヤン亡き後、初めて軍事行動を起こしたイゼルローン軍は帝国軍の意表を突き、帝国本土方面へ侵攻をはかる。軍司令官としての初陣に臨むユリアンは、果たして魔術師ヤンの後継者たり得るのか。全銀河の耳目を集める戦いがついに始まった。

「ビッテンフェルト家には代々の家訓がある。他人を褒めるときは大きな声で。貶すときはより大きな声で、というのだ！」
フリッツ・ヨーゼフ・ビッテンフェルト

イゼルローン軍の勝利は旧同盟領全土に伝えられ、市民たちは熱狂する。ラインハルトの発病によって親征は中止され、代わってオーベルシュタインが、ビッテンフェルトとミュラーを指揮してハイネセンに赴き、治安回復にあたった。オーベルシュタインは旧同盟政府関係者を次々に拘引し、彼らを人質としてイゼルローン要塞の無血開城をはかろうとするが・・・。

「帝国軍のやり方の是非はともかく、この要求を明確に拒絶することはできないと思います。」
フレデリカ・グリーンヒル・ヤン

ビッテンフェルトがオーベルシュタインに拘束され、反感を強める黒色槍騎兵艦隊（シュワルツ・ランツェンレイター）の兵士が、些細なことからオーベルシュタイン直属部隊と争いになり、帝国軍同志の1連隊規模の衝突にまで発展する。そんな中、イゼルローン共和政府の指導者たちに出頭を求めるオーベルシュタインからの通達がもたらされ、フレデリカはハイネセンへ赴くことを決意する。

「僕は、この人たちの思い出話などしたくはない。この人たちと思い出話をしたい。そのためにも・・・」
ユリアン・ミンツ

大量の政治犯が収容されたラグプール刑務所で何者かの扇動により暴動が起こり、憲兵隊と黒色槍騎兵艦隊（シュワルツ・ランツェンレイター）が同時にその制圧にあたったために指揮系統が乱れ、多数の死傷者を出す結果となってしまう。一方、イゼルローン回廊でも偶発的な軍事衝突が生じ、いよいよ宇宙は一触即発の危機を迎えようとしていた・・・

「ホクス・ポクス・フィ・・・以下省略！」
ウルリッヒ・ケスラー

誰もがイゼルローン共和政府の動向に注目する中、ラインハルトと帝国軍主力の留守を狙って、フェザーンで爆破テロが起き、市街は混乱に覆われた。この事態を陽動と見抜いた憲兵総監ケスラーは皇妃ヒルダとアンネローゼのいる「柊館」に急行するが、「柊館」は、既に炎に包まれていた・・・。

「おい、ロイエンタール。どうしたらいいと思う。俺に重大な責任を押しつけて、自分はヴァルハラで杯を片手に見物だ、などと・・・虫がいいではないか・・・」
ウォルフガング・ミッターマイヤー

イゼルローン共和政府への亡命を求める民間船「新世紀号」の救援要請がきっかけとなり、帝国軍とイゼルローン革命軍との全面衝突が始まった。帝国との対等な和平交渉のためには一定の軍事的勝利を挙げる必要があると考えていたユリアンは、今がその機と判断して全軍を出動させる。圧倒的大軍で攻め寄せる帝国軍。しかしユリアンは、敵の動きが奇妙に鈍いことに気づく。

「我が墓碑に名は要らじ。ただ美女の涙のみ、我が魂を安らげんと・・・」
ワルター・フォン・シェーンコップ

皇帝昏倒の報を受けて総旗艦ブリュンヒルトに赴いたミッタマイヤーとミュラーは、ラインハルトが不治の病に冒されていることを知る。帝国軍は前線で混乱し、その隙に乗じたイゼルローン軍に総旗艦ブリュンヒルトへの侵入を許す事態となった。ラインハルトとの直接交渉のため、彼が信じる民主共和主義を守るため、ユリアンはラインハルトの姿を探し求め、死闘の中を駆ける。

「ゴールデンルーヴェが・・・全宇宙を征服した覇王の旗が、あんなにも力なく・・・」
ユリアン・ミンツ

多くの犠牲の上に、ようやく講和成立となった。イゼルローン要塞は喜びに包まれていたが、シェーンコップ、メルカッツらの戦死の報により一転、悲嘆に沈んだ。ラインハルトとユリアンは、今後のことについて話し合いの場を持つ。そんな中、ハイネセンの病院に収容されていたルビンスキーが最後に打った手とは・・・

「いつかお前もあの星々の世界に旅立つのだろうか。その時、お前は一人で行くのか、それとも・・・」
ウォルフガング・ミッターマイヤー

自ら終焉の地と定めた惑星フェザーンに、ラインハルトは帰ってきた。和平交渉を続けるユリアンらも同行していた。皇妃ヒルダと姉アンネローゼに見守られて、ラインハルトは最期の時を迎えようとしていた。だが、そこに地球教徒が襲撃してくる。その時ユリアンらは・・・。